آیت‌الله اعرافی مدیر حوزه‌های علمیه به همراه هیئتی از علما و اساتید حوزه‌های علمیه ایران که به عراق سفر کرده بود، پس از سخنرانی در مراسم بزرگداشت سالگرد ارتحال حضرت امام خمینی(قد) در نجف‌اشرف و شرکت در مراسم بزرگداشت حضرت آیت‌الله سید‌کاظم حائری، ۱۶‌خرداد با آیات عظام؛ سیستانی و بشیر نجفی به صورت جداگانه دیدار کرد.
 ایشان ضمن استماع برخی از آخرین برنامه‌های حوزه علمیه قم و حوزه‌های علمیه ایران، رهنمودهای لازم را ارائه و بر لزوم حفظ و ارتقای ابعاد معنوی قم و صیانت از جایگاه و شئون روحانیت تأکید کردند.
حضرت آیت‌الله سیستانی در این دیدار، ضمن استماع برخی از آخرین برنامه‌های حوزه علمیه قم و حوزه‌های علمیه ایران، رهنمودهای لازم را ارائه و برای توفیق و سربلندی حوزه‌های علمیه دعا کردند.
این مرجع تقلید ضمن تذکر و یادآوری تاریخ معنوی و مذهبی شهر مقدس قم، توصیه‌هایی در خصوص حفظ و ارتقای ابعاد عبادی و معنوی قم نمودند و بر صیانت از جایگاه و شئون روحانیت تأکید کردند.
معظم‌له، همچنین ارتباط قوی روحانیت و مردم را بسیار مهم و توسعه و تعمیق آن را ضروری دانستند.

  قدردانی از خدمات علمی، درمانی و طرح‌های کلان دفتر معظم له در قمآیت‌الله اعرافی هم در این دیدار صمیمانه، از توجه و اهتمام معظم‌له نسبت به مسائل حوزوی و برخی از طرح‌های کلان دفتر ایشان در قم، از جمله تأسیس کتابخانه جامع تخصصی، ساخت بیمارستان فوق تخصصی و خدمات درمانی به مردم و طلاب تقدیر و تشکر نمودند.
مدیر حوزه‌های علمیه آمارها و گزارش‌هایی از طلاب، اساتید، مراکز و موسسات حوزوی و دروس سطوح عالی ارائه کردند و به‌ویژه درباره دروس خارج در استان‌ها، کتاب‌ها و تحقیقات فقه معاصر و ورود در برخی از عرصه‌ها و رشته‌های جدید مورد نیاز جامعه و کشور و عرصه بین‌الملل توضیحاتی را تقدیم کردند.