بخش پایانی دعای عرفه سرشار از مضامین معنوی و آموزه‌های توحید عرفانی است؛ مضامینی که هم به‌لحاظ کیفیت محتوا و هم به‌لحاظ کمیت و انبوهی آنها در بین ادعیه مأثوره کم‌‌نظیر یا بی‌‌نظیر است؛ از این‌رو می‌توان این بخش را از مواریث گران‌بهای اهل‌بیت(ع) برای امت اسلامی و از افتخارات گنجینه معارف شیعه محسوب کرد؛ اما با این حال، هم عده‌ای از متقدمین و هم افرادی از علمای معاصر، این بخش از دعا را از مجموعه دعای عرفه محسوب نکرده و ادعا می‌کنند که این بخش، از تصرفات و افزوده‌های متصوفه در دعای حضرت أباعبدالله الحسین(ع) است؛ عمده سخنان منکران، مستند به اظهارات علامه مجلسی(ره) در کتاب شریف بحارالأنوار است. از بیانات ایشان برای انکار جزئیت این بخش، دو دلیل استخراج می‌شود که در ادامه به ارزیابی آنها می‌پردازیم.
دلیل اولی که از بیانات ایشان استخراج می‌شود، این است که این بخش، از افزوده‌های متصوفه است؛ زیرا این عبارات در برخی نسخ قدیمی کتاب اقبال سیدبن طاووس(ره) نیست (لم یوجد هذه الورقة فی بعض النسخ العتیقة من الإقبال‏) و در تأیید این مدعا، ایشان اضافه می‌کند که این بخش در کتاب مصباح‌الزائر (که کتاب دیگری از سید‌بن طاووس است) و نیز در کتاب بلدالامین کفعمی وجود ندارد.
دلیل دومی که از بیانات مرحوم مجلسی(ره) استخراج می‌شود، این است که این بخش، از افزوده‌های متصوفه است؛ چون عبارات این بخش با سیاق ادعیه معصومین(ع) سازگاری ندارد و فقط با مذاق صوفیان هماهنگ است: (عبارات هذه الورقة، لا تلائم سیاق أدعیة السادة المعصومین‏ وإنما هی على وفق مذاق الصوفیة) (بحار، ج 95، ص 227).
دقت در بیانات مرحوم مجلسی روشن می‌کند که هر دو دلیل، به وجوهی مردود و ناپذیرفتنی است؛ در ادامه ما هر دو دلیل را ارزیابی کرده و ناتمامی آنها را روشن می‌سازیم.
ارزیابی دلیل اول: در مورد اینکه این بخش از دعا در برخی نسخ قدیمی کتاب اقبال نیست؛ باید عرض کنم که همین عبارت مرحوم مجلسی که می‌‌گوید: (لم یوجد هذه الورقة فی بعض النسخ العتیقة من الإقبال‏)  دلالت دارد که اکثر نسخ قدیمه اقبال، واجد این بخش اخیر بوده است؛ زیرا مرحوم مجلسی مایل به جزء نبودن آن در دعای عرفه بوده است و اگر نسخ قدیمه زمان مجلسی که ایشان دیده، اکثراً فاقد این جزء می‌‌بود یا لااقل تعداد قابل توجهی از نسخ قدیمه فاقد این جزء می‌بود، ایشان به فقدان اکثر نسخه‌ها یا به تعداد قابل توجه نسخه‌های فاقد، برای اثبات دیدگاه خود استناد و استدلال می‌کرد؛ اما ایشان چنین نکرده است و فقط ادعا کرده که برخی نسخ قدیمه، فاقد جزء اخیر است؛ بنابراین تعبیر «بعض النسخ العتیقه» در عبارت مرحوم مجلسی، به‌طور ضمنی شهادت است که به اینکه اکثر نسخ قدیمه زمان مجلسی واجد این بخش بوده است و وقتی اکثر نسخ قدیمه زمان مجلسی، واجد جزء اخیر بوده، ادعای جزء نبودن خلاف تحقیق است.
اما ادعای ایشان مبنی بر اینکه این بخش در کتاب دیگر سیدبن طاووس یعنی کتاب «مصباح‌الزائر و زادالمسافر» نیست، گرچه درست است؛ اما باید توجه داشت که شیوه سیدبن طاووس(ره) در کتاب «مصباح‌الزائر و زادالمسافر» بر اختصار بوده است؛ او در این کتاب می‌خواسته، زائران مسافر، کتاب مختصری را هنگام سفر برای ادعیه و زیارات، داشته باشند؛ لذا نبودن این بخش در کتابی که بنا بر اختصار بوده، دلیل بر نبودن آن، در اصل دعا نیست.
همچنین نبودن این جزء در کتاب بلدالامین کفعمی که تقریباً دو قرن و نیم از سیدبن طاووس متأخر است، با توجه به اینکه قبلاً روشن کردیم که کلام مجلسی شهادت ضمنی است بر اینکه اکثر نسخ قدیمه دارای این بخش بوده، ضرری نمی‌رساند؛ زیرا ترجیح، با نسخ قدیمه است که کلام مجلسی خود، شهادت ضمنی است بر ثبوت آن.
ارزیابی دلیل دوم: در مورد ادعای دیگر ایشان که مطالب این بخش با سیاق ادعیه معصومین(ع) سازگاری ندارد و فقط با مذاق صوفیان هماهنگ است، باید عرض کنم که چنین ادعایی درست نیست زیرا:
اولاًّ نمونه‌هایی از این‌گونه مضامین عرفانی در سایر ادعیه یا زیارات ائمه وجود دارد؛ مثل جمله «إِلَهِی وَأَلْحِقْنِی بِنُورِ عِزِّکَ‏ الْأَبْهَجِ...» در مناجات شعبانیه، یا جمله «اطْمَأَنَّتْ بِالرُّجُوعِ‏ إِلَى‏ رَبِ‏ الْأَرْبَابِ‏ أَنْفُسُهُم‏» در مناجات‌های خمسه‌ عشر که هر دو به مقام فنای عارف در حضرت حق دلالت دارند؛ یا جمله «لَا فَرْقَ‏ بَیْنَکَ‏ وَبَیْنَهَا إِلَّا أَنَّهُمْ عِبَادُکَ» در زیارت رجبیه که بر انحصار وجود حقیقی در وجود خداوند دلالت دارد؛ یا جمله «وَأَشْرَقَتِ‏ الْأَرْضُ‏ بِنُورِکم» در زیارت جامعه که با توجه به آیه «وَأَشْرَقَتِ‏ الْأَرْضُ‏ بِنُورِ رَبِّها»، به تجلی حضرت رب‌الأرباب در ذوات نوری ائمه(ع) اشاره دارد؛ بنابراین با استناد به وجود تعابیر عرفانی در این بخش از دعای عرفه، نمی‌توان جزء بودن این بخش را انکار کرد؛ زیرا چنین تعابیری در سایر کلمات معصومین فراوان‌اند.
ثانیاً ادعای اینکه «عبارات این بخش با سیاق ادعیه معصومین(ع) سازگاری ندارد» (عبارات هذه الورقة، لا تلائم سیاق أدعیة السادة المعصومین‏) غیر قابل اثبات است؛ زیرا عبارات منقول از معصومین(ع) چنان متفاوت و با سطوح متخالف‌اند که در روایتی وارد شده: اگر اباذر چیزهایی را که در دل سلمان است می‌دانست، او را می‌کشت «وَاللَّهِ، لَوْ عَلِمَ‏ أَبُوذَرٍّ مَا فِی قَلْبِ سَلْمَانَ لَقَتَلَه‏» و این نشان می‌دهد که تفاوت‌ها در تعلیمات معصومین(ع) در حدی است که برخی این تعلیمات، در نظر بسیاری از اصحاب بی‌واسطه معصومین مثل ابوذر به‌عنوان مطالب کفر‌،آمیز تلقی می‌شده است با اینکه این تعلیمات هم، از ناحیه معصومین(ع) به قلب امثال سلمان القاء شده است؛ بنابراین ادعای اینکه عبارات این بخش با سیاق ادعیه معصومین(ع) سازگاری ندارد، مجازف و غیر قابل اثبات است؛ مثل این است که اباذر حدیثی را که سلمان از پیامر(ص) نقل می‌کند، به‌دلیل اینکه این نحوه سخنان را از پیامبر(ص) نشنیده، انکار کند.    
ثالثاً همه انسان‌های گوناگون مخاطب تعلیمات ائمه‌اند(ع)؛ بنابراین در ادعیه اهل‌بیت(ع) متناسب با اهل ‌معنی و اهل عرفان، حتماً باید ادعیه‌ای وارد شده باشد. بنابراین هماهنگی برخی ادعیه مأثوره با حقایق عرفانی، نه‌تنها امر باطلی نیست؛ بلکه یک ضرورت تعلیمات دینی است.
رابعاً اشکال دیگری که به بیان ایشان وارد است، این است که احادیث زیادی از ناحیه ائمه(ع) وارد شده است و خود مرحوم مجلسی نیز این احادیث را در باب مفصلی در بحار (ج 2 ص 182) به بعد جمع‌آوری کرده است که حاصل محتوای این احادیث این است که ما نباید احادیثی را که به ائمه(ع) نسبت داده می‌شود، تکذیب کرده و رد کنیم؛ گرچه این احادیث یا به‌لحاظ سند ضعیف‌اند و یا به‌لحاظ محتوا به‌گونه‌ای هستند که قبول آنها ثقیل و اذعان به آنها سخت است؛ بلکه باید در مورد آن احادیث بدون رد و اثبات، توقف کنیم تا وضعیت آنها روشن شود؛ به‌عنوان نمونه دو مورد از این احادیث را از بحار می‌آوریم:
الف: ابوبصیر از امام باقر یا امام صادق(ع) روایت می‌کند که امام فرمود: «لَا تُکَذِّبُوا بِحَدِیثٍ آتَاکُمْ مُرْجِئِی وَلَا قَدَرِیٌ‏ وَلَا خَارِجِیٌ‏ نَسَبَهُ إِلَیْنَا فَإِنَّکُمْ لَا تَدْرُونَ لَعَلَّهُ شَیْ‏ءٌ مِنَ الْحَقِّ فَتُکَذِّبُوا اللَّهَ عَزَّ وَجَلَّ فَوْق عَرْشِه‏»؛ یعنی حدیثی را که کسی از فرقه‌های مرجئه یا قدریه یا خوارج به ما نسبت می‌دهد، تکذیب نکنید؛ زیرا شما (واقع امر) را نمی‌دانید. شاید مطلب حقی باشد. در این صورت شما با تکذیب‌تان خدا را در بالای عرشش تکذیب کرده‌اید. (بحار، ج 2، ص 187).
ب: سفیان‌بن سمط می‌گوید: به امام صادق(ع) عرض کردم: مردی از ناحیه شما می‌آید و از جانب شما خبری عظیم را نقل می‌کند که موجب تنگی سینه می‌شود؛ به‌گونه‌ای که ما او را تکذیب می‌کنیم؛ امام فرمود: آیا نه این است که او خبری از من گزارش می‌کند؟ گفتم: بلی؛ امام فرمود: ‌آیا این خبر (در بعید بودن) مثل این است که شب، روز و روز، شب گردد؟ گفتم: نه؛ امام فرمود: پس امر حدیث را به ما واگذار و آن را رد نکن؛ زیرا اگر آن را رد و تکذیب کنی، در حقیقت ما را تکذیب کرده‌ای. (بحار، ج 2، ص 187).
با توجه به این‌گونه احادیث که تعدادش نیز فراوان و برخی آنها صحیح است، اشکالی که به ایشان وارد است، این است که چرا در مورد جزء اخیر دعای عرفه، طبق این احادیث عمل نکرده و در مورد این بخش توقف نکرده؛ بلکه به‌جای توقف، آن را انکار کرده و به متصوفه نسبت می‌دهد؛ به نظر می‌رسد، این انکار، شایسته مقام علمی علامه مجلسی(ره) نیست؛ غفرالله لنا وله.
در سال‌های أخیر منکران جزئیت در تأیید دیدگاه علامه مجلسی(ره)، با استناد به اینکه این بخش از دعا در کتاب «الحکم العطائیه» ابن‌عطاء اسکندری تحت عنوان «مناجات» بعینه موجود است گفته‌اند: اصل این بخش از دعا از ابداعات او بوده و بعد به کتاب اقبال سیدبن طاووس و برخی کتب دیگر ملحق شده است.
این بیانات نیز باطل و ناتمام است؛ زیرا علاوه بر اینکه ابن‌عطاء به‌لحاظ زمانی تقریباً نیم‌قرن از سیدبن طاووس متأخر است و الحاق آثار مؤلفان متأخر به آثار مؤلفان متقدم بعید است. این نکته را باید توجه داشت که اولاً مکتوباتی که ابن‌عطاء در بخش حکم کتابش آورده است، نشان می‌دهد که او به‌لحاظ علمی در سطح یک نصیحت‌گر اخلاقی است؛ نه در سطح یک فیلسوف و عارف عالی‌مقام؛ حال آنکه این بخش از دعای عرفه سرشار از مضامین عالی عرفانی و فلسفی است و چنین مضامینی ممکن نیست، از ابداعات چنین شخصی با چنین سطحی از معلومات باشد؛ مثلاً از مضامین عالی فلسفی این بخش این جمله است که می‌فرماید: «کَیْفَ یُسْتَدَلُّ عَلَیْکَ بِمَا هُوَ فِی‏ وُجُودِهِ‏ مُفْتَقِرٌ إِلَیْک» که به برهان‌های صدیقین اشاره دارد؛ برهان‌هایی که سخن گفتن در مورد آنها، فقط از فیلسوفان بزرگ انتظار می‌رود.
ثانیاً دعاها و مناجات‌هایی که به‌واسطه غیرمعصومین ابداع شده یا می‌شوند، معمولاً حداکثر در حد چند خط است و به‌ندرت دعایی یا مناجاتی در حد یک صفحه 300 کلمه‌ای می‌توان نشان داد؛ آن‌هم با مضامین تکراری؛ ولی این بخش از دعای عرفه خود، تقریباً سه صفحه 300 کلمه‌ای است، بدون هیچ مطلب تکراری؛ بلکه هر جمله آن مطلبی بدیع و غیرتکراری است؛ بنابراین نمی‌توان این بخش را از ابداعات ابن‌عطاء یا هر غیرمعصومی دانست؛ از این‌رو آنچه معقول است، این است که او چنین دعایی را در جایی مشاهده کرده و اجمالاً آن را با حال و هوای سلوک عرفانی مناسب دیده و لذا آن را به آخر کتابش افزوده است؛ چنانکه در بخش حکم کتابش نیز، مسئله به‌همین صورت بوده است. او جملات برجسته‌ای را در راستای تهذیب و سلوک عرفانی جمع‌آوری کرده، برخی را خود ابداع کرده و برخی را از دیگران گرفته و با تصرفاتی، آنها را در کتابش آورده است؛ مثلاً در حکمت 37 جمله معروف «کان الله ولا شیء معه وهو الآن علی ما علیه کان» را آورده که روشن است، این حکمت از خود او نیست؛ بلکه در روایات ائمه(ع) شیعه آمده و نیز در حکمت 64 جمله «من لم یشکر النعم فقد تعرض لزوالها» را آورده که منسوب به امیر‌المؤمنین(ع) است و در کتاب عیون‌الحکم والمواعظ لیثی، با کمی تفاوت بدین صورت آمده است که «مَنْ لَمْ یَشْکُرِ النِّعَمَ عُوقِبَ بِزَوَالِهَا»؛ بنابراین درست این است که گفته شود، همان‌گونه که ابن‌عطاء جملاتی را از منابع شیعه یا غیر آن گرفته و بدون ذکر منبع، در بخش حکم آورده است؛ بخشی از دعای عرفه را نیز از منابع روایی شیعه گرفته و بدون ذکر منبع، در بخش مناجات آورده است.