در اسناد کلان حوزه بخش پژوهش نیز، مورد توجه است و در پرتو این اسناد، ده‌ها طرح ناظر به نیازهای پژوهشی تدوین شده است. باید گفتمان علمی انقلاب اسلامی شکل بگیرد و این گفتمان علمی، دستاوردهای حوزه علمیه را به نمایش خواهد گذاشت.
کشف مسائل و نیازهای اصلی نظام اسلامی، از اهمیت بسیاری برخوردار است؛ طرح‌های مختلفی در عرصه‌های متنوع حوزوی از جمله تبلیغ در دستورکار قرار دارد که باید تمام آن‌ها، با پشتوانه پژوهش باشد و در کنار سایر نظامات تربیتی و آموزشی حوزه پژوهشی نیز، با راهبرد کلان مورد برنامه‌ریزی قرار گرفته است.
دبیرخانه حمایت از پژوهش‌های مورد نیاز نظام، حدود دو سال است که شکل گرفته و تاکنون صدها طرح به آن واصل شده است. رتبه‌بندی پژوهشگران و سامانه پژوهشگران نیز انجام شده است. در این طرح، پژوهشگران با ادبیات و شاخص‌های حوزوی رتبه‌بندی شده و در سامانه ثبت می‌شوند. تاکنون ۱۲ هزار نفر در این سامانه ثبت‌نام کرده‌اند و بیش از ۷۰ هزار اثر در سامانه ثبت شده است. همچنین رتبه‌بندی مراکز پژوهشی در ذیل یک رتبه‌بندی جامع در دستورکار قرار دارد. امروز تمام ۵۰۰ مدرسه علمیه سطح کشور، با شاخص‌های ارزیابی که پژوهش نیز در آن ایفای نقش دارد، رتب‌ بندی شده‌اند.
جشنواره علامه حلی(ره) و کتاب سال حوزه، از اهمیت بسیاری برخوردار هستند؛ در این جشنواره‌ها نیز، شاهد ارتقاء و تحول‌های بسیاری بوده‌ایم.
باید محققان حمایت شوند؛ افزایش مراکز، انجمن‌ها، مجلات و قطب‌های پژوهشی را طی سال‌های اخیر شاهد بوده‌ایم. نیازمند خروجی ماندگار و هدفمند هستیم. در حوزه هوش مصنوعی با دست خالی در حوزه‌های علمیه توانسته‌ایم، تحولات بزرگی را رقم بزنیم.
  پژوهش پشتوانه اقدامات متعدد است. باید طرح‌های مختلف ازجمله آموزش نیز پژوهش‌محور باشد. نظام علمی و درسی باید معطوف به تحقیق و پژوهش شود، انتظارات از معاونان پژوهشی نیز، در همین مسیر قرار دارد. از طریق آموزش و پژوهش عرصه‌های جدید دانشی ایجاد شده است و در مرکز اسناد، سوژه‌های خوب و مفیدی برای اقدامات تحقیقی و پژوهشی وجود دارد. همچنین از ظرفیت عظیم درس‌های خارج، نباید غافل شویم و در قلمرو کلان علوم اسلامی، درس‌های آزاد تحقیقی باید شکل بگیرد.