تأسست المدرسة عام1387هـ أي 1967 بالميلادية. أسسها آية الله السيد علي شُبّر الحسيني (عالم الكويت آنذاك) المتوفى عام 1972 وهو من أسرة آل شُبّر العلمية العربية العريقة التي ينتهي نسبها إلى الإمام علي بن الحسين زين العابدين(ع)، بعد تأسيسها كلّف ولده الأكبر الشهيد الخطيب الحسيني الشهير السيد جواد شُبّر ليكون متولياً شرعياً لها ومن بعده لذرية السيد جواد الأصلح فالأصلح وهكذا وللذكور دون الإناث، مساحة المدرسة 600 متر مربع. تتكون من طابقين (عدا السراديب) ومطبخين كبيرين ودورتين للمياه الصرف الصحي وأربعة حمامات و 43 غُرفة لمبيت طلبة العلوم الدينية الوافدين إلى النجف الأشرف. وتحوي على ساحة مكشوفة يتوسطها حوض ماءٍ بمقدار الكُر وعلى يمينه صالة للدراسة والمحاضرات وصلوات الجماعة، وفوق الصالة بالضبط مكتبة تحتوي على ما يقارب 10000 كتاب ومخطوط، كما أن تحت المدرسة ثلاثة سراديب واحداً تحت الآخر وبئر ماء عمقه ما يقارب 30 متراً.

في عام 2008م حدثت بعض التعديلات على المدرسة الشبرية وأُعيدَ ترميمها وغُيّرت بعض معالمها.