مهندسی فرهنگ یعنی سامان دادن و در قالب نظام درآوردن فرهنگ و مهندسی فرهنگی شکل دادن و مدیریت جامعه بر اساس فرهنگ است. علامه مصباح یزدی(ره) در هر دو حوزه نقش ممتاز داشتند برای اینکه فرهنگ را مهندسی کنیم باید ابتدا فرهنگ موجود را خوب بشناسیم و آسیب‌های آن را درک کنیم و با توجه به نواقص و آسیب‌ها، فرهنگ مطلوب که جامعه را در برابر تهاجمات فرهنگی مصون‌سازی می‌کند و جامعه را برای رشد و ارتقا تغذیه می‌کند ترسیم کنیم.

  ضرورت عرضه فرهنگ اسلامی در قالب نظام
اسلام فرهنگی غنی است که جوامع اسلامی از آن برخوردار هستند. برای اینکه این فرهنگ در برابر تهاجمات بیگانه بتواند استوار بماند و نقش پویای خودش را ایفا کند نیاز داریم این فرهنگ را در قالب نظام عرضه کنیم. آیت‌الله مصباح یزدی(ره) در آغاز دوره معارف قرآن خود متذکر این نکته شدند که امروز فرهنگ‌های دیگر برای مقابله با فرهنگ اسلام آرمان‌ها و ارزش‌های خودشان را در قالب نظام عرصه می‌کنند و ما هم باید بتوانیم ارزش‌های اسلامی را در قالب نظام عرضه کنیم.
اگر بخواهیم فرهنگ اسلامی را در قالب نظام عرضه کنیم در گام نخست باید عناصر کلیدی فرهنگ اسلامی را استخراج کنیم و در گام بعد هماهنگی و انسجام بین این مفاهیم را تبیین کنیم به گونه‌ای که با حرکت هر کدام از آنها هدف اصلی اسلام که سعادت انسان است تضمین شود. علامه مصباح یزدی با فکر متعالی خودش به خوبی فرهنگ جامعه را شناخته بودند و روزنه تهاجم فرهنگ شرق و غرب را شناسایی کرده بودند و از این طرف سال‌ها در مکتب امام خمینی(قد) و علامه طباطبایی (قد) با فرهنگ اسلامی آشنا شده بودند و مولفه‌های فرهنگی اسلامی را به دست آورده بودند، لذا این مجموعه را در قالب یک نظام عرضه کردند؛ سیستمی که شامل عناصر کلیدی اسلام بود و هر یک از این عناصر سر جای خودش قرار داشت. این سیستم ناظر به تهاجمات و نقص‌ها نیز بود و در عین حال هماهنگ با نظام تفکر قرآنی بود. اساسا توحیدمحوری روح این نظام را تشکیل می‌داد. با این حال علامه مصباح یزدی در حوزه تخصصی، علوم انسانی رایج را مورد توجه قرار داده بود و پاسخ شبهات و نقد اندیشه‌های نادرست را در این مجموعه عرضه کرد.

  حرکت علامه مصباح بر اساس روش‌شناسی دقیق
​​​​​​​نکته مهم دیگر در مهندسی فرهنگ، نشان دادن بی‌بنیان بودن اندیشه غرب و شرق بود. باز نکته مهم‌تر اینکه ایشان مبتنی بر روش دقیق و متنقن عمل می‌کردند یعنی در فهم معارف قرآن به صورت تفسیر موضوعی نهایت دقت را در حفظ اصول و مبانی روش فهم قرآن در نظر داشتند و آن را عرضه کردند. ایشان در همین مجموعه با دقت و موشکافی اندیشه‌های ناب قرآنی را استخراج کردند چنانکه در بعد عقلانی هم روش محکم و مستحکمی که در کتاب «آموزش فلسفه» ارائه کرده بودند را در پیش گرفتند و در این منظومه عناصر را جایگزین کردند و مستند و مستدل ساختند.
این یک خلأ جدی در حوزه علمیه بود که فرهنگ اسلامی را در قالب نظام عرضه کنیم ولی علامه مصباح یزدی  این کار را به ثمر رساندند. ایشان برای اینکه این نظام منقطع نشود اقدام به تربیت شاگردانی کردند که تداوم‌بخش این حرکت باشند و در همین راستا در حیات مبارکشان بحث شورای سیاستگزاری علوم انسانی را دنبال کردند و در حوزه فرهنگ عمومی نیز با تاسیس مرکز آموزش‌های بنیادین برای تعلیم این مبانی به استادان و نخبگان گام برداشتند و بالاتر از آن وارد مهندسی فرهنگی و زمینه‌سازی برای جهت‌دهی به افکار عمومی و حرکت عمومی جامعه شدند.
علامه مصباح یزدی(ره) هم توانست در عرصه مهندسی فرهنگ، فرهنگ اسلام را مهندسی کنند و هم در عرصه مهندسی فرهنگی جامعه را که مورد تهاجم شدید دشمنان اسلام قرار گرفته بود با این فرهنگ آشنا سازد و این توطئه‌ها را نقش بر آب کند. این نظامی که علامه مصباح یزدی توانستند طراحی کنند از ویژگی‌های ممتازی برخوردار است که اولا ناظر به همه اقشار جامعه بود و ثانیا منحصر به مباحث اندیشه بنیادین نشد و وارد عرصه‌های دیگر اندیشه اسلامی نیز شد.