حوزه فعالیت مؤسسه دارالثقلین امام عصر(عج)
علاوه بر برگزاری دروس اصلی این مؤسسه شامل؛ خارج فقه و اصول، فقه معاصر، تفسیر و اخلاق، برای تقویت بنیه علمی طلاب جوان در جهت دستیابی به قوه اجتهاد، دوره‌های مختلف عمومی و گرایشی نیز برگزار می‌گردد. برخی از عناوین دروس دوره عمومی شامل موارد آتی است: روش پژوهش، رجال، مکاتب و مناهج اجتهادی، کاربرد قواعد فقهی و اصولی،  مستندات فقه و اصول، فقه مقارن، فلسفه فقه، آیات‌الاحکام و... . تاکنون دو دوره گرایش «فقه خانواده» و «مهدویت» در این مؤسسه آغاز گردیده است. محل برگزاری این دروس، مدرسه آیت‌الله‌العظمی گلپایگانی(قد) و مسجد حضرت آیت‌الله جوادی آملی است. این مؤسسه، هم‌راستا با برنامه‌های مرکز ‌مدیریت حوزه علمیه،‌ طرح‌های آموزشی و پژوهشی  آن مرکز را نیز برگزار می‌نماید و دانش‌پژوهان مؤسسه، از مزایای آن، بهره‌مند می‌گردند. این طرح‌ها شامل، هدایت تحصیلی، حدیث‌خوانی و فقه معاصر است.
مرکز مدیریت حوزه‌های علمیه، در نظر دارد که امتحانات شفاهی را به مراکز آموزشی واگذار کند. مؤسسه دارالثقلین امام عصر(عج)، از نخستین مراکزی بوده که مجوّز برگزاری مصاحبه شفاهی درس خارج را اخذ کرده و بیش از ده دوره آن را برگزار کرده است.

  فعالیت‌های معاونت پژوهش
معاونت پژوهش مؤسسه، ضمن پیگیری تألیف مقالات پژوهشی دانش‌پژوهان، مقالات برگزیده را در مجله علمی دارالثقلین، منتشر می‌کند. برگزاری نشست‌های علمی و کرسی‌های نظریه‌پردازی، برای رشد و اعتلای علمی نیز، از وظایف این معاونت است که می‌توان به عناوین آتی اشاره نمود: غناء و موسیقی در مجالس، بررسی حکم خرید و فروش و استخراج پول رمزپایه دیجیتال، حجیت سیاق در علم اصول، نقد و بررسی دلیل اجماع در حرمت مجسمه‌سازی، واکاوی فقهی ارزش زمانی پول، آینده‌پژوهی چالش‌های اهدای اسپرم و جنین، تأثیر جامعه بر فقه با تأکید بر آرای امام خمینی(قد)، واکاوی فقهی تخلیه اطلاعاتی و... .

  خدمات نشر مؤسسه دارالثقلین امام عصر(عج) در حوزه نشر، علاوه بر مجله دارالثقلین، کتاب‌هایی مانند «راه‌ فضیلت»، تقریرات فقهی، الشافی فی الفقه،‌ الشافی فی الاصول و...، از منشورات این مؤسسه است. با توجه به اهمیت روزافزون فضای مجازی و شبکه‌های اجتماعی، اقدام به تولید محتوای علمی در تارنما‌های مؤسسه دارالثقلین امام عصر(عج) و مدرسه فقاهت و شبکه‌های اجتماعی مختلف نموده‌ است. صوت و تقریر دروس خارج‌فقه، مقالات علمی، عکس‌نوشته‌ها و... از جمله این فعالیت‌هاست.
علاوه بر فعالیت‌های آموزشی و پژوهشی، مؤسسه دارالثقلین امام عصر(عج) اهتمام به برنامه‌های فرهنگی نیز دارد؛ مانند: برگزاری مراسم سوگواری، جشن و عمامه‌گذاری، مسابقات کتاب‌خوانی، تهیه و توزیع اقلام فرهنگی و معیشتی میان طلاب.