آیت‌الله میلانی(قد) نیز همچون سایر مراجع تقلید، نسبت به تحرکات و ظلم‌های اسرائیل مواضع تندی اتخاذ می‌کرد. به‌عنوان نمونه، در جریان جنگ شش‌روزه اعراب و اسرائیل، ایشان با صدور مکتوبی، هرگونه معامله و ارتباط با یهودیان را تحریم کردند. در این پیام آمده بود:
بسم اللّه تعالی شأنه
السلام علیکم
این حادثه مؤلمه فوق‌الحد، موجب تأثر و تأسف همه مسلمین جهان شد و بر تأثر از فجایع گذشته افزوده. الی اللّه المتشکی والی ولیه المهدی علیه الصلوه والسلام نرفع الشکوی ـ خداوند متعال یهود را معرفی فرموده که «یسعون فی الارض فساداً»1 و نیز فرموده «لتجدن اشّدالنّاس عداوه للذین آمنوا الیهود»2 ـ و در حدیث از پیغمبر اکرم(ص) است می‌فرماید: «اظهرو البرائۀ منهم وباهتوهم لکیلا یطمعوا فی الفساد فی الاسلام»3 ـ بنابر این بر همه مسلمانان لازم است، از هرگونه معامله و رفتار دوستانه با اسرائیلیان خودداری نمایند و نیز لازم است، نسبت به برادران مسلمان مصیبت‌دیدگان از هر نوع مساعدت مادی و معنوی دریغ ننمایند که رسول اکرم(ص) فرمود: «من اصبح ولم‌یهتم بامور المسلمین فلیس بمسلم»4و بسیار مقتضی است، اقامه مجالس یادبود برای لشکریان اسلام که در این جنگ تا آخرین نفس مقاومت کردند و با کمال شهامت از حدود و ثغور کشورهای اسلامی و مسجد اقصی دفاع نمودند. البته نام نیک خود را در تاریخ ثبت نمودند. «اولئک علیهم صلوات من ربهم ورحمه».
محمدهادی الحسینی المیلانی5
در پی این اعلام نظر، ساواک در 4 تیر 1346 در گزارشی نوشت:
«از: مرکز
به: ساواک خراسان
اخیراً فتوکپی اظهارنظر میلانی در مورد جنگ اعراب و اسرائیل و خودداری مسلمانان از برقراری ارتباط با یهودیان که به خط خود او می‌باشد، در تهران انتشار یافته و متعاقباً جهت آن ساواک ارسال خواهد شد...     مقدم»6
در پی حمله اسرائیل به مسجدالاقصی در 30 مرداد 1348، سید محمدعلی میلانی فرزند آیت‌الله میلانی(ره) در صحن نو در حرم امام رضا(ع)، سخنرانی کرده و از طرف پدر بزرگوارش، حادثه فوق را تسلیت می‌گوید. سپس با تأکید بر اینکه «من پیام پدرم آیت‌الله میلانی را ابلاغ می‌کنم»، از طرف ایشان می‌گوید: « در این ماه اخیر دو مصیبت بزرگ بر اسلام و مسلمین وارد شده؛ یکی موضوع عراق و حوزه علمیه نجف که مراجع تقلید و طلاب در آنجا مورد هتاکی و بی‌احترامی قرار گرفته و این روزها جرائد عربی اعلام کردند که سه نفر از مراجع بزرگ شیعه باید اعدام شوند و مصیبت دوم، آتش‌سوزی مسجدالاقصی [است] که قلب پیغمبر(ص) را جریحه‌دار کرده و ما و تمام مسلمین جهان از این حادثه متأسفیم و باید همه اقدام کنند، همت کنند و مسجدالاقصی ترمیم و تعمیر شود.»7
در پائیز سال 1352 و در پی حمله دوباره اسرائیل به کشورهای اسلامی (مصر و سوریه) آیت‌الله میلانی دید و بازدید مرسوم عید فطر را لغو کردند. ساواک در این باره گزارش داد: «روز عید فطر عده معدودی از دوستان و محارم یادشده، از وی دیدن کرده‌اند و عدم پذیرفتن عموم را به‌عنوان دید و بازدید، قبلاً میلانی اعلام کرده بود و این عمل ظاهراً، برای ابراز همدردی با کشورهای عربی در حال جنگ با اسرائیل بوده است.»8
..............................................
   پی نوشت‌ها
​​​​​​​‌1. یهودیان تلاش می‌کنند، در روی زمین فساد به وجود آورند. (سوره مائده، آیه 64)؛
2. دشمن‌ترین مردم نسبت به مردم مسلمان یهود می‌باشند. (سوره مائده، آیه 82)؛
3. تنفر خود را از یهود آشکار و آنها را بایکوت نمایید، تا طمع وارد کردن نابسامانی در اسلام را از سر بیرون کنند؛
4. آن کس که اهتمام به امور مسلمانان نداشته باشد، (نسبت به امور و سرنوشت مسلمین بی‌تفاوت باشد)، مسلمان نیست؛
5. آیت‌الله‌العظمی سید محمدهادی میلانی(قد) به روایت اسناد ساواک، جلد سوم، تهران: مرکز بررسی اسناد تاریخی، چاپ اول، 1381، ص 65؛
6. همان، ص 58؛
7. همان، ص 306؛
8. همان، ص 577.