آیت‌الله‌العظمی سیدمحسن  حکیم(ره) در طول دوران زعامت خود، همواره بر این نکته تأکید داشتند که اسرائیل یک رژیم تروریستی اشغالگر است که لزوم مقابله و از میان بردن آن از اهم واجبات است و همه مسلمانان در انجام این امر خطیر مسئول می‌باشند.
ایشان در سال 1948 با ارسال پیامی به سازمان ملل متحد، نسبت به شناسایی اسرائیل از طرف آن سازمان جهانی اعتراض و آن را محکوم کردند.
آیت‌الله‌العظمی حکیم(ره) بر خلاف نگرش عمومی که قضیه فلسطین را یک قضیه عربی محض می‌دانست، با تأکید بر رهایی فلسطین که جزء لایتجزای دارالاسلام می‌باشد، همواره بر اسلامی بودن این مسئله تأکید می‌‌ورزیدند.
ایشان راهکار منطقی جهت خلاصی امت اسلام از رژیم نژادپرست صهیونیستی را در توجه به خداوند و پیروزی از فرامین الهی می‌دانستند که به‌وسیله تمسک زاید‌الوصف به تعالیم رهایی‌بخش اسلام و التزام عملی به برنامه‌های انسان‌ساز آن، بستر مناسب جهت از بین بردن اسرائیل فراهم می‌شود. ایشان با تبعیت از آیه شریفه «ان الله لایغیر ما بقوم حتی یغیرو اما بانفسهم»، تنها راه آزادی فلسطین را توجه فزاینده به معنویات و خودسازی می‌دانستند که بی‌شک سهم حاکمان را در این فرآیند مهم، بیش از دیگران می‌شمردند.
 معظم‌له در پیامی که به سازمان کنفرانس اسلامی در عمان (پایتخت اردن) در 1346 ارسال کردند، بر این نکته زیر بنایی تأکید نمودند که راه حل منطقی قضیه فلسطین در اتحاد مسلمانان و در اتخاذ موضعی مستحکم که در پافشاری فزاینده جهت پاکسازی سرزمین مقدس اسلامی از تجاوز اشغالگران متبلور می‌شود و نیز اعلان مخالفت با هرگونه موضع سازش‌کارانه‌ای در ارائه راهکارهای منصفانه در پذیرش رژیم اشغالگر قدس، عزم و اراده راسخ خود را در دفاع از سرزمین غصب‌شده فلسطین به منصه ظهور رسانند.
از دیدگاه آیت‌الله‌العظمی حکیم(ره) بهترین مکانیسم حل مشکلات فلسطین در مبارزه با اسرائیل و اخراج آن از دارالاسلام، به‌وسیله نیروی مسلح - که بدون تردید عملی‌تر از تمسک به طرق سیاسی حل و فصل اختلافات است - می‌باشد و پرواضح است که در پیش گرفتن سیاست اخیر، ثمره‌ای جز زیان‌کاری و از دست دادن سرزمین مقدس فلسطین، چیز دیگری به ارمغان نخواهد آورد (همان‌گونه که اکنون به‌طور شفاف شاهد آن هستیم) جالب اینکه ایشان راجع به کسانی که در جبهه با اسرائیل کشته می‌شوند، آیا می‌توان آنان را شهید قلمداد کرد یا خیر؟ عقیده دارند: چنانچه فردی برای یاری مسلمانان به جبهه رود، حتی اگر نماز نخواند، در ردیف شهداء به‌شمار خواهد رفت. همان‌گونه که بیان شد، ایشان راه نجات و پیروزی امت اسلام را در اتحاد آنان می‌دانستند و بر این اساس پس از شکست اعراب در 1967 با فراخوانی سفیر ایران در عراق(مهدی پیراسته) این نکته را به وی گوشزد کردند که ضرورت همکاری دولت ایران و همگرایی دولت‌ها و ملت‌های اسلامی برای نجات و آزادسازی سرزمین اسلامی از چنگال دشمنان اسلام، از اهم واجبات به‌شمار می‌رود.
ایشان با تأکید بر این موضع خود، اضافه می‌نمایند که برای یهودیان هیچ چیز غیر از مصلحت و منفعت خود ارزش ندارد و آنان هیچ‌گونه احترامی برای مقدسات اسلامی قائل نیستند و دقیقاً بر این اساس مسلمانان را جهت حفظ مقدسات خود، به مقاومت و عکس‌العمل مناسب فرا می‌خواندند که محققاً لازمه آن، تمسک به اسلام و تعالیم الهی و خودسازی معنوی می‌باشد.
 ایشان در جواب نامه برخی از ایرانیان مبنی بر اینکه موضع مناسب مسلمانان در قبال آتش زدن مسجدالاقصی چیست؟ بیان می‌دارند: «همه مسلمانان باید با تمام قوا تلاش نمایند تا قدس شریف و سرزمین‌های اشغالی را از سلطه کفار و صهیونیست‌ها آزاد نمایند و از مقدسات اسلامی خود دفاع کنند.» ایشان موضع ایران زمان شاه منحوس را در شناسایی اسرائیل محکوم می‌نمایند و کشورهای اسلامی را به اتحاد و یکپارچگی بیشتر دعوت می‌نمایند. نظر معظم‌له درباره‌ عضویت در سازمان‌های فلسطینی بسته به دو شرط رهبری حکیمانه این سازمان‌ها و عدم اضرار به مصالح مسلمانان، مشروع می‌باشد.
فتوای ایشان راجع به توسل به عملیات انتحاری که به‌وسیله سازمان آزادی‌بخش فلسطین سازماندهی می‌شد و میزان انطباق آن با موازین شرعی، این است که: «اگر شخصی قادر به عضویت در این سازمان‌ها شود و همچنین توانایی همکاری با آنان را داشته باشد، درصورتی‌که رهبری این نهادها حکیمانه باشد و ضرری از انجام عمل شخص برمسلمین مترتب نشود، این کار بر وی واجب می‌باشد.»
نظر معظم‌له در تخصیص زکات برای پشتیبانی از جنبش‌های فلسطینی در مقابله با رژیم اشغالگر صهیونیستی، به این شرح تبیین گردیده است:
«کاری که فدائیان انجام می‌دهند، از افضل اعمال است. خداوند آنان را یاری دهد و دشمنان اسلام را نابود نماید. از اعمال راجح و برتر، کمک و پشتیبانی از آنان به‌وسیله زکات می‌باشد؛ زیرا مصرف کردن زکات در راه مبارزه با صهیونیسم در واقع مصرف کردن آن در راه خداوند است؛ بلکه از بهترین راه‌های ممکن برای جلب رضای خداوند می‌باشد.»
مطلب مهم دیگر، موضع قاطع ایشان در محکوم کردن دولت پهلوی به‌علت شناسایی رژیم صهیونیستی است. ایشان با ارسال پیامی برای نماینده خود در ایران (آی‌الله بهبهانی) از محکوم کردن این عمل زشت و ناپسند دربار پهلوی به‌وسیله خود و مسلمانان خبر داده و از ایشان می‌خواهد که به مسئولان دولت وقت، درباره رعایت واجبات اسلامی و احترام گذاردن به احساسات مسلمانان تذکر دهد.
نامه تاریخی حضرت آیت‌الله محسن حکیم(ره) به شاه ایران درباره قضیه فلسطین
متن کامل نامه آیت‌الله‌العظمی سیدمحسن حکیم(قد) به شرح زیر است:
جناب آقای محمدرضا پهلوی شاهنشاه ایران
سلام علیکم ورحمةالله وبرکاته
قطعاً حضرت‌عالی از جزئیات حوادث مصیبت‌بار دیار مقدس فلسطین و ویرانی‌هایی که یهودیان و دشمنان اسلام و مسلمین در آن به‌بار آورده ‌اند، باخبر شده‌اید. درحالی‌که از حکام و سران مسلمان می‌خواهیم که براساس وظیفه اسلامی خود در قبال این مصیبت اسفناک موضع گیری کنند، در عین حال به‌ویژه از حضرت‌عالی امید می‌رود که به امور رسیدگی کنید و به قضایای اسلامی و مشارکت فعال در پشتیبانی از برادران مسلمان‌تان در سرزمین‌های مقدس فلسطین علیه متجاوزگران و حفظ حقوق مشروعشان اهتمام بورزید و پتانسیل‌ها و ظرفیت‌های‌تان را در راه پیروزی این کشور اسلامی به‌کار بگیرید. اخیراً اظهارات مقامات مسئول ایرانی درباره این مصیبت  که در  آنها از برادران مسلمان خود پشتیبانی وحمایت کرده  بودند، باخبر شدیم و موجبات تقدیر و دعای ما را فراهم آورد؛ اما امید بیشتر ما به شما، اتخاذ مواضع مقاوم‌تر و تلاش مستمر در راستای پیروزی اسلام و مسلمین در این نبرد را ایجاب می‌کند. خداوند ما و شما را در هر آنچه که صلاح دنیا و آخرت در آن قرار دارد، موفق گرداند.
والسلام علیکم ورحمةالله وبرکاته