شناسایی اولویت‌های پژوهشی، در برنامه‌ریزی و سیاست‌گذاری تحقیقات پژوهشی نقشی مهم و تأثیرگذار دارد؛ در هر برنامه‌ریزی‌ تحقیقاتی، نخستین پرسش پس از شناخت موضوع، اهمّیت و اولویت آن در مقام پژوهش است. نیازها و انتظارات جامعه، مدیران و برنامه‌ریزان پژوهشی را به سمتی سوق می‌دهد که برای شروع یک پروژه علمی و سرمایه‌گذاری معنوی و مادی در آن، اولویت پژوهشی آن را معین کنند و از انجام تحقیقات موازی، تکراری و با اولویت‌های کمتر جلوگیری کنند.
معاونت پژوهش حوز‌ه‌های علمیه، با عنایت به جایگاه و اهمّیت این مسئله، اجرای طرح‌های «نیازسنجی پژوهشی دانش‌های حوزوی» را در اولویت برنامه‌های خود قرار داده است و از سال 1391 تاکنون، ده اثر زیر را منتشر کرده است:
1. اولویت‌های پژوهشی دانش فقه؛
2. اولویت‌های پژوهشی تفسیر و علوم قرآن؛
3. اولویت‌های پژوهشی مناسبات دین و روان‌شناسی؛
4. اولویت‌های پژوهشی اقتصاد اسلامی؛
5. اولویت‌های پژوهشی نظام تعلیم و تربیت حوزه علیمه؛
6. اولویت‌های پژوهشی ادبیات داستانی؛
7. اولویت‌های پژوهشی فقه سیاسی؛
8. اولویت‌های پژوهشی اصول فقه؛
9. اولویت‌های پژوهشی علوم و معارف حدیث؛
10. اولویت‌های پژوهشی کلام شیعه.
آثار منتشرشده با عنوان اولویت‌های پژوهش دانش‌های حوزوی، در پایگاه اطلاع‌رسانی معاونت پژوهش حوزه‌های علمیه ارائه شده است و به‌روزرسانی برخی از این کتاب‌ها در دستور کار این مدیریت قرار دارد.
طی سال‌های 1401و 1402، چهار کتاب دیگر از این مجموعه نهایی شده و به‌مناسبت هفته پژوهش، امسال از آن‌ها رونمایی می‌شود:
1. اولویت‌های پژوهشی دانش مطالعات اجتماعی؛
2. اولویت‌های پژوهشی مشاوره اسلامی؛
3. اولویت‌های پژوهشی دانش فلسفه؛
4. مجموعه مسائل حوزه علمیه و هنر.
همچنین برای دانش‌های زیر، طرح و قرارداد تهیه شده است و امید است تا پایان سال 1403 انتشار یابند:
1. اولویت‌های پژوهشی دانش تاریخ و سیره؛
2. اولویت‌های پژوهشی دانش رجال؛
3. اولویت‌های پژوهشی دانش مدیریت اسلامی؛
4. اولویت‌های پژوهشی دانش اخلاق اسلامی؛
5. اولویت‌های پژوهشی دانش فقه اللغة و صرف؛
6. اولویت‌های پژوهشی دانش نحو و بلاغت؛
7. اولویت‌های پژوهشی امامت پژوهی.

 اولویت‌های پژوهشی ناظر به نیازهای دینی - فرهنگی در استان‌ها
 معاونت پژوهش، دو مأموریت در استان‌ها برنامه‌ریزی کرده و مجدانه به دنبال آن است. دو کلان‌پروژه «نیازسنجی و تعیین اولویت‌های پژوهشی فرهنگی - دینی در استان‌ها» ‌ و «جغرافیای دینی - فرهنگی استان».
هدف از کلان‌پروژه «جغرافیای دینی - فرهنگی»، معرفی بوم‌شناخت و ظرفیت دینی- فرهنگی از استان‌های مختلف است. تا‌کنون در 16 استان این طرح پیگیری شده و مجریان استانی مشغول توصیف استان‌ خود از این منظر بر اساس الگوی واحد هستند. به‌مناسبت هفته پژوهش از ویراست اولیه جغرافیای دینی - فرهنگی چهار استان زیر رونمایی می‌شود:
1. جغرافیای دینی- فرهنگی استان سمنان؛
2. جغرافیای دینی- فرهنگی استان مرکزی؛
3. جغرافیای دینی- فرهنگی استان آذربایجان شرقی؛
4. جغرافیای دینی- فرهنگی استان کهگیلویه و بویراحمد.
هدف از کلان‌پروژه «نیازسنجی و تعیین اولویت‌های پژوهشی فرهنگی - دینی در استان‌ها»، شناسایی نیازها و تعیین اولویت چالش‌های فرهنگی دینی در هر استان است. این طرح نیز، به‌صورت یکپارچه در کل کشور پیگیری شده و تاکنون در 16 استان پیشرفت‌هایی داشته است. به‌مناسبت هفته پژوهش از ویراست اولیه سه استان رونمایی می‌شود. امید است، هر دو کلان‌پروژه استانی تا پایان سال 1404 به‌صورت کامل اجرایی شده، نتایج آنها در اختیار مدیران ارشد، پژوهشگران استانی و مبلغان قرار گیرد. سه اثر آماده انتشار عبارتند از:
1. نیازسنجی و تعیین اولویت‌های دینی فرهنگی استان سمنان؛
2. نیازسنجی و تعیین اولویت‌های دینی فرهنگی استان کردستان؛
3. نیازسنجی و تعیین اولویت‌های دینی فرهنگی استان آذربایجان شرقی.

 سامانه ملی نیازسنجی پژوهشی حوزه‌های علمیه
 معاونت پژوهش، سامانه ملی نیازسنجی پژوهشی حوزه‌های علمیه را طراحی و فاز نخست آن را راه‌اندازی کرده است. این کار، با هدف دستیابی به نرم‌افزاری جامع و تحت وب، برای استخراج نیازها و اولویت‌های پژوهشی دانش‌های حوزوی و پیگیری به‌روز کاستی‌ها و نیازها در گستره علوم دینی انجام می‌شود و می‌کوشد، با بهره‌گیری از توان علمی مراکز پژوهشی و دیدگاه‌های صاحب‌نظران و پژوهشگران حوزوی و دانشگاهی، پل ارتباطی میان پژوهشگران با نیازهای جامعه و نظام باشد.
این سامانه به تارنمای  www.needs.ismc.ir اطلاعات کتاب‌های  نیازسنجی را با قابلیت جستجو در اختیار پژوهشگران قرار می‌دهد و این قابلیت را دارد که پژوهشگران بتوانند، موضوعات پژوهشی را که نیازمند تحقیق و پژوهش می‌دانند، به‌نام خود ثبت کرده و به دیگران معرفی کنند.
همچنین تعیین اولویت‌ها و اولویت‌‌دهی به نیازها بر مبنای خرد جمعی خواهد بود و  پژوهشگران و کاربران با شرکت در چرخه اولویت‌دهی با پاسخ به پرسش‌هایی، میزان اولویت‌ نیازهای ثبت‌شده را تعیین می‌کنند.
از دیگر ویژگی‌های این سامانه آن است که پژوهشگران مختلف دانش‌های اسلامی و انسانی می‌توانند، با مراجعه به این سامانه، موضوعات موجود در سامانه را با درخواست ویرایش و تکمیل بانک اطلاعاتی آن به‌نام خود، ثبت نمایند.