در نظام پژوهش، سنت‌های پژوهشی داریم که باید به دنبال احیای این سنت‌ها باشیم. باید در نشریات نیز، الگوهای نگارشی سنتی حوزه را احیا کنیم؛ یکی از این سنت‌های گذشته، حاشیه‌زنی بر کتاب‌ها و مقالات مختلف است.
تلاش معاونت پژوهش بر این است که حامی پژوهش باشد. طی دو سال گذشته در دبیرخانه حمایت 4200 طرح پژوهشی ارسال شده است. از این تعداد بیش از سه هزار طرح مورد بررسی قرار گرفته است؛ همچنین تاکنون بیش از ۵۰۰  طرح تأیید و قرارداد نیز منعقد شده است که هرکدام، از صفر تا ۱۰۰ درصد پرداختی داشته‌اند.  محدودیتی در پذیرش پروژه‌ها نداریم؛ اما پروژه‌ها باید ناظر به پاسخ به یکی از نیازهای نظام و جامعه اسلامی باشد. دبیرخانه حمایت از آثار پژوهشی با توجه به‌عنوانی که دارد، نمی‌تواند هر طرحی را بپذیرد و از آن حمایت کند. آثار ثبت‌شده در این دبیرخانه، باید متناسب با یکی از اولویت‌ها‌ی اعلام‌شده باشد.
ما به دنبال توسعه پژوهش در مرکز مدیریت هستیم. تلاش داریم مراکز مختلف حوزوی برنامه‌ریزی خود را پس از پژوهش انجام دهند. این اتفاق موجب می‌شود، اقداماتی که در حوزه رقم می‌خورد، با کیفیت و اثرگذاری بیشتری باشد.
بخش اساتید جشنواره علامه حلی(ره)، کار جدید بود که مورد استقبال خوبی نیز قرار گرفت. در طول چهارده دوره گذشته جشنواره علامه حلی(ره) بیش از 180 هزار اثر طلاب خواهر و برادر، به دبیرخانه جشنواره ارسال شده است. در چهاردهمین دوره جشنواره علامه حلی نیز، حدود ۱۸ هزار ۶۰۰ اثر در بخش طلاب و دو هزار و ۵۰۰ اثر نیز، در بخش اساتید داشته‌ایم.
در سامانه نشریات علمی کشور، حدود ۸۵۰ نشریه در بخش علوم انسانی وجود دارد. از این تعداد حدود ۲۷۰ نشریه علمی پژوهشی و ترویجی در علوم اسلامی و علوم انسانی اسلامی هستند که حدود نیمی از آن، به‌زحمت نهادهای حوزوی منتشر می‌شوند.
۸۰ نشریه علمی و تخصصی نیز، توسط مراکز پژوهشی حوزوی تولید می‌شود؛ همچنین ۱۵۰ نشریه نیز به‌صورت داخلی توسط مراکز و واحدهای آموزشی تولید می‌شود. در کتاب سال نیز، در دو دهه گذشته بیش از 20 هزار اثر از کتاب و پایان‌نامه سطح 4، از سوی نویسندگان حوزوی به دبیرخانه واصل شده است. اگرچه با وضعیت مطلوب فاصله داریم؛ ولی اقدامات انجام‌شده، نشان می‌دهد که حوزه علمیه پیشرفت‌های خوبی در عرصه پژوهشی داشته است.
ابتدا طلاب باید مهارت‌های پژوهشی را بیاموزند و بعد وارد عرصه پژوهش شوند. اساتید برای تدریس کتاب مهارت‌های پژوهش، دوره دیدند که این مسئله تاکنون سابقه نداشته و بیشتر اساتید بر اساس تجربه به تدریس پژوهش می‌پرداختند. در دو سال اخیر، چهارده دوره تربیت مربی مهارت‌های پژوهشی در استان‌های مختلف برگزار شد. همچنین حدود ۲ هزار استاد هم، طی چند سال گذشته، دوره ماده واحده دانش‌افزایی مهارت پژوهشی را شرکت کرده‌اند.
برای هر آموزش مهارت پژوهشی به طلاب، کتاب مهارت‌های پژوهش نوشته شده و لذا در این راستا، برای اساتید نیز دوره‌های ویژه‌ای برگزار می‌شود.
کتاب مهارت‌های پژوهش به‌صورت کارگاهی است و می‌تواند الگویی برای دیگر موضوعات و مسائل باشد. طلبه را باید جستجوگر تربیت کنیم. این کمک می‌کند تا طلبه در نظام آموزش حوزه موفق باشد. باید تلاش کرد، روح تحقیق و جستجوگری را در طلبه و مدرسه زنده کرد؛ اما مهارت‌های پژوهشی در این راه لازم است.
در این راستا برای اساتید کارگاه‌هایی را برگزار کردیم تا با مدل کار آشنا شوند. چهار مهارت روش مطالعه، روش فناوری پژوهش، روش تحقیق اولیه و روش نگارش مقاله کوتاه به‌‌صورت مبسوط در این دوره‌ها تدریس می‌شود و سپس از حاضرین آزمون اخذ خواهد شد.
اگر اساتیدی در این خصوص تجربه و ایده‌هایی دارند، از راهکارها آنان استقبال می‌کنیم.
طلاب سطح یک حداقل مهارت‌ها در حوزه پژوهش را باید یاد بگیرند؛ کنکاش با منابع بیشتر غیر از کتاب،‌ یکی دیگر از اهداف است و توصیه ما این است که پژوهش در راستای دروس نوشته شود. اگر این مهم محقق شود، انگیزه لازم را در بین طلاب نسبت به فعالیت‌های پژوهشی بیشتر می‌کند.
یکی دیگر از دستاوردهای معاونت پژوهش، راه‌اندازی و توسعه کانون‌‌های علمی در مدارس است. طلاب در قالب گروه‌های پنج تا ۱۰ نفره به همراه استاد، یک کانون را در موضوعات مختلف تشکیل می‌دهند. هزار و ۱۰۰ کانون در حال حاظر در مدارس علمیه سطح کشور داریم که این کانون‌ها، یک جشنواره سالانه دارند و از برترین‌ها تقدیر می‌شود.
در پایان یکی از کارهای تحولی که باید اتفاق بیفتد، راه‌اندازی اندیشکده‌هاست. اندیشکده‌ها با تعاریفی که برای آن ارائه شده، محلی هستند برای سیاست‌گذاری و ارائه راهبردهای نوین و کاربست دانش.  اندیشکده‌ها مراکز سیاست‌پژوهی ایده‌ها و کاربردی‌سازی دانش‌اند که در بخش سیاست‌گذاری و تصمیم‌سازی، در رابطه با چهارچوب‌های فکری و ایده‌هایی که از دانش‌های گذشته تولید‌شده را کاربرد‌سازی می‌کند. مدیریت مطالعات و برنامه‌ریزی پژوهشی معاونت پژوهش به‌دنبال آن است که با گفتمان‌سازی، نشست‌هایی برگزار کند تا اندیشکده‌های حوزوی هدایت شوند به نقطه‌ای صحیح که در جهان وجود دارد.