در سال 1399 دبیرخانه حمایت از طرح‌های پژوهشی بر اساس مصوبات شورای‌عالی حوزه‌های علمیه در مرکز مدیریت شروع به‌کار کرد و برای پیشبرد برنامه‌ها و سیاست‌های ابلاعی، 28 گروه علمی در دانش‌ها و مسائل مختلف تشکیل داد.  

  گزارش اجمالی دبیرخانه
1) نیازسنجی پژوهشی
مهم‌ترین اقداماتی که در این بخش انجام شده‌اند، عبارتند از:
• در سال 1400 با اضافه شدن گروه‌های علمی جدید و همچنین مسائل روز، نسخه اول دفترچه اولویت‌های پژوهشی به‌روزرسانی شد؛ از این‌رو دبیرخانه از طریق گروه‌های علمی با رصد میدانی از مراکز حاکمیتی و هم‌اندیشی علمی با حضور صاحب‌نظران، در اولویت‌های پژوهشی تجدید نظر نموده و نخستین ویرایش کتاب «اولویت‌های پژوهشی مورد نیاز نظام و جامعه اسلامی» را منتشر نمود.
• در سال 1401 با ادامه روند برگزاری جلسات هم‌اندیشی‌های علمی، اولویت‌های پژوهشی هر گروه به‌روزرسانی و در قالب ویرایش جدید کتاب «اولویت‌های پژوهشی مورد نیاز نظام و جامعه اسلامی» که مشتمل بر بیش از 300 اولویت پژوهشی است، به جامعه پژوهشگران جهت انعقاد قراردادهای پژوهشی و پاسخ‌گویی ارائه شد.
• همچنین در آبان‌ماه 1401 و با توجه به ناآرامی‌ها و اغتشاشات رخ‌داده در سطح کشور، 24 محور پژوهشی دارای اولویت را با عنوان «حوزه علمیه، دین و راهبردهای فرهنگ عمومی» شناسایی و در اختیار جامعه پژوهشگران قرار داد.
2) فراخوان حمایت از آثار مسأله‌محور و مورد نیاز نظام، جامعه اسلامی و حوزه‌های علمیه
در فروردین‌ماه 1400 پس از آماده‌سازی زمینه حمایت از پژوهشگران و مؤسسات پژوهشی حوزوی، فراخوان عمومی حمایت از طرح‌های پژوهشی مسأله‌محور اعلام شد که در همین راستا، تا پایان سال 1401، بیش از 4200 اثر پس از بررسی اولیه در دستور کار دبیرخانه قرار گرفته است که تمامی آثار براساس موضوع، تفکیک و برای بررسی بیش‌تر به گروه‌های علمی دبیرخانه ارجاع شده است.
3) طرح‌های پژوهشی شاخص در حال اجرا در دبیرخانه
1. اصلاح قوانین بانکداری براساس معیارهای الگوی اقتصاد مقاومتی (بخش دومِ قانون بانکداری جمهوری اسلامی ایران)؛
2. مطالعه راهبردی نظام جذب و گزینش طلاب؛ وضعیت‌شناسی، آسیب‌شناسی و راه‌کارهای بهبود آن؛
3. مسائل اولویت‌دار مخاطب تبلیغ دینی در جمهوری اسلامی ایران؛ سیاست‌ها و راهبردها؛
4. مسائل اولویت‌دار روش تبلیغ دینی در جمهوری اسلامی ایران؛ سیاست‌ها و راهبردها؛
5. مسائل اولویت‌دار محتوای تبلیغ دینی در جمهوری اسلامی ایران؛ سیاست‌ها و راهبردها؛
6. مسائل اولویت‌دار مبلغ تبلیغ دینی در جمهوری اسلامی ایران؛ سیاست‌ها و راهبردها؛
7. طرح جامع اسلام‌شناسی؛ معرفی مبانی اعتقادی، سیره معصومان(ع)، معرفی بزرگان و متون مقدس اسلام به پیروان دیگر ادیان با رویکرد ادیانی با محوریت قرآن و اهل بیت(ع)؛
8. نظام‌واره مسائل و آسیب‌های حوزه و روحانیت؛
9. نظام مسائل اقتصاد حوزه علمیه و روحانیت؛
10. خدمات اجتماعی روحانیت در جامعه اسلامی (بایسته‌ها، آسیب‌ها و راه‌کارها)؛
11.  راهبردهای تقویت امید به آینده در فضای جامعه با تکیه بر نقش حوزه‌های علمیه؛
12.  تبیین جایگاه حوزه علمیه در سیاست‌گذاری کلان کشور با توجه به مبانی اسلامی و اسناد بالادستی؛
13.  نسبت حوزه و نظام اسلامی؛
14.  آسیب‌شناسی فرهنگ دین‌داری در جامعه و راه‌های ارتقای آن با توجه به سیاست‌های حوزه.
4) گزارش اجمالی آثار ارسال‌شده به دبیرخانه
از ابتدای شروع فعالیت «دبیرخانه حمایت»، تا پایان سال 1401 طرح‌های پژوهشی، کتاب‌ها و پایان‌نامه‌های متعددی به دبیرخانه ارسال شده است که به‌تفکیک موضوع میان گروه‌های علمی دبیرخانه تقسیم و مورد بررسی قرار گرفته که در ذیل به‌اجمال گزارشی ارائه و در بخش سوم، به گزارش تفصیلی آن پرداخته می‌شود:
▪ کل آثار ارسالی: 4.289 مورد
در دوره 1400-1399: 1.531 مورد
در دوره 1401-1400: 2.758 مورد
▪ آثار به تفکیک قالب:
طرح پژوهشی: 1.018 مورد
پایان‌نامه دفاع‌شده با قابلیت تبدیل به کتاب: 2.430 مورد
کتاب: 841 مورد
▪ آثار تأیید‌شده: 504 مورد
طرح پژوهشی: 299 مورد
پایان‌نامه دفاع‌شده با قابلیت تبدیل به کتاب1: 33 مورد
 (حمایت از چاپ و نشر کتاب): 172 مورد
در مرحله صفحه‌آرایی: 3 مورد
در مرحله مجوز نشر: 3 مورد
در مرحله چاپ: 17 مورد
چاپ شده: 20 مورد
▪ وضعیت کتاب‌های تأیید شده جهت حمایت چاپ:
چاپ شده: 105 مورد
در حال چاپ: 67 مورد
..............................................
   پی نوشت‌
1. پایان‌نامه‌ها در صورتی‌که تأیید شوند، همانند یک طرح پژوهشی وارد روند پژوهش شده و اصلاحات لازم زیر نظر گروه‌های علمی بر روی آن‌ها صورت گرفته و سپس مراحل چاپ تا انتشار را طی می‌کنند.