تفسیر از استقلال حوزه
استقلال حوزه از ویژگی‌های حوزه‌های علمیه شیعه در طول تاریخ بوده و راز ماندگاری حوزه‌های علمیه، استقلال آن است. این آرمان، آرمان بلندی بوده و تا به امروز بزرگان، این ارزش والا را حفظ کرده‌اند و وظیفه مسئولین حوزه، حفظ این ارزش گرانمایه است.
باید دید تفسیر استقلال چیست؟ نکته کلیدی این‌جاست. ما بر این باوریم که استقلال حوزه؛ یعنی اینکه خود حوزویان تصمیم گیرنده در سرنوشت خودشان باشند، حوزویان که می‌گویم یعنی زعمای حوزه و بزرگان حوزه که مراجع عالی‌قدر تقلید می‌باشند. مقام معظم رهبری امام خامنه‌ای در آخرین سفری که به قم تشریف آوردند، چند بار تصریح کردند که مراجع عالیقدر تقلید زعمای حوزه می‌باشند و البته یکی از مراجع تقلید که در جامعه ما مقلدان فراوانی هم دارد امام خامنه‌ای است. بنابراین مقصود از استقلال حوزه این است که تصمیم گیرنده در مورد امور حوزه زعمای حوزه‌اند.

   با منابع پایدار غیردولتی هم‌چون وقف حوزه را اداره کنیم
برخی می‌گویند این ردیف بودجه‌ای که دولت برای حوزه‌های علمیه می‌پردازد، با ایده استقلال حوزه سازگاری ندارد؛ پاسخ ما این است که نهایت آرمان ما این است که با منابع پایدار غیردولتی بتوانیم حوزه را اداره کنیم و یکی از این منابع پایدار موقوفات است. موقوفات فراوانی در شهرها و استان‌هاست که واقفین نوشته‌اند: «صرف حوزه علمیه شود».

  وجود 130 مدرسه علمیه در زمان قاجار در تهران
زمان قاجار در تهران 130 مدرسه علمیه وجود داشته است و الان این خبرها نیست، مرحوم آیت‌الله مهدوی کنی می‌فرمود: در برخی از پاساژها از کتیبه‌هایش پیداست که اینجا حوزه علمیه بوده است، وقف‌خواری و تصرف در وقف شده است. مردم خانه و زندگی‌هایشان را برآن بنا کرده‌اند، حوزه و نظام هم قصد ندارد با مردم درگیر شود، مردم پاره تن ما هستند، پس نهایت آرمان ما این است که به اینجا برسیم که یک ریال از بودجه دولتی مصرف نکنیم؛ ولی امروز ما یک حوز‌ه‌ای در سراسر کشور داریم که حدود صدها کارمند آن حقوق می‌خواهند و باید زندگی این‌ها را هم اداره کرد.

  چند نکته درباره حوزه و استقلال آن▪ نکته اول، استقلال حوزه به معنای بریدن از نظام نیست

نکته اول این است که این نظام، نظام اسلامی است. این نظام، حاصل تلاش‌ها و رهبری‌های امام راحل است که انقلاب را به ثمر رساند و بسیاری از عالمان دین از اول انقلاب در هر جا نظام به آنها نیاز داشت وارد صحنه شدند.
اما برخی استقلال حوزه را به معنای درگیری با نظام می‌دانند و حوزه مستقل را حوز‌ه‌ای می‌دانند که هیچ ارتباطی با نظام نداشته باشد. ما این تفسیر را برای استقلال درست نمی‌دانیم.
 اولاً اگر دولت غریبه بود، مهمانی بود که بی‌مبنا و بی‌اساس در این کشور داخل شده بود یا نظام شاهنشاهی و غیردینی بود، این حرف حرف درستی بود؛ اما فرض این است که نظامی که به فضل خدا بیش از چهل سال از عمرش گذشته است، حاصل تلاش‌های ملت مسلمان ما و حاصل رنج‌های فراوان علمای دین و مردم است.
▪ نکته دوم خدمات حوزه و روحانیت به دولت و نظام اسلامی
ثانیاً حوزه خدمات فراوانی به دولت می‌دهد، مجلس خبرگان رهبری که نزدیک به 90 مجتهد یا فی طریق الجتهاد- مطلق یا متجزی - را در خودش دارد، این خدمت به نظام اسلامی است یا نیست؟! چه کسی جز حوزه این‌ها را تربیت کرده است؟!
مصوبات مجلس، بدون شش فقیه شورای نگهبان که به همراه شش حقوقدان هستند، اعتبار ندارد. چه کسی این فقها را تربیت کرده است، جز حوزه؟! این‌همه نمایندگان ولی‌فقیه که در نیروهای مسلح و دانشگاه‌ها و جاهای دیگرحضور دارند، این افراد را جز حوزه کسی دیگر تربیت کرده است؟! پس حوزه به دولت خدمات داده و می‌دهد.
▪نکته سوم روحانیت شهروند این کشور است و ادای حق شهروندی وظیفه دولت است
مطلب سوم این است که روحانیت هم شهروند این کشور است و ادای حق شهروندی وظیفه دولت است. دولت همه را بیمه می‌کند، بیمه عمومی فراگیر است، حق شهروندی باید به روحانیت هم پرداخته ‌شود. تعمیر مراکز آموزشی از وظایف دولت است. طلاب و روحانیت هم شهروند این کشور می‌باشند و حوزه نیز از مراکز آموزشی همچون دانشگاه‌هاست.
▪ نکته چهارم یک ریال از شهریه طلاب از بودجه دولتی تامین نمی‌شود
به صراحت می‌گویم، حقوق ماهانه ما اسمش شهریه است، یک ريال از این شهریه از بودجه دولتی نیست. استاد سطح عالی حوزه علمیه ما شهریه‌اش نمی‌دانم به سه میلیون می‌رسد یا نه، یک ريالش از بودجه دولتی نیست.
امام خامنه‌ای اوایل رهبری شهریه می‌دادند و گاهی یک ماه در میان می‌شد، به ایشان گفته شد شما که بودجه‌های دولتی در اختیارتان است، از آن قرض بگیرید و شهریه را بدهید، حضرت آقا فرمودند: یک ريال بودجه دولتی را خرج شهریه نمی‌کنم.

    افتخار می‌کنم که فرزند فیضیه‌ام
بعضی‌ها استقلال حوزه را به معنای بریدن از کل نظام حتی ولایت تفسیر می‌کنند، ما این تفسیر را تفسیر درستی از استقلال نمی‌دانیم، اولاً ولایت فرزند حوزه است، دقیقاً اول انقلاب بود، امام خامنه‌ای به قم تشریف آوردند، اجتماعی در مدرسه فیضیه تشکیل شد، مرحوم آیت‌الله سید جعفر کریمی که فقیه برجسته‌ای بود به ایشان خیرمقدم گفت و تعابیری چون: فقیه، دانشمند، فرزند فیضه و.. به کار برد. رهبر معظم که پشت تریبون رفتند فرمودند؛ از این‌همه عناوین که این آقا به من داد، به این آخری افتخار می‌کنم که فرزند فیضیه‌ام.

▪ نکته پنجم،آرمان مسئولان و شورای‌عالی حوزه آرمان استقلال حوزه است
یک نظام اسلامی تشکیل شده است، نظامی که خدا می‌داند در اندیشه و آرمان مسئولان عالی نظام، اجرای احکام دین است؛ البته تا جایی که بشود.
 بعضی نمی‌خواهند که حوزه با نظام همراه باشد، من معتقدم همراهی حوزه با نظام به معنای به تاراج دادن استقلال حوزه نیست، در طول این سالیان هیچ از نقد ما  از دولت‌ها کاسته نشده است، جامعه مدرسین ده‌ها نامه محرمانه و بیانیه به دولت آقایان؛ خاتمی، احمدی‌نژاد و روحانی نوشته است. ما امر به معروف و نهی از منکر را وظیفه خود می‌دانیم، اگر فرض کنید این بودجه شهروندی که می‌دادند ما را به اسارت می‌کشید این‌همه نقد نداشتیم. امروز حوزه مستقل است و آرمان مسئولان و شورای‌عالی حوزه آرمان استقلال حوزه است ولی هرگز استقلال حوزه را به معنای تقابل با نظام نمی‌دانیم. ارتباط با مجموعه مسئولان نظام، ارتباط ناصحانه است، یعنی خوبی‌ها را می‌بینیم و تکریم می‌کنیم و نارسایی‌ها را هم نقد می‌کنیم.

   مرجعیت شیعه ایران و عراق سرمایه نفیس عزت و استقلال نظام اسلامی و شیعیان این یک حقیقتی است که مراجع معظم تقلید به عنوان سرمایه نفیس عزت و استقلال اسلام و مسلمین در ایران و عراق بودند و همواره نقشی پررنگ و جایگاهی منحصربه‌فرد در رهبری جنبش‌های ضد استبدادی و ضداستعماری داشته‌اند که به برخی اشاره می‌کنم:

   نقش مرجعیت در انقلاب مردمی عراق علیه استعمار انگلیس در سال 1920 میلادیسال 1920 میلادی، انگلیسی‌ها میدان‌دار عراق شدند و این علما بودند که مردم را بسیج کردند و به جنگ با انگلیسی‌ها رفتند و عراق را از چنگال و اسارت انگلیسی‌ها آزاد کردند. در قصه تنباکو میرزای شیرازی با یک فتوا ایران را از بردگی انگلیس نجات داد. «الیوم استعمال تنباکو و توتون بای نحو كان در حكم محاربه با امام زمان(عج) است»

    نقش مهم مرجعیت و روحانیت در پیروزی انقلاب اسلامی ایران

در طول 57 سال حکومت سیاه پهلوی پدر و پسر، گروه‌های زیادی به مبارزه با این رژیم پرداختند، کمونیست‌ها وارد شدند اما نه‌تنها نتوانستند رژیم را تق‌و‌لق کنند، بلکه یک آجر می‌زدند و آن‌ها بلافاصله آجر می‌گذاشتند. لیبرال‌ها وارد میدان شدند و همین‌گونه بودند، اصلاً نهضت ۱۵ خرداد را مسخره می‌کردند و می‌گفتند مگر می‌توان با مرگ بر شاه گفتن شاه سرنگون شود. نهضت ۱۵خرداد را نهضت کور می‌دانستند؛ ولی دیدیم مرجعیت امام خمینی(قد) وارد صحنه شده و چطور توانست حکومت ۵۷ ساله سیاه پهلوی‌ها را سرنگون کند. این قدرت مرجعیت است این قدرت را به عنوان یک سرمایه باید پاس داشت و در رابطه با انقلاب هم معتقدم، مراجع بزرگ در حد توان و در حد استنباط‌شان از انقلاب و نظام حمایت کردند. البته از یک مرجع نباید انتظار داشته باشیم کلیشه‌ای استنباط کند و مراجع نیز خوب با انقلاب همراهی کردند.

   تا آخر عمرم با آیت‌الله خمینی مخالفت نخواهم کرد
من اینجا خاطراتی که مربوط به قبل از سال 42 است را با ذکر سند می گویم که قطعا برای برخی اولین بار است که می‌شنوند: مرحوم آیت‌الله‌العظمی گلپایگانی در جریان مبارزه با انجمن‌های ایالتی و ولایتی و مصوبه‌ای که آن زمان دولت داشت که می‌خواستند سوگند به قرآن را حذف کنند، روحانیت به صحنه آمد و دولت علم را به عقب‌نشینی واداشت، اسم آن را نهضت دو ماهه روحانیون گذاشتند. در آن مقطع مراجع عظام تقلید مانند: امام راحل، حضرت آیت‌الله گلپایگانی و... جلسه هفتگی داشتند، یکی از این شب‌ها موضوعی مطرح می‌شود و همه صحبت می‌کنند. اما مرحوم آیت‌الله‌العظمی گلپایگانی(قد) سکوت می‌کنند، مرحوم آیت‌الله سیدجواد علم‌الهدی که از علمای تهران بود و حدود یک سال پیش فوت کرد و از شاگردان حضرت امام (قد) و آیت‌الله‌العظمی گلپایگانی(قد) بودند، به من گفت، به درس امام رفتم و ایشان به من فرمودند: امروز درس ننشین و برو سلام من را به آقا سید محمدرضا برسان،‌ به او بگویید چرا دیشب اظهارنظر نکردید من می‌خواهم نظرتان را بدانم. ایشان گفت من رفتم دیدم آیت‌الله‌العظمی گلپایگانی سر سفره صبحانه نشسته‌اند، در کنار ایشان نشستم و پیام امام را رساندم. آیت‌الله گلپایگانی(قد) گفتند من نه امروز و بلکه تا آخر عمرم با آیت‌الله خمینی مخالفت نخواهم کرد جایی که نظر، نظر ایشان باشد.

   حاج‌آقا روح‌الله این نظام را تشکیل دادند و ما باید کمک کنیم
بنده برای اربعین حضرت آیت‌الله‌العظمی گلپایگانی(قد) به آستان قدس رضوی دعوت شدم -متأسفانه پرواز انجام نشد و نتوانستم بروم - قبل از رفتن از یکی از بستگان نزدیک ایشان که الان هم زنده هستند پرسیدم اگر خاطراتی از امام راحل و آیت‌الله گلپایگانی(قد) دارید برایم بگویید تا در منبر بگویم. ایشان گفت، در اول انقلاب تعدادی نزد آیت‌الله گلپایگانی(قد) آمدند و خیلی انتقاد کردند که دادگاه‌ها چنین و چنان می‌کنند، آقا همه این‌ها را گوش کردند بعد فرمودند؛ اگر حاج‌آقا روح‌الله الان بگوید من ۱۵سال مبارزه کردم و خسته شدم، حالا شما بیایید نظام را اداره کنید، کدام یک از ماها می‌توانیم و کدام یک از ما مقبولیت ایشان را دارد؟! ایشان این نظام را تشکیل دادند و ما باید کمک کنیم اگر ایراد دارد، ایرادات را حل کنیم.

نکته دیگر که باز هم  مرحوم آیت‌الله سید جواد علم‌الهدی برایم نقل کردند، که ایام دفاع مقدس می‌خواستیم یک کاروانی برای کمک به جبهه ببریم، وقتی به قم رسیدیم، برای عرض سلام و ادب خدمت آیت‌الله‌العظمی گلپایگانی رسیدیم، عرض کردم این کاروان برای کمک به رزمندگان به جبهه می‌روند اما اگر در حین کمک‌رسانی جان‌شان را از دست بدهند در حکم شهید هستند؟ جواب دادند چرا می‌گویید در حکم شهید! اینها شهید مسلم هستند.

   پیام تشکر آیت‌الله‌العظمی خویی به آیت‌الله ‌العظمی خامنه‌
ایآیت‌الله‌العظمی خویی(قد) استاد‌الفقها و مرجع بزرگ بودند. این‌چیزی که می‌گویم قطعاً برای همه شما تازگی دارد. بعد از انتفاضه عراق، مرحوم آیت‌الله خویی ۹ نفر را به عنوان شورای انقلاب تعیین کردند و صدام هم وحشیانه این 9 نفر را اعدام کرد و انتفاضه را سرکوب کرد و مرحوم آیت‌الله خویی این پیرمرد کهنسال را با یک وضع دردناکی به بغداد احضار کرد که بعد‌از این ماجرا آیت‌الله‌العظمی خویی(قد) پیکی به ایران نزد آیت‌الله‌العظمی امام خامنه‌ای فرستاد و چون من رابط برای ملاقات بودم، حضرت آقا فرمودند خاتمی هم بیاید. رفتیم و پیک هم آمد و گفت از طرف آقای خویی سلام عرض می‌کنم خدمت شما. ایشان از بیانیه شما تشکر کردند و فرمودند: اگر اعلامیه شما نبود مرا کشته بودند. به حمایتتان ادامه دهید، حضرت آقا فرمودند، ایشان نفرمودند چه نوع حمایتی را انجام بدهیم، پیک گفت نه؛ آقا فرمودند:«به ایشان سلام برسانید و بگویید با افتخار شما را به ایران دعوت می‌کنیم هر جای ایران که بخواهید تمام امکانات در خدمت شماست.» این‌هم نمونه‌ای دیگر از فعالیت علما برای نظام اسلامی و مقابله با حکومت‌های ظالم و مستبد است.

    اگر امام خمینی(قد) در کربلا بودند72 تن می‌شد 73 تن
مرحوم آیت‌الله‌العظمی اراکی ده سال از امام بزرگتر بود و امام مقداری تفسیر صافی را پیش ایشان خوانده بود، وقتی به دیدار امام(قد) می‌رفت، می‌فرمود: «السلام علیک یا مجددالشریعه»، سلام بر تو که دین را زنده کردی و فرمود اگر این مرد (امام خمینی) در روز عاشورا بود، این 72 تن می‌شدند 73 تن؛ این، نشانگر ارادت ایشان به امام و مبیّن عظمت شخصیت امام خمینی(قد) است.

   آیت‌الله‌العظمی صافی گلپایگانی مدافع انقلاب و نظام اسلامی بوده و هستند
بنده از مراجع عظام تقلید زنده مطالب زیادی در دفاع از انقلاب و نظام اسلامی دارم که طول می‌کشد ولی به مناسبت از شیخ‌المراجع آیت‌الله‌العظمی صافی بگویم. آیت‌الله‌العظمی صافی جداً مرجع هواکشته است؛ هوای نفس ندارد. حقیقتاً این مرجع تقلید، هوای نفس خود را کشته است و در طول زندگی، مدافع نظام و انقلاب بوده و هست.

 در روایتی از حضرت عیسی(ع) بیان شده که از ایشان پرسیدند: « يَا رُوحَ اللَّهِ فَمَنْ نُجَالِسُ إِذاً قَالَ مَنْ يُذَكِّرُكُمُ اللَّهَ رُؤْيَتُهُ وَ يَزِيدُ فِي عِلْمِكُمْ مَنْطِقُهُ وَ يُرَغِّبُكُمْ فِي‌الْآخِرَةِ عَمَلُهُ»، با چه کسی نشست و برخاست کنیم، که ایشان فرمودند، با کسی که سه خصلت داشته باشد؛ دیدن او شما را به یاد خدا بیندازد، حرف زدن او بر علم شما بیفزاید و عمل او شما را به آخرت ترغیب کند و این ویژگی‌ها در آیت‌الله‌العظمی صافی وجود دارد.
آیت‌الله‌العظمی صافی فقیه دقیقی هستند، به‌همین جهت حضرت امام ایشان را به عنوان فقیه شورای نگهبان منصوب کردند و از طرف شورا نگهبان به عنوان دبیر انتخاب شدند. در خبرگان قانون اساسی که خیلی هم مهم بود، ایشان عضو فعال آن بودند و خاندان ایشان در مبارزه با طاغوت معروف هستند. پدر بزرگوار ایشان علیه رضاخان و برادر بزرگوارشان مرحوم آیت‌الله‌العظمی علی‌ صافی در زمان طاغوت تبعید شدند و بسیار هم فرد شجاعی بودند.
حاج علی‌آقای صافی می‌گوید، یک‌بار آیت‌الله‌العظمی گلپایگانی(قد)  مرا پیش شاه فرستاد که تذکری به او بدهم؛ ایشان(علی‌آقا) می‌گوید: نشستم پیش شاه و تذکر را دادم؛ شاه خیلی مغرور و متکبر بود و چندان تحویل نگرفت: درحالی‌که وقتی همان لحظه گفتند: فلان سرلشگر قرار است بیاید، رفتار دیگری کرد و به من گفت: به آیت‌الله گلپایگانی بگویید، به این کارها چکار دارند؟ مشغول کار خودشان و درس و بحث دینی باشند. علی‌آقا صافی می‌گوید به شاه گفتم: عجب، عجب؛ قانون اساسی می‌گوید ۵ نفر مجتهد باید نظر بدهند و آن‌وقت این آقا در برابر مرجعیت می‌ایستد؟! و بعد بدون خداحافظی بیرون آمدم.

   وفاق مرجعیت در تقویت و عدم تضعیف نظام
جریان مرجعیت شناخته شده کشور نسبت به نظام جمهوری اسلامی در دو مورد وفاق دارند:

 یک، تقویت اصل نظام جمهوری اسلامی واجب است. دو، تضعیف نظام حرام است. البته مراجع نقد دارند و نباید واقعیت‌ها را انکار کرد. نقد و ایراد گرفتن و اشکال کردن برای همه در جمهوری اسلامی آزاد است؛ پس چرا نباید برای مراجع آزاد باشد. اما در کلان، همراه با نظام جمهوری اسلامی می‌باشند؛ و به‌حمدالله هم زعمای حوزه که مراجع عظام تقلید هستند و هم بدنه حوزه که عالمان دینی و طلاب هستند، اکثریت قریب به اتفاقشان حامی ناصح نظام اسلامی می‌باشند با همان تفسیری که گفتیم؛ یعنی امر به معروف و نهی از منکر را تکلیف همیشگی خود می‌دانند و اختصاص به این دولت و آن دولت ندارد.