1. بیمارستانی که17 سال قبل از انقلاب، به دستور آیت‌الله‌العظمی گلپایگانی(ره) ساخته شدانگیزه تأسیس بیمارستان:
در روز بیست و پنجم شوّال سال ۱۳۸۲ هجری قمری مصادف با دوم فروردین ۱۳۴۲ هجری شمسی، سالگرد شهادت حضرت امام جعفر صادق(ع) مجلس سوگواری در مدرسه فیضیه قم برگزار ‌شد. مأموران حکومت پهلوی با حمله وحشیانه به این مجلس، ضمن بر هم زدن آن، به ضرب و جرح حاضرین خصوصاً روحانیون پرداخته و مجروحین زیادی را بر جای می‌گذارند. پس از این حادثه، مجروحین بازداشت و مراکز درمانی شهر از پذیرفتن آنها منع شدند. 
بیت آیت‌الله‌العظمی گلپایگانی و برخی خانه‌های شهر، محل استراحت و مداوای مجروحین حادثه می‌شود. از آنجایی که مجلس یادشده از طرف مرحوم آیت‌الله‌العظمی گلپایگانی(ره) برگزار شده بود، معظم‌له در رسیدگی به آسیب‌دیدگان به حادثه و نیز خانواده‌های آنان، نهایت سعی و تلاش را به‌کار برده و در این راستا از هیچ اقدامی دریغ ننمودند. شرایط سخت و دشوار حاکم بر جامعه، این فقیه بزرگوار و دوراندیش را بر آن داشت تا با نگاه خاص و عنایت ویژه خود نسبت به تأسیس یک مرکز درمانی پیشرفته، در جهت رفع مشکلات درمانی خانواده‌های روحانی و سایر اقشار کم‌درآمد جامعه اقدام نماید. خدمات ارزنده علمی فرهنگی ایشان به جامعه اسلامی و حوزه‌های علمیه شیعه در داخل و خارج کشور بر کسی پوشیده نیست. در حوزه‌ فعالیت‌های اجتماعی که به‌طور خاص به آرامش، رفاه، سلامت و بهداشت جامعه مربوط می‌شود، با ایجاد مؤسسه خیریه و بیمارستان، شکل جدیدی از فعالیت‌های اجتماعی در کارنامه درخشان مرجعیت شیعه نمایان شد. این اقدام ایشان  چنان مؤثر بود که سالیان بعد، مراجع بزرگوار تقلید و شخصیت‌های روحانی را بر آن داشت تا با جرأت، پای از دامنه فعالیت‌های خاص حوزه دین فراتر گذاشته و با تأسیس مراکزی از این دست، موجبات رشد بهداشت و سلامت جامعه را فراهم آورند.
موقعیت و جایگاه بیمارستان:
بیمارستان حضرت آیت‌الله‌العظمی گلپایگانی(ره) در سال ۱۳۴۶ هجری شمسی تأسیس شد. زمین بیمارستان به مساحت 14000 متر مربع از موقوفات آستانه مقدسه حضرت معصومه(س) می باشد که توسط مؤسس محترم اجاره شد. این بیمارستان در یکی از مناطق محروم شهر واقع در خیابان رهبر حد فاصل خیابان هدف(مولوی) و خیابان امام موسی‌صدر(خاکفرج) قرار گرفته است.
این مرکز در آغاز تأسیس، فعالیت خود را در قالب درمانگاه با یک پزشک و دو پرستار آغاز نمود. طولی نکشید که با نظر حضرت آیت‌الله گلپایگانی(ره) و با تدبیر و پشتکار فرزند فقید ایشان مرحوم حجت‌الاسلام والمسلمین حاج سیدمهدی گلپایگانی با کمک و مشارکت خیران با ساخت و تجهیز بخش‌های مختلف درمانی این مرکز عملاً به بیمارستانی مجهز و قابل قبول جامعه پزشکی کشور تبدیل شد.
اگرچه نظر بنیان‌گذار مؤسسه در ابتدا خدمت‌رسانی ویژه به روحانیون و خانواده‌های ایشان بود؛ ولی در عمل همه اقشار مردم از شهر مقدس قم و شهرهای اطراف با مراجعه به این مرکز، ازخدمات آن بهره‌مند می‌شوند.
خدمات بیمارستان در گذر زمان
 قبل از انقلاب اسلامی:
 قبل از پیروزی انقلاب اسلامی ایران، این بیمارستان به‌‌دلیل انتساب به مرجعیت شیعه و عدم وابستگی به حکومت وقت، نقش مهم و اساسی در مداوای مصدومین و مجروحین داشت که در جریان تظاهرات بر علیه طاغوت آسیب دیده بودند.
 تیم پزشکان جراح و کادر درمان، نجات جان مجروحان و تیرخوردگان را وظیفه خود دانسته و در مواردی تا پاسی از شب به‌دور از اطلاع مأموران حکومت مشغول جراحی بودند.
 جنگ تحمیلی:
 این بیمارستان در دو بخش فعالیت مرتبط با جنگ داشت:
1  اعزام نیروی انسانی اعم از پزشک و پرستار و نیز ارسال دارو و تجهیزات و آمبولانس به خط مقدم جبهه.
2  پذیرش و مداوای رزمندگان مجروح که از خط مقدم جبهه به شهرها منتقل می‌شدند و نیز مجروحین به‌جای مانده از حملات هوایی دشمن به شهر مقدس قم.
لازم به ذکر است، این بیمارستان در تاریخ ۲۲ بهمن سال 1365 در جریان بمباران هوایی شهر قم مورد اصابت راکت قرار گرفته و بخشی از ساختمان و تأسیسات آن تخریب شد.
حوادث طبیعی:
در جریان حوادث طبیعی بزرگ همچون زلزله رودبار، منجیل، قزوین، بم و اردبیل این مرکز درمانی با ارسال نیروی انسانی متخصص و نیز ارسال دارو و  تجهیزات  و ساخت بخشی در درمانگاه‌های تخریب‌شده در مسیر خدمت‌رسانی به ملت شریف ایران به امر آیت‌الله‌العظمی گلپایگانی(ره) انجام وظیفه نموده است.
بحمدالله این مرکز خیریه در سایه عنایات خاصه حضرت بقیةالله الاعظم(عج) و همت مؤمنین خیّر و نیکوکار، با گذشت بیش از نیم‌قرن از تأسیس، همچنان به فعالیت‌های عام‌المنفعه خود ادامه می‌دهد.
معرفی بخش‌ها و واحدهای بیمارستان
این بیمارستان با داشتن271 تخت مصوب و 170 تخت فعال شامل: اتاق‌های خصوصی، دوتخته و تخت‌های ویژه، در زمینی به‌مساحت 13530 مترمربع و با زیربنای 14250 مترمربع در 3 طبقه واقع شده است. حضور اساتید برجسته، پزشکان مجرب و کارکنان متعهد، این مرکز را به‌عنوان یکی از بهترین بیمارستان‌های غیردولتی استان در ذهن و قلب بیماران تبدیل کرده است. لازم به ذکر است که این بیمارستان، در همکاری با دانشگاه آزاد اسلامی واحد قم در تربیت دانشجویان پزشکی، پرستاری، مامایی و پیراپزشکی نیز سهیم می‌باشد.
بخش‌های بستری و سرپایی شامل: مراقبت‌های ویژه سی.سی.یو، مراقبت‌های ویژه آی.سی.یو، مراقبت‌های نوزادان، همودیالیز، اورژانس، کودکان و نوزادان، جراحی زنان عمومی، جراحی مردان، داخلی زنان، داخلی مردان، بلوک زایمان، جراحی زنان و زایمان.
بخش‌های تشخیصی، کلینیک‌ها و پاراکلینیک‌ها شامل:
بخش تصویربرداری: رادیولوژی، سی.تی.اسکن و سونوگرافی؛
بخش آزمایشگاه و طب انتقال خون: آزمایشگاه تشخیص طبی، بانک خون؛
بخش توان‌بخشی: طب فیزیکی، فیزیوتراپی، شنوایی سنجی، نوار مغز، نوار عصب و عضله؛
بخش اسکوپی: آندوسکوپی،گاستروسکوپی، دئودونسکوپی، رکتوسکوپی، کولونوسکوپی، برونکوسکوپی، سیستوسکوپی؛
کلینیک قلب: اکوکاردیوگرافی؛
کلینیک داخلی: فوق تخصصی گوارش، ریه، روماتولوژی، نفرولوژی و تخصصی داخلی، عفونی و داخلی مغز و اعصاب؛
کلینیک کودکان: فوق تخصصی جراحی اطفال، غدد اطفال و تخصصی کودکان؛ کلینیک جراحی: جراحی عمومی، ارتوپدی، مغز و اعصاب، کلیه و مجاری ادرار، زنان و زایمان، چشم، گوش و حلق و بینی؛ کلینیک زخم و درد؛ کلینیک دندان‌پزشکی؛ درمانگاه عمومی و داروخانه شبانه‌روزی.

   2. بیمارستان حضرت ولی‌عصر(عج) در قم
مرحوم آقای قولیوند به‌وسیله آیت‌الله سیدعلی محقق داماد، سی‌هزار متر زمین، بابت سهم امام به آیت‌الله‌العظمی گلپایگانی(ره) دادند و تصمیم گرفته شد که بیمارستانی در این محل ساخته شود که بحمدالله الآن مشغول فعالیت است.

   3 . بیمارستان 120 تخت‌خوابی حضرت ولی‌عصر(عج) در اقلید
مردم اقلید در سال ۱۳۶۹شمسی هشتادهزار متر زمین را به آیت‌الله‌العظمی گلپایگانی(قد) اهدا نمودند که پنجاه هزار متر آن زمین، بنا به درخواست وزیر وقت مسکن و شهرسازی و به‌دستور آیت‌الله‌العظمی گلپایگانی(قد)، تحت اشراف آیت‌الله حاج سید محمدباقر موحد ابطحی(ره) برای احداث بیمارستان مجهزی در 14 بخش و در بهترین نقطه شهر اقلید اختصاص یافت. دولت وقت اصرار بر آن داشت که بیمارستان را به‌نام آن مرجع کبیر مزین نماید که معظم‌له مخالفت کردند و گفتند: «بیمارستان را به‌نام نامی حضرت ولی‌عصر(عج) نام‌گذاری کنید» و از این طریق، مردم را به حضرت حجت ارواحنا فداه سوق دادند.

بخش‌های تکمیلی این بیمارستان در قالب درمانگاه و کلینیک برای بیماری‌های خاص به اسامی حضرت موسی‌بن جعفر و امام جعفر صادق(ع) و توسط خیرین احداث گردیده است.

   4. دارالشفای حضرت بقیةالله الاعظم(عج)، مرکز تصویربرداری پزشکی شهرستان اقلید

مرکز تصویربرداری بقیةالله اقلید یکی از بهترین مراکز تصویربرداری خیریه در شهرستان اقلید وشمال استان فارس می‌باشد که در زمینی به مساحت 7000 متر مربع و با زیر بنای 1600 متر در سه طبقه از سوی آیت‌الله‌العظمی گلپایگانی(ره) اهدا گردید و به همت آیت‌الله سید محمد‌باقر ابطحی(ره) نماینده معظم له  و به کمک خیرین در سال 1390 بنا گردید و در روز نیمه شعبان با پیام آیت‌الله العظمی صافی گلپایگانی و با حضور با شکوه مردم شهرستان اقلید و بیت آیت‌الله‌العظمی گلپایگانی(ره) افتتاح گردید.
این مرکز دارای تنها دستگاه MRI اقلید در شمال استان فارس می‌باشد و قادر است تا در روز بیش از 100 بیمار را پذیرش کند.
 همچنین دستگاه ‌های رادیولوژی و سونوگرافی این مرکز نیز تجهیزات بسیار دقیق و جدیدی می باشند و قادرند تا کلیه اسکن‌های روتین را انجام دهند. این مرکز در نزدیکی بیمارستان ولیعصر(عج) آیت‌الله العظمی گلپایگانی این شهرستان واقع گردیده است و آماده ارائه خدمات به بیماران مراجعه کننده می‌باشد.

 

  5. بیمارستانی در شهر گوگد گلپایگان بخشی از زمین‌های این بیمارستان متعلق به شخص آیت‌الله‌العظمی گلپایگانی(ره) به مساحت 40 هزار متر مربع برای بیمارستان وقف نمودند.  مجوز بیمارستان در زمان ایشان، بعد از دوسال زحمات فراوان تهیه شد و نقشه‌ ساختمان هم، در زمان خود ایشان آماده گردید و مقدمات ساخت و خاک‌برداری  شروع شده بود که مصادف گردید با ارتحال معظم‌له.
 هیأت‌مدیره بیمارستان بعد از فوت ایشان، از ساخت بیمارستان ناامید بودند که این بیمارستان ساخته نمی‌شود؛ اما با الطاف امام زمان(عج) و تلاش شبانه‌روزی دست‌اندرکاران، بیمارستان با زیربنای 11 هزار متر مربع و 96 تخت‌خواب مجهز به بخش‌های مختلف پزشکی از جمله: MRI، 5/1 تسلا زیمنس و... ساخته شد و اکنون محل مراجعه اهالی غرب استان اصفهان می‌باشد.