امام خامنه‌ای
بسم‌الله‌الرحمن‌الرحیم
درگذشت عالم مجاهد جناب حجة‌الاسلام و‌المسلمین آقای حاج شیخ محسن مجتهد شبستری(ره) را به خاندان گرامی و فرزندان ارجمند و همه ارادتمندان ایشان در تهران و آذربایجان تسلیت عرض می‌کنم. این عالم بزرگوار از جمله موفق‌ترین روحانیون فعال در خدمات اجتماعی و هدایت عمومی و اداره حوزه‌های علمیه در تهران و تبریز بودند. تلاش‌ها و زحمات ایشان در دوران طولانی امامت جمعه تبریز فراموش‌نشدنی است و آثار ماندگار آن‌مرحوم در حوزه علمیه تهران و غیره موجب جلب رحمت الهی به ایشان است ان‌شاءالله. از خداوند متعال مغفرت و علو درجات این عالم بزرگوار را مسألت می‌کنم.

  آیت‌الله‌العظمی مکارم شیرازی
رحلت اسفناک عالم ربانی حجت‌الاسلام و‌المسلمین آقای حاج شیخ محسن مجتهد شبستری(ره) موجب نهایت تأسف گردید. عالمی فرزانه که در طول عمر خویش، خدمات زیادی به اسلام و انقلاب نمود. اینجانب این ضایعه مؤلمه را به حوزه‌های علمیه و مردم آذربایجان مخصوصاً مردم تبریز و بیت مکرم ایشان تسلیت عرض می‌کنم و علو درجات برای ایشان و صبر و اجر فراوان برای بازماندگان را از خداوند متعال خواستارم.

   آیت‌الله‌العظمی نوری همدانی
ارتحال عالم مجاهد آیت‌الله آقای شیخ محسن شبستری(ره) موجب تأثر و تأسف گردید.  آن‌مرحوم سالیان طولانی در سنگر امامت جمعه و اداره حوزه‌های علمیه، خدمات فراوانی از خود به‌جای گذاشت.

درگذشت این روحانی خدوم را به آقازاده محترم و فاضل ایشان و اهالی انقلابی و متدین آذربایجان و همه وابستگان تسلیت عرض نموده و رحمت و علو مقام برای آن مرحوم مسئلت می‌نمایم.

   آیت‌الله‌العظمی سبحانی
درگذشت عالم ربانی، حجت‌الاسلام والمسلمین جناب آقای حاج شیخ محسن مجتهد شبستری (قدّس سره) مایه تأسف و تأثر گردید.

آن عالم بزرگوار فرزند حاج میرزا کاظم مجتهد شبستری از علماء طراز اول تبریز بود و در مبارزه با بدعت‌ها و تبلیغات سوء، فرد نمونه بود.
فقید سعید نیز بسان پدر، چه در امامت جمعه و چه در تعلیم و تربیت بسیار موفق بود.
ما این ضایعه را به علما و حوزه علمیه مرحوم ایروانی و خاندان شبستری بالاخص فرزند برومند ایشان جناب حجة‌الاسلام آقای شیخ جواد مجتهد شبستری تسلیت می‌گوئیم و برای آن مرحوم علو درجه خواهانیم. عاش سعیداً و مات سعیداً

   جامعه مدرسین حوزه علمیه قم
بسم‌الله الرحمن الرحیم/ انا لله و انا الیه راجعون

رحلت عالم مجاهد، مرحوم آیت‌الله حاج شیخ محسن مجتهد شبستری عضو محترم جامعه روحانیت مبارز موجب تألم و تأثر گردید.
این سیاستمدار آگاه و مبارز نستوه از یاران و همراهان امام خمینی(قد) در نهضت اسلامی بود و با روشن‌بینی عالمانه و اهتمامی که به صیانت از ولایت فقیه داشت، از یاران صدیق رهبری و حامیان مخلص نظام اسلامی بود. خدمات ارزشمند ایشان در مناصب امامت جمعه، عضویت در مجلس خبرگان رهبری و مجمع تشخیص مصلحت نظام، در نزد خدای متعال مأجور و مشکور است، ان‌شاءالله.
جامعه مدرسین حوزه علمیه قم، رحلت این عالم فاضل و انقلابی پرهیزگار را به محضر حضرت بقیة‌الله‌الاعظم (عج)، مقام معظم رهبری«مدظله العالی»، مراجع عظام تقلید «دامت‌برکاتهم»، حوزه‌های علمیه و همچنین به بیت مکرم، علاقه‌مندان و به‌خصوص مردم غیور و مؤمن تبریز تسلیت عرض نموده، برای آن مرحوم علو درجات، غفران و رحمت الهی را از خداوند متعال خواستار است.
و السلام علیکم و رحمة‌الله و برکاته
سیدهاشم حسینی بوشهری/ رئیس شورای‌عالی جامعه مدرسین حوزه علمیه قم

   آیت‌الله اعرافی مدیر حوزه‌های علمیه
رهبری فعالیت‌های سیاسی پیش‌از انقلاب در مسیر مبارزه علیه رژیم پهلوی، حضور فعال و اثرگذار در نهادهای انقلابی مانند مجلس شورای اسلامی و بیش‌از دو دهه مجاهدت مخلصانه در سنگر امامت جمعه، از برگ‌های زرین زندگی سراسر مجاهدت این عالم وارسته است که به‌فضل الهی، جایگاه ارزشمندی را برای ایشان در سرای جاوید رقم خواهد زد. مواضع ولایت‌مدارانه و همراه با بصیرت انقلابی ایشان در خطبه‌های نماز جمعه در اذهان مردم شریف و ولایت‌مدار آذربایجان شرقی به‌یادگار خواهد ماند.

   ‌حجت‌الاسلام والمسلمین بهجت‌پور مدیر حوزه‌های علمیه خواهران

آن عالم مجاهد که از روحانیون موفق در ارائه خدمات اجتماعی بود، عمر پربرکت و معنویت خود را در راه ترویج و نشر علوم اسلامی و شعائر دینی و مذهبی، تربیت شاگردان فاضل و دفاع از آرمان‌های مقدس حضرت امام خمینی(قد) و انقلاب شکوهمند اسلامی و حمایت و پشتیبانی از ولایت فقیه و خدمت به مردم شریف مصروف کرد.

   فعالیت‌های سیاسی- انقلابی آیت‌الله شبستری
آیت‌الله مجتهد شبستری، در دوران انقلاب با شهیدان مطهری، بهشتی و مفتح در ارتباط بود و جامعه روحانیت مبارز تهران را تأسیس کردند.  وی نگارش متن اعلامیه‌های روشنگرانه جامعه روحانیت مبارز پس از کسب رهنمودهای لازم از امام(قد) و مشورت با اعضای جامعه را بر عهده داشت و در منطقه6 تهران، رهبری تظاهرات و فعالیت‌های سیاسی و سخنرانی علیه رژیم پهلوی از فعالیت‌های دیگرش بود.آیت‌الله مجتهد شبستری بارها در دوران مبارزاتش بازداشت شد.

ماندن پای انقلاب تا آخر
آیت‌الله محسن مجتهد شبستری پس از پیروزی انقلاب اسلامی، همواره یار وفادار و صادق امام خمینی(قد) و رهبر معظم انقلاب بود و در صحنه‌های دفاع از انقلاب، در خط مقدم بود و تا آخر پای انقلاب ایستاد. وی اعتقاد داشت که حمایت از مقام معظم رهبری، حمایت از امام زمان(عج) است.  رهبر معظم انقلاب در سال ۱۳۷۴ در حکم انتصاب وی به‌عنوان نماینده ولی‌فقیه در آذربایجان شرقی و امام جمعه تبریز، مرقوم فرموده بودند:« ...... جناب‌عالی را که برخوردار از شایستگی علمی و عملی و خود فرزند صالح آن شهر علم و فرهنگ می‌باشید و در اداره حوزه‌های علمیه و فعالیت‌های خطیر دینی و سیاسی دارای سوابق درخشان هستید، به نمایندگی ولی‌فقیه در استان و امامت جمعه تبریز منصوب می‌کنم.»

مسئولیت‌ها پس‌از پیروزی انقلاب اسلامی
نماینده مجلس خبرگان رهبری در ادوار اول، دوم، سوم، چهارم و پنجم؛ چهار دوره نمایندگی مردم تهران در مجلس شورای اسلامی در ادوار اول، دوم، چهارم و پنجم؛ ریاست کمیسیون اقتصاد در دوران نمایندگی مجلس شورای اسلامی؛ نماینده ولی‌فقیه در آذربایجان شرقی و امام جمعه تبریز؛ عضو شورای مرکزی جامعه روحانیت مبارز؛ تولیت مدرسه علمیه آیت‌الله ایروانی(ره) تهران؛ عضو مجمع تشخیص مصلحت نظام.