برخی از اقدامات ایشان در برابر رژیم شاه عبارتند از:
1. سرباز زدن از ملاقات با شاه و نخست‌وزیران و فرستادگان دربار؛
۲. تحریم برنامه اوقاف و اعلامیه علیه معاملات و همکاری با سازمان اوقاف؛
۳. قطع شهریه کسانی که با اوقاف همکاری می‌نمودند و تحریم امامت جماعت و گوش ‌دادن به سخنرانی آنان؛
۴. حرام شمردن خرید و فروش و مصرف و توزیع گوشت‌های وارداتی از خارج و قبول نکردن وجوهات فروشندگان آنان(هرچند می‌شد، تحت عنوان مال مخلوط به حرام خمس آن را پذیرفت)؛
۵. اعتراض شدید و پیام کوبنده علیه تغییر تاریخ هجری به تاریخ شاهنشاهی؛
۶. مخالفت صریح با حزب رستاخیز و تحریم شرکت مسلمانان در آن؛
۷. مخالفت صریح با طرح امتحان دولت از طلاب و انکار صلاحیت آنان برای این امر که باعث عقب‌نشینی دولت وقت و مصون ماندن حوزه از این طرح ننگین شد؛
۸. اعتراض شدید علیه گسترش بی‌بند و باری و فساد و فحشا و رواج منکرات و فرستادن نامه سرگشاده به شاه و تذکر عواقب وخیم آن؛
۹. اعتراض و مخالفت بسیار شدید علیه سینما در شهر قم و تعطیل نمودن درس و نماز جماعت خویش به‌مدت یک هفته؛
۱۰. مخالفت و اعتراض علیه تاج‌گذاری شاه و انتخاب ولی‌عهد؛
۱۱. پیام در جهت تجلیل از مقام شهید سعیدی(ره) و اعلام مجلس ختم برای ایشان در مسجد امام؛
۱۲. تجلیل از مقام مرحوم حاج‌آقا مصطفی خمینی(ره) و تشکیل دو مجلس ختم در مسجد اعظم و شکستن سدّ رعب و ممنوعیت برپایی مجالس بزرگداشت و مطرح شدن نام امام خمینی(قد) در آن مراسم؛
۱۳. پی‌جویی حال تبعیدشدگان و سرکشی به خانواده‌های آنان؛
۱۴. حمایت از مقام و موقعیت امام خمینی(قد) و به‌ویژه در برابر اهانت روزنامه اطلاعات به امام راحل و تأکید بر مقاومت روحانیت و پیگیری اعتراض‌ها و راهپیمایی‌ها و صدور اعلامیه‌های روشنگرانه و کوبنده در لحظات حساس (به‌گونه‌ای که امام به ایشان فرموده بودند: اعلامیه‌هایی که حضرت‌عالی به‌تنهایی صادر می‌کنید، نقش بسزایی در پیشبرد مبارزات ملت مسلمان دارد) و دل‌جویی و تأیید علمای مبارز شهرستان‌ها.
و...
این اقدامات باعث شد که مزدوران رژیم برای لطمه ‌زدن به ساحت ایشان، از هیچ کاری فروگذار نکنند و دو بار (سوم فروردین ۱۳۴۲ در مدرسه فیضیه و ۱۹ اردیبهشت ۱۳۵۷ش) به سوی ایشان حمله کرده، قصد ضرب و جرح آن مرجع را داشتند که لطف خدا و جان‌فشانی‌های اطرافیان باعث حفظ ایشان شد.

   جنایات اسرائیل در فلسطین و لبنان و مواضع آیت‌الله‌العظمی گلپایگانی(ره)
از مسائلی که حضرت آیت‌الله گلپایگانی برای آن اهمیت فراوانی قائل بودند، مسئله تهاجم اسرائیل به فلسطین و لبنان و وجود آن غده سرطانی در کنار مرزهای کشورهای اسلامی بود. آن مرجع عالی‌قدر در بیانات و پیام‌های متعدد با عنوان آیه کریمه «لتجدن اشد الناس عداوة للذین آمنوا الیهود والذین اشرکوا» مسئله فلسطین را مسئله‌ای اسلامی و نه عربی دانسته و مسلمانان را به حفظ اتحاد و یکپارچگی در مقابله با صهیونیست‌های غاصب فرا خواندند.

«... سزاوار است حضرات علمای اعلام و عموم مسلمین در شهرستان‌ها بلکه سایر ممالک اسلامی عزای عمومی اعلام نموده و با تشکیل و شرکت در این‌گونه مجالس همدردی و پشتیبانی حوزه را با برادران مسلمان علیه صهیونیسم و عمال استعمار اعلام نمایند.»
معظم‌له در سخنانی به‌مناسبت آتش‌سوزی مسجدالاقصی در مسجد اعظم گفتند : «به‌علت آتش‌سوزی مسجدالاقصی سه شنبه و چهارشنبه را تعطیل می‌کنیم تا با برادران مسلمان همدردی خود را اعلام کنیم. در جراید نوشته بودند: مسجدالاقصی را آتش زدند. تمام اعراب را خشمگین کردند؛ ولی در حقیقت تمام مسلمانان جهان خشمگین شده‌اند و من در اعلامیه خود نوشته بودم، باید مسلمانان جهان عزای ملی اعلام کنند و مثل زمانی که قبور ائمه(ع) را در مکه خراب کردند و ملت و دولت ایران همدست شدند و یک روز، مثل روز عاشورا را تمام ایران تعطیل شد و مردم با دسته‌جات در خیابان‌ها حرکت کردند، حالا هم یک روز باید تعطیل عمومی کنیم و عزای ملی اعلام شود.
و اما درباره ساختمان مسجد که یهودی‌ها گفته‌اند ما خودمان آن را تعمیر می‌کنیم، مسلمانان نباید اجازه دهند که یهودی مسجدالاقصی را تعمیر کند و بسازد و اگر بخواهند، آنها مسجد را بسازند، درست کردن آن بدتر از آتش زدن آن است.»
در این میان رژیم شاه که از حامیان و متحدان اصلی اسرائیل در منطقه به‌شمار می‌رفت، بلافاصله نسبت به سخنان ایشان واکنش نشان داد و حتی منتشرکنندگان اعلامیه معظم‌له را مورد تعقیب و بازداشت قرار داد.
آیت‌الله‌العظمی گلپایگانی(ره) ضمن سخنرانی در مسجد اعظم قم، با انتقاد از جو و وحشت و خفقان حاکم بر کشور به این مسئله اشاره کرده و می‌گویند :
«درباره آتش‌سوزی مسجدالاقصی که عزای ملی است، یک نوشته‌ای را دادم فوراً سیدفضل‌الله چاپخانه‌ای بردند و آن قدر اذیت کردند که خدا می‌داند؛ درحالی‌که نوشته را علیه اسرائیل چاپ کرده است. او چه گناهی داشت. اگر گناهی در کار بود، من گناهکار بودم.»