برای هدایت و نظارت بر فعالیت‌های پژوهشی در استان‌ها و حوزه‌های علمیه سراسر کشور، سامانه‌ای بر اساس مصوبه1002 شورای‌عالی، مبنی بر تعیین شاخص‌های کلان و خرد رتبه‌بندی واحدهای آموزشی در عرصه‌های آموزشی، پژوهشی و ... طراحی گردید.  با راه‌اندازی آزمایشی این سامانه در بستر دسکتاپ مجازی، برای اولین‌بار، همه واحدهای آموزشی، دارای پرونده به‌روز پژوهشی شده و امکان ثبت اطلاعات از سوی این واحدها و نظارت استان‌ها و ستاد مرکزی فراهم شده است.

   الف) وضعیت‌سنجی پژوهشی در مدیریت استانی
 (تعداد 8 شاخص کلان و تعداد 28 شاخص خرد)
برای رصد فعالیت‌های ستاد پژوهشی در استان‌ها، کلان‌شاخص‌های ذیل از قبیل:
زیرساخت‌های پژوهشی ( شورای پژوهش کلان استان، پژوهش‌سرا ...)؛
آموزش پژوهش (برگزاری دوره‌های مهارتی)؛
فعالیت‌های پژوهشی (جشنواره استانی علامه حلی(ره) تشریع علمی، کمیته استانی آزاداندیشی)؛
فرهنگ‌سازی پژوهش (هفته کتاب، هفته پژوهش، برگزاری مسابقات)؛
حمایت و پشتیبانی (تشکیل بانک اطلاعات پژوهشی، ساماندهی آثار پژوهشگران استان)؛
منابع انسانی و مالی؛
ارتباطات و تعاملات با ستاد و مدارس؛
سایر فعالیت‌ها (خلاقیت‌ها و نوآوری‌ها).

  ب) وضعیت‌سنجی عملکرد پژوهشی واحدهای آموزشی
(تعداد 7 شاخص کلان و 34 شاخص خرد)
آموزش پژوهش و اجرای درس مهارت‌های پژوهشی (براساس برنامه جامع پژوهش)؛
فعالیت‌های پژوهشی (پژوهش درسی، تحقیق پایانی، مجلات و نشریات علمی واحدهای آموزشی، جشنواره علامه حلی مدرسه‌ای، کانون‌های علمی طلاب)؛
فرهنگ‌سازی پژوهش (اطلاع‌رسانی پژوهشی، برگزاری نشست‌های توجیهی و انگیزشی)؛
حمایت و پشتیبانی (کتابخانه و سالن مطالعه استاندارد، سایت رایانه بانک اطلاعات و نرم‌افزارهای علمی پژوهشی)؛
منابع انسانی و مالی؛
ارتباطات و تعاملات با ستاد استان و دیگر واحدهای حوزوی؛
سایرفعالیت‌ها ( خلاقیت‌ها و نوآوری‌ها).