کتابخانه مدرسه آیت‌الله‌العظمی گلپایگانی(قد) یکی از بخش‌های مهم مدرسه و دومین کتابخانه بزرگ پس از کتابخانه آیت‌الله‌العظمی مرعشی نجفی(ره) در قم در بخش نسخه‌های خطی است.  این کتابخانه در سال ۱۳۶۹شمسی به‌منظور احیا و نشر آثار اهل‌بیت(ع) و کمک به‌ اندیشمندان و عالمان علوم دینی تأسیس شد. این کتابخانه در آغاز با کتب اهدایی آیت‌الله‌العظمی گلپایگانی(قد) شروع به‌کار کرد و بعدها با اهدا و خرید کتب خطی و چاپی متعدد در موضوعات مختلف توسعه یافت.
حجت‌الاسلام اندیشه یکی از مدیران این کتابخانه می‌گوید: کتابخانه 3 بخش داشته و شامل مخزن و منبع عمومی، سالن مطالعه (قرائت‌خانه) و کتابخانه امانی می‌باشد. هشتاد در صد منابع چاپی ما، منابع چاپی نفیس و چاپ‌های بالای صد سال هستند و چاپ اول خیلی از کتاب‌های قدیمی که بعداً اصلاح و چاپ شده‌اند، در کتابخانه وجود دارد که بعضی از محققان به این چاپ‌ها نیاز دارند.

   قدیمی‌ترین نسخ خطی
قدیمی‌ترین کتاب چاپی کتابخانه، کتاب «النجاة» ابن‌سیناست که در سال 1593 میلادی همزمان با کتاب «القانون فی‌الطب» در رم چاپ شده است. این کتاب از جمله کتاب‌های نفیس چاپی است. در بخش مخطوطات و نسخ خطی، صفحاتی از قرآن کریم به خط کوفی و بدون نقطه و اعراب وجود دارد و بر پوست نوشته شده است که برای قرن دوم هجری است.

   صحیفه سجادیه با خط منسوب به امام سجاد(ع)
چند برگ (چهار یا پنج صفحه) از صحیفه سجادیه با خط منسوب به امام سجاد(ع) هم در مجموعه نسخ خطی وجود دارد. یکسری از تفاسیر و کتب فقهی، طبی، علمی و ریاضی قرن پنجم به بعد و دست‌خط برخی از عالمان برجسته مثل شهید اول و شهید ثانی نیز، در کتاب‌های خطی کتابخانه وجود دارد.

   نگهداری نسخه‌ای از روزنامه «صور اسرافیل» مربوط به 121 سال قبل
در این بخش، مجلات و روزنامه‌های مختلف نگهداری می‌شوند که تاریخ آنها اکثراً به بعد از سال 1348 مربوط می‌شود. هم‌اکنون بیش از چهارده هزار نسخه و پنج‌هزار جلد کتاب سنگی و سربی نگهداری می‌شود و این بخش، دارای بیش از ۴۶0 عنوان روزنامه و بیش از 400 عنوان مجله است که همگی فهرست شده‌اند. این کتابخانه دارای یکی از کامل‌ترین دوره‌های مجلات ادواری است. قدیمی‌ترین نشریه موجود در کتابخانه، «صور اسرافیل» به تاریخ پنجشنبه ۲۲ جمادی اول ۱۳۲۵ هجری قمری(مطابق با ۲۴ بهمن‌ماه ۱۲۷۶ شمسی) است که از شماره 6 تا 20 آن را در اینجا داریم.

   امکانات کتابخانه
تالار مطالعه ویژه محققان داریم که هشتاد میز ویژه و دوازده هزار جلد کتاب مورد نیاز به‌صورت قفسه‌باز در اختیار محققان قرار دارد. تالار مطالعه عمومی با ظرفیت 70 میز برای عموم طلاب و دانشجویان با حدود شش هزار جلد کتاب به‌صورت قفسه‌باز در دسترس است.

یک کتابخانه تخصصی قرآن و تفسیر با حدود پنج‌هزار جلد کتاب داریم. تالار مطالعه روباز بهاره- پاییزه هم ان‌شاءالله به‌زودی در بخش حیاط کتابخانه افتتاح می‌شود تا مراجعه‌کنندگان در فصل بهار و پاییز، از هوای طبیعی استفاده کنند. بانک اطلاعات دیجیتال هم برای محققان و پژوهشگران آماده شده و یازده سیستم کامپیوتر در آنجا قرار دارد.
 سالن جلسات علمی بخش دیگر کتابخانه است که پژوهشگران مباحثشان را در معرض اساتید قرار می‌دهند.  حدود بیست هزار نفر عضو کتابخانه امانی و پنج‌هزار نفر عضو کتابخانه عمومی هستند. در قسمت محققان و کتابخانه تفسیر که تازه راه‌اندازی شده هم، در حال پذیرش هستیم.