به دنبال وقوع این جنایت‌، مراجع عظام تقلید، جامعه مدرسین حوزه علمیه قم، نهادهای حوزوی، شیعی و سران قوا با صدور بیانیه‌هایی خواستار اقدام فوری دولت و ارتش برای شناسایی و مجازات عوامل این جنایت شدند که برخی از بیانیه‌های منتشرشده، بدین شرح می‌باشد.

 دفتر آیت‌الله‌العظمی سیستانی
بسم‌الله الرحمن الرحیم/ «إنا لله وإنا الیه راجعون»
برادران و خواهران ایمانی در شهر پاراچنار پاکستان (أعزهم الله تعالی)
السلام علیکم ورحمةالله وبرکاته
بار دیگر تروریست‌های سنگدل به جنایتی هولناک دست زده و با حمله مسلحانه به مسافرانی که از پاراچنار به پیشاور در حرکت بودند، تعداد زیادی از مؤمنین بی‌گناه را به شهادت رسانده و یا مجروح کردند.
ضمن عرض تسلیت و تعزیت به شما عزیزان و ابراز تأسف و همدردی با خانواده‌های داغدار، برای همگان صبر و شکیبایی و برای آسیب‌دیدگان شفای عاجل و برای شهدای این رخداد تلخ، علو درجات مسألت می‌نماییم.
حوزه علمیه نجف اشرف و مرجعیت اعلای شیعه، با محکوم‌ نمودن این جنایت هولناک که وحدت مسلمانان را نشانه گرفته است، از دولت محترم پاکستان مؤکداً می‌خواهد، در جهت حمایت از مردم بی‌پناه در مقابل ظلم و جنایت گروه‌های تروریستی چاره‌‌اندیشی نموده و اقدامات پیشگیرانه و لازم را در نظر بگیرد و اجازه ندهد، مؤمنین بی‌گناه هر چند گاه مورد حملات خشونت‌بار و وحشیانه گروه‌های افراطی و سنگدل واقع شوند.
دوام عزت و سربلندی ملت شریف پاکستان را از خداوند متعال خواستاریم.

  آیت‌الله‌العظمی نوری همدانی
بسم‌الله الرحمن الرحیم
حوادث پیش‌آمده در پاراچنار پاکستان که متأسفانه سابقه هم دارد، موجب تأسف می‌باشد.
لازم است دولت پاکستان با برهم‌زنندگان امنیت و وحدت ملت آن کشور، برخورد جدی نماید و زمینه را برای برقراری امنیت مسلمانان و شیعیان فراهم آورد و از تکرار چنین حوادث دردناک توسط افرادی که دست‌نشانده دشمنان اسلام ناب محمدی(ص) می‌باشند، جلوگیری نماید.
اینجانب ضمن محکوم‌کردن این جنایت دردناک، برای همه عزیزان و شیعیان آن منطقه آرزوی سلامتی و توفیق روزافزون دارم.

 آیت‌الله‌العظمی بشیر نجفی
بسْمِ‌اللهِ الرَّحْمَنِ الرَّحِیمِ
قال الله سبحانه: «الَّذِینَ إِذَا أَصَابَتْهُمْ مُصِیبَةٌ قَالُوا إِنَّا لِلَّهِ وَإِنَّا إِلَیْهِ رَاجِعُونَ* أُوْلَئِکَ عَلَیْهِمْ صَلَوَاتٌ مِنْ رَبِّهِمْ وَرَحْمَةٌ وَأُوْلَئِکَ هُمُ الْمُهْتَدُونَ» [سورة البقرة: 157-155]. صدق‌الله العلی العظیم
امروز با اعلام مصیبت تازه دیگری برای مردم ما در شهر پاراچنار که منجر به ‌شهادت و یا زخمی شدن ده‌ها تن به‌صورتی خیانت‌آمیز، ظالمانه و متجاوزانه شد، عزای ما تجدید شد. ما شکایت خود را به خداوند عرضه کرده و به صاحب‌الزمان(عج) و همچنین به خانواده‌های شهدا و مجروحان بابت این مصیبت دردناک تسلیت می‌گوییم.
با وجود هشدارهای قبلی ما در بیانیه‌های گذشته و با توجه به اینکه آنچه اتفاق افتاده، زیر نظر دستگاه‌های مسئول بوده است، این مصیبت نشان‌دهنده عدم جدیت آنها در رسیدگی به وضعیت است. لاحول ولاقوة إلا بالله العلی العظیم.

  جامعه مدرسین حوزه علمیه قم
جنایت خون‌بار تروریستی که منجر به شهادت جمع کثیری از شیعیان اهل‌بیت(ع) در منطقه پاراچنار کشور برادر، پاکستان شد، بار دیگر چهره زشت و خشن تکفیری‌ها را آشکار کرد و قلب‌‎ها را به درد آورد.
مزدوران استکبار و صهیونیست با این جنایت‌ها تلاش دارند، به وحدت میان مسلمانان شیعه و اهل‌سنت، در کشور پاکستان ضربه بزنند و با ایجاد تفرقه و شکاف مذهبی، از قدرت پیدا کردن امت واحده اسلامی در مقابل دشمنان جلوگیری کنند.
این توطئه‌ طراحی‌شده توسط دستگاه‌های امنیتی و اندیشکده‌های صهیونیستی، گرچه یک برنامه دقیق و پیچیده است؛ اما با جهاد تبیین و روشنگری علمای تقریب و همچنین صبر و بصیرت مردم آگاه آن منطقه، خنثی خواهد شد و دست‌های پنهان استکبار را آشکار خواهد کرد.
دولت و نهادهای امنیتی پاکستان، اگر با آتش نیرنگِ شیاطین جبّاری که این خون‌ریزی‌ها را انجام می‌دهند، برخورد قاطعانه نداشته باشند، این حوادث، امنیت ملی پاکستان را مخدوش خواهد کرد. تدبیر و چاره‌اندیشی در برخورد با عاملین این فتنه‌گری‌ها باید با جدیت دنبال و از خون شیعیان مظلوم صیانت شود.
جامعه مدرسین حوزه علمیه قم، ضمن عرض تسلیت به علمای مجاهد و اندیشمندان متعهد پاکستان، مردم شریف پاراچنار، به‌ویژه خانواده‌های شهدای این جنایت غم‌انگیز، از خداوند متعال برای شهدا، طلب رحمت و مغفرت و برای مجروحان شفای عاجل مسألت دارد.

  آیت‌الله اعرافی مدیر حوزه‌های علمیه کشور
خبر شهادت جمع کثیری از مردم مسلمان و پیروان مخلص و راستین مکتب اهل‌بیت(ع) در منطقه پاراچنار کشور پاکستان، توسط گروه‌های تروریستی و تکفیری و دست نشانده استکبار و صهیونیست، موجب تألم و تأسف فراوان شد.
بی‌شک دشمنان اسلام و مخالفان وحدت میان مسلمانان، از طریق گروه‌های مزدور جنایت‌کار، تلاش دارند که میان مسلمانان شیعه و اهل سنت در کشور پاکستان تفرقه و شکاف مذهبی ایجاد کنند.
دولت و مقامات امنیتی کشور پاکستان، باید در راستای حمایت و صیانت از شیعیان بی‌پناه و مظلوم پاکستان در برابر ظلم و جنایت گرو‌های تروریستی، تدبیر و چاره‌اندیشی کنند و از تکرار این جنایات جلوگیری نمایند و به دشمنان وحدت ملت پاکستان و دست‌نشاندگان جنایت‌کار اجازه ندهند، مسلمانان بی‌گناه و مظلوم مورد ظلم و قربانی گروه‌های افراطی و جاهل قرار گیرند.
این‌جانب به‌سهم خود و از جانب حوزه‌های علمیه جمهوری اسلامی ایران، ضمن محکوم‌نمودن شدید این جنایت غم‌انگیز که به کشته و مجروح شدن عده‌ای از مسلمانان شیعه و مظلوم منجر گردید، شهادت آن عزیزان را به مقامات دینی و فرهنگی و مردم مسلمان کشور پاکستان به‌ویژه خانواده‌های آن عزیزان، تسلیت عرض نمایم و از خداوند متعال برای شهدا، طلب علوّ درجات و برای مجروحان شفای عاجل و برای بازماندگان صبر جمیل را خواستارم.

  رئیس شورای علمای شیعه پاکستان
​​​​​​​حجت‌الاسلام والمسلمین سیدساجد علی‌نقوی، رئیس شورای علمای پاکستان، با صدور بیانیه‌ای، ضمن تسلیت به بازماندگان حملات تروریستی پاراچنار تصریح کرد: فاجعه پاراچنار بسیار فجیع، جدی و ظالمانه است. این حادثه با یک برنامه‌ریزی سنجیده اتفاق افتاده است.
وی ضمن بیان واقعیت‌های واقعی فاجعه پاراچنار از حاکمان خواست تا گام‌های جدی بردارند. اگر اقدامات جدی در برابر ظالمان و قاتلان انجام نشود، سلسله اعتراضاتی صورت می‌گیرد و پایان نخواهد یافت.
فاجعه پاراچنار بسیار جدی، فجیع و ظلم آشکار است. هدف قرار دادن اتوبوس‌های مسافربری به‌طول ۱۴ کیلومتر روشن کرد که یک نقشه عمدی بوده و این وحشیانه است. تروریست‌ها اجازه داشتند، با آزادی کامل به مردم مظلوم حمله کنند.