*التعليم وبداية طلب العلم
في طفولته، التحق الشيخ محمد البهاري مع الشيخ محمد باقر البهاري بالمكتب (المدرسة التقليدية) عند الملا عباس علي في بهار. هناك تعلم القراءة والكتابة وتلاوة القرآن الكريم والأحكام الشرعية. كان لديه شغف كبير بطلب العلم، وفي سنوات شبابه درس العلوم الحوزوية على يد الملا جعفر البهاري، الذي كان عالماً زاهداً ورعاً. الملا جعفر، بالإضافة إلى مكانته العلمية العالية، كان زاهداً يعتمد على الزراعة في معيشته، ولم يكن يستخدم الأموال الشرعية (الوجوهات).
بعد إتمام تعليمه الأساسي في همدان، انتقل الشيخ محمد البهاري إلى بروجرد لمواصلة دراسته، حيث درس على يد آية الله السيد محمود البروجردي، والد آية الله السيد حسين البروجردي(رح). وبعد أن حصل على درجة الاجتهاد في سن الثانية والثلاثين، عاد إلى مسقط رأسه لفترة قصيرة لإرشاد الناس.
*الهجرة إلى النجف
في عام ۱۲۹۷ هـ، قرر الشيخ محمد البهاري السفر إلى النجف الأشرف لاستكمال دراسته الحوزوية. هناك أصبح من تلامذة وخواص درس العارف الكبير والأستاذ المتميز في العرفان، آخوند ملا حسينقلي الهمداني، الذي كان من أبرز تلامذة الحكيم السبزواري. كان ملا حسينقلي الهمداني يُجلّ الشيخ البهاري، حتى قال عنه: "الحاج الشيخ محمد البهاري هو حكيم أصحابي."
ظل الشيخ محمد البهاري ملازماً لدرس أستاذه ملا حسينقلي الهمداني حتى وفاته عام ۱۳۱۱ هـ. بعد وفاة أستاذه، بقي الشيخ البهاري في النجف لفترة، حيث جذبت شخصيته العلمية والأخلاقية العديد من العلماء والطلاب والتجار من مختلف الجنسيات، سواء من الإيرانيين أو العرب أو الهنود. كان هؤلاء ينهلون من علمه وإرشاداته في طريق السلوك والتزكية. وعاد إلی مسقط رأسه «بهار» لمرض أصابه.
*أساتذته
والده،الملا عباس علي البهاري، الملا جعف، إسماعيل الهمداني، الميرزا محمود الطباطبائي، الحاج ميرزا محمود البروجردي، الملا حسينقلي الهمداني.
في مجال العرفان وعلوم القرآن، استفاد الشيخ محمد البهاري بشكل كبير من العارف الكبير ملا حسينقلي الهمداني. كان لمدرسة هذا العارف أكثر من ثلاثمائة طالب، من بينهم شخصيات بارزة مثل السيد أحمد الكربلائي، الشيخ محمد البهاري، الميرزا جواد آقا ملكي التبريزي، والسيد محمد سعيد الحبوبي، وغيرهم.
*تلامذته
كان للشيخ محمد البهاري العديد من التلامذة الذين تتلمذوا على يديه في النجف، حيث جمع بين التدريس والتربية الروحية. من أبرز تلامذته كان الشيخ لطيف البهاري، الذي عُرف بعلمه وعرفانه.
*آثاره
لم يترك الشيخ محمد البهاري عدداً كبيراً من المؤلفات المكتوبة، حيث كان تركيزه الأساسي على تربية الطلاب وإرشادهم. ومع ذلك، فإن أهم أعماله هو كتاب "تذكرة المتقين". يحتوي هذا الكتاب على رسائل في آداب السلوك، وأقسام عن صفات علماء الحق وأصناف المغرورين، بالإضافة إلى ستة عشر رسالة موجهة إلى أصدقائه وتلامذته. جمع هذه الرسائل الشيخ إسماعيل تائب التبريزي ونشرها تحت اسم "تذكرة المتقين"، وقد طُبع هذا الكتاب عدة مرات.
*وفاته

في أواخر حياته، عاد الشيخ محمد البهاري إلى مدينة بهار بسبب اشتداد مرضه، حيث وافته المنية في التاسع من شهر رمضان المبارك عام ۱۳۲۵ هـ. دُفن في مدينة بهار، بناءً على وصيته، حيث أراد أن يكون مدفنه بجانب الشهداء.