انقلاب‌های بزرگ، نام چهره‌های شاخص خود را بزرگ و برجسته می‌کند و این قاعده در مورد انقلاب اسلامی ملت ایران نیز صادق است و عجیب آن‌که نام یکی از برجسته‌ترین رهبران میانی انقلاب اسلامی که فرزند رهبر اعلای این انقلاب نیز بود، از این قاعده استثنا شده است و متأسفانه باید گفت، جایگاه علامه شهید سیدمصطفی خمینی(ره) علی‌رغم مجاهدت‌های مخلصانه و نگاه تیزبینانه و رهبری میدانی قاطعانه ایشان، آن‌گونه که باید و شاید در جامعه و حتی در میان نخبگان شناخته‌شده نیست.
این روزها که اذهان عمومی در سرتاسر دنیا، معطوف به حماسه 15مهر ملت فلسطین است، می‌توان گوشه‌ای از پیوند عمیق میان علامه شهید سیدمصطفی خمینی و آرمان فلسطین را بازخوانی کرد. گفتنی است که این مهم با انتشار دفتر پنجم از کتاب «نهضت امام خمینی(قد)» به‌قلم مورخ خبیر انقلاب اسلامی، حجت‌الاسلام والمسلمین سیدحمید روحانی ممکن شده است؛ چه آنکه در این کتاب، اسنادی تازه‌یاب از آن مجاهد شهید منتشر شده و ابعادی ناشناخته از وجود جامع ایشان را آشکار کرده است.
شهید آیت‌الله سیدمصطفی خمینی(ره) طی یادداشتی که در سفر تابستانی در سال 1348، به کاظمین و سامرا نگاشته بود، به خطر اسرائیل و نفوذ آن در رژیم وقت ایران چنین می‌پردازد:
«...اصول اسلام در ایران و در این منطقه در خطر می‌باشد؛ چه آنکه هم صهیونیست‌ها در فکر گرفتن این ملک و به‌خیال استیلا بر این مملکت هستند و به‌واسطه مزدوران خود یعنی بهائیت در نظر دارند که هرچه زودتر به مقصود خود برسند تا بتوانند، مطابق آنچه که اعتقاد دارند و آن هدم اسلام است، عمل کنند. این جمعیت که جز مکر و حیله و وبال بر جامعه انسانیت ندارند، آن‌قدر در این مرز و بوم مقتدر شده تا آنجا که توانسته‌اند، این حزب خودساخته را در جمیع شئون این مملکت وارد کنند و بر تمام نوامیس و مقدسات این آب و خاک استیلا بخشند...» (نهضت امام خمینی، دفتر پنجم، ص495)
شهید سیدمصطفی خمینی(ره) در ادامه، به نفوذ گسترده بهائیان به‌عنوان ایادی صهیونیسم اشاره می‌کند و می‌نویسد:
«از کوچک‌ترین قریه نزدیک به مقدس‌ترین شهر این کشور یعنی قم و قریه جاسب غفلت نکرده تا مراکز تبلیغاتی کل کشور یعنی اداره اطلاعات و رادیو و نیز فعالیت‌های دامنه‌دار آنان به جایی رسیده که برای مدت کوتاهی جمیع شئون اقتصادی این کشور را قبضه خواهند کرد و بلکه مطابق خبر صحیح و مسلم هیئت حاکمه این کشور تحت نفوذ این حزب و اربابان آنها قرار دارند و مطابق نقلی، رئیس دولت وقت و چهار نفر از اعضای آن، رسماً متهم به بهائیت هستند. بنابراین و با در نظر گرفتن آنکه در شئون لشگری هم، کسب نفوذ و قدرت کرده‌اند، می‌توان گفت که این حزب مولود یهودیان، بر جمیع شئون این مملکت کم و بیش تسلط داشته و دائماً در فکر ازدیاد آن هستند.» (نهضت امام خمینی، دفتر پنجم، ص495)
بنابراین از نگاه عمیق شهید سیدمصطفی خمینی(ره)، صهیونیست‌ها در دوران حکومت پهلوی به‌دنبال سلطه کامل بر کشور ایران بودند و برای رسیدن به این هدف، به حزب خودساخته «بهائیت» نیابت داده تا با نفوذ در ارکان مملکت، زمینه را برای آن سلطه فراهم سازند.
دست تقدیر و لطف پنهان الهی بر این قرار گرفت که علامه شهید سیدمصطفی خمینی، با خون خود حرکت انقلابی امام و ملت مسلمان ایران را به پیش رانَد. نکته کم‌تر گفته‌شده، آنکه بازتاب شهادت آن شهید، محدود به مرزهای ایران نبود؛ بلکه جنبش‌های ضد اسرائیلی را نیز متأثر ساخت و فلسطینیان و لبنانی‌های مبارز را نیز به انقلاب اسلامی امام و ملت ایران نزدیک‌تر کرد و اتحاد میان گروه‌های مبارز را استوارتر از قبل نمود.
شهادت علامه سیدمصطفی خمینی(ره) باعث شد که رئیس شورای اجرایی سازمان آزادی‌بخش فلسطین برای نخستین‌بار شخصاً برای برقراری ارتباط با امام پیش‌قدم شود. چه آنکه پیش از آن، در دوران مبارزه چریکی-سیاسی چریک‌های فلسطینی، علی‌رغم برخی ارتباطات محدود، رئیس این سازمان شخصاً هیچ‌گاه ارتباطی با امام نگرفته و پیامی نداده بود. (نهضت امام خمینی، دفتر پنجم، ص344)
یاسر عرفات، رئیس وقت شورای اجرایی سازمان آزادی‌بخش فلسطین که در آن زمان به‌عنوان چهره‌ای مبارز شناخته می‌شد، علاوه بر ارسال پیام تسلیت به‌مناسبت شهادت آیت‌الله سیدمصطفی خمینی، نماینده رسمی خود را نزد امام فرستاد. امام عظیم‌الشأن نیز از این فرصت استفاده کرده، برای تقویت وحدت میان جبهه مقاومت و همچنین هدایت سران این جبهه تلاش کردند.
امام خمینی(قد) در گفت‌وگو با سیدهانی فحص، نماینده رئیس سازمان آزادی‌بخش فلسطین، با ابراز تأسف از تفرقه‌های مخرب فرمودند:
«حکومت‌ها برای خاطر دنیای خودشان، با هم مخالفت کردند و مشتی صهیونیست را که با یک فوت اعراب می‌شد از بین برود، این غده سرطانی را نتوانستند، از بلاد مسلمین قطع کنند و باز هم متأسفم، از کارهایی که انجام می‌گیرد و سران دولت‌ها نمی‌توانند با هم توافق کنند... من اطمینان دارم، اگر مسلمین با هم اجتماع کنند، سران مسلمین با یکدیگر توافق داشته باشند، هیچ‌یک از قدرت‌های دنیا، هیچ‌یک از ممالک دنیا نمی‌توانند با آن‌ها مقابله کنند؛ زیرا پشتوانه این‌ها حق است، قرآن است، ملت‌ها است؛ البته درصورتی‌که به تکالیف خود عمل کنند.» (نهضت امام خمینی، دفتر پنجم، صص338-337)
امام خمینی(قد) علاوه بر تأکید بر وحدت، رهنمود‌هایی در خصوص مقابله با نفوذ ایادی بیگانه که نابودگر وحدتند، ابراز کردند:
«آقایانی که برای ایجاد اتفاق زحمت می‌کشند، باید فعالیت‌های افراد مشکوک ناشناخته را خنثی کنند. هوشیار باشند، ایادی استعمارگران به‌واسطه بعضی امور جزئیه یا شخصیه، آنان را از هم جدا می‌کنند و من خوف دارم که شیاطین استعمار، کسانی که می‌خواهند شرق را ببلعند، می‌خواهند همه منافع شرق را ببرند، می‌خواهند شرق همیشه اسیر آنان باشد، باز این اتفاق را (که ان‌شاءالله بنا است بشود) به‌هم بزنند.» (نهضت امام خمینی، دفتر پنجم، ص338)
ایشان به هشدارهای کلی اکتفا نکردند و به‌صورت مصداقی و روشن، ذهن مبارزان فلسطینی را نسبت به تحرکات شوم رژیم پهلوی در کشورهای اسلامی روشن ساختند و فرمودند:
«حکومت ایران حکومتی است عامل استعمار[که] ایران را به فساد کشیده است و الآن درصدد است، ممالک دیگر را هم به فساد بکشاند. شما باید از مکر و حیله عمال خبیث استعمار احتراز کنید! آنان همچنان‌که ایران را به خرابی کشیدند و تا نزدیک هلاکت برده‌اند، دستشان را از ایران به سایر کشورها دراز کرده‌اند و می‌خواهند، جاهای دیگر را نیز به فساد بکشانند.» (نهضت امام خمینی، دفتر پنجم، ص342)
بنابراین باید اعتراف کرد که حیات و شهادت الهی علامه سیدمصطفی خمینی و خون مطهر ایشان، حرکتی مؤثر در چرخه مبارزات ضداسرائیلی ایجاد کرد و در اعتراف دوم باید گفت که این کوتاه‌نوشت، تنها بخش کوچکی از آثار سیاسی و معنوی حیات و ممات آن شهید جاوید را ثبت کرده است.