1. مدرسه علمیه علوی (قم)
این مدرسه واقع در خیابان امام کوچه ۵۴ (منوچهری با زمینی به مساحت تقریبی یک هزار متر مربع می‌باشد.
 ۲ . مدرسة الإمام المهدى(عج) (قم)
در سال ۱۳۵۰ش به امر آیت‌الله‌العظمی گلپایگانی و همت والای آیت‌الله‌زاده مرحوم حاج‌آقا مهدی گلپایگانی(ره) دبیرستانی که قبلاً در اختیار آموزش و پرورش شهرستان قم بود، جهت برنامه درس طلاب حوزه علمیه خریداری شد و مکان تدریس طلاب از محل سابق مدرسه علوی به محل جدید منتقل گردید.
این ساختمان با زمینی به مساحت تقریبی دو هزار متر مربع در خیابان شهدا(صفائیه) در دو بخش با دوازده مدرس، سالن اجتماعات، کتابخانه و سالن غذاخوری در اختیار طلاب می‌باشد و هم‌اکنون در اختیار مراکز تخصصی حوزه است.
۳. مدرسه ستیه (قم)
این مدرسه با زمینی به مساحت تقریبی ۵۰۰ متر مربع در ۴۵ متری عمار یاسر، میدان میر در جوار اقامتگاه و محل عبادت حضرت فاطمه معصومه(س) واقع است.
۴. مدرسه علمیه حاج غضنفر(قم)
مدرسه مذکور در زمینی به مساحت حدود ۴۰۰ متر مربع و ۲۲ حجره در دو طبقه در منطقه دورشهر مورد استفاده طلاب می‌باشد.
۵. خوابگاه موسی‌بن جعفر(ع) (قم)
این خوابگاه در زمینی به مساحت تقریبی یکهزار متر مربع و ظرفیتی بالغ بر یکصد نفر در خیابان انقلاب (چهارمردان کوچه شماره ۴۹) بنا شده است.
۶. مدرسه علمیه حاج ملاصادق(قم)
این مدرسه که در ابتدای خیابان ۴۵ متری عماریاسر بنا شده است، در طول سالیان متمادی در اختیار طلاب بود؛ ولی اینک با خرید منازل اطراف، طرح توسعه آن انجام شده و اکنون مورد استفاده قرار گرفته است.
۷. مدرسه الوندیه (قم)
در گذشته این مدرسه محل درس و بحث طلاب مبتدی پایه اول و دوم بود و طلاب علوم دینیه پس از گذراندن دو پایه درسی، به مدرسه المهدى(عج)(خیابان شهداء» منتقل می‌شدند که اکنون در مسیر خیابان قرار گرفته و تخریب شد.
8 - خوابگاه جوادالائمه(ع) هندی‌ها(قم)
این خوابگاه جهت استفاده طلاب خارجی با ظرفیت ۵۰ نفر و مساحت تقریبی ۵۰۰ متر در محدوده مرکزی شهر در جنب بیت امام خمینی(قد) واقع شده است و اکنون در اختیار مراکز تخصصی حوزه می‌باشد.
9. مدرسه الامام المهدی(عج) (اراک)
 10. مدرسة الامام المهدی(عج)(گلپایگان)
در سال ۱۳۶۲شمسی آیت‌الله گلپایگانی(ره) قطعه زمین بزرگی به مساحت دوازده هزار متر مربع برای تأسیس حوزه علمیه و نیازمندی‌های دیگری که جنبه دینی- اجتماعی دارد، اختصاص دادند و قسمتی از آن را که به مساحت تقریبی سه هزار متر می‌باشد، برای ساختن مدرسه علمیه تعیین نمودند.
 ساختمان مدرسه با محاسبه طبقه زیرین، سه طبقه و در چهار طرف و مطابق اصول معماری مدارس علمیه قدیم می‌باشد و ۶۰ حجره و ۱۰ مدرس بزرگ با ظرفیت 300 نفر بنا گردیده است.
 طبقه زیرین نیازمندی‌های مدرسه از قبیل آشپزخانه رختشوی‌خانه، سالن غذاخوری، مخزن کتابخانه، دستگاه تهویه، انبار، حمام و ... قرار داده شده است.

 تعمیر و  نو سازی مدرسه مبارکه فیضیه
در دوران انقلاب اسلامی و مبارزه با شاه، مدرسه مبارکه فیضیه بارها مورد هجوم وحشیانه مأمورین ساواک شاه و ارتش شاهنشاهی و پلیس واقع شد و در پی این حمله، حجره‌های طلاب را خراب کردند و درب و پنچره‌های مدرسه را شکستند و حتی اموال و اثاثیه تعدادی از طلاب را نیز به غارت بردند.

آیت‌الله العظمی گلپایگانی(ره) به  کمک خیرین و بازاریان اقدام به تعمیر خرابی‌های به جا مانده از یورش مأموران رژیم نمودند و حجره‌های مدرسه طبق شرایطی که مراجع معین کرده بودند به‏‎ ‎‏طلاب واگذار شد.

   تأسیس مدارس علمیه خارج از کشور
زعیم راحل حوزه(ره)، تنها به این مدارس بسنده نکرده و علاوه بر کمک به دیگر مدارس موجود در قم و شهرستان‌ها، به تأسیس و راه‌اندازی صدها مدرسه و مراکز فرهنگی در داخل و خارج از کشور همت گمارد که اینک به بخشی از آنها اشاره می‌شود:

۱. مجمع اسلامی جهانی، لندن
۲. مدرسه امیرالمؤمنین(ع)، کویته پاکستان
3. مدرسه علمیه دخترانه فاطمةالزهراء(ع)، کویته پاکستان
۴. مدرسه آیت‌الله حکیم، راولپندی
۵. مدینة الزهراء(ع)، لبنان