وی مهرماه ۱۳۲۶ شمسی به امر والد بزرگوار خود توفیق ورود به طلبگی را پیدا کرد و در حالی‌که سه سال در حوزه علمیه رشت به فراگیری علم و دانش اشتغال داشت، سال ۱۳۲۹ شمسی برای ادامه تحصیل به حوزه علمیه قم هجرت کرد و ۱۴ سال در جوار مرقد مطهر حضرت معصومه(س) به فراگیری دروس حوزوی مشغول شد.
وی سال ۱۳۴۳ به امر پدر گرامی‌شان حوزه علیمه قم را به قصد عزیمت به حوزه علمیه نجف‌اشرف ترک و مدت ۱۵ سال در جوار مرقد حضرت علی(ع) به فراگیری فقه و اصول پرداخت.
در زمان تحصیل در حوزه‌های علمیه قم و نجف‌اشرف و استفاده از محضر بزرگان قم و نجف اشرف، همچون آیات بروجردی، میرزا‌هاشم آملی، خوئی، سبحانی، ستوده، مفتح، علامه طباطبایی و حکیم، توفیق تشرف به مدت ۲۳ سال در درس حضرت امام خمینی(قد) را داشت. از دیگر اساتید او می‌توان به بزرگانی چون مرحوم حاج سید محمود ضیابری، حاج شیخ محمدعلی امنیان، آقا میرزا جعفر سبحانی تبریزی، میرزا محمد تقی ستوده اراکی، حاج سید عبدالکریم اردبیلی، شهید مفتح همدانی، علامه طباطبایی، آیت‌الله بروجردی، آیت‌الله میرزا‌هاشم آملی، آیت‌الله خوئی و آیت‌الله حکیم را نام برد. آیت‌الله رودباری بعد از انقلاب هیچ مسئولیت دولتی و سیاسی را نپذیرفت و به ترویج معارف اهل‌بیت(ع) و تربیت طلاب همت گماشت.
این عالم مبرز خطه گیلان و از پیشگامان نهضت اسلامی و از شاگردان و یاران صدیق حضرت امام خمینی(قد) و یاور رهبر معظم، پس از عمری گسترش و نشر معارف دینی و اسلامی، و همراهی با نظام مقدس جمهوری اسلامی، ۲‌فروردین در سن ۸۹ سالگی دارفانی را وداع گفت. در پی رحلت این عالم دینی، سوم فروردین در گیلان عزای عمومی اعلام شد.
پیکر این عالم زاهد، ۴ فروردین از میدان شهدای ذهاب رشت تا مسجد صفی این شهر تشییع و پس از اقامه نماز توسط حجت‌الاسلام والمسلمین فلاحتی نماینده ولی فقیه در استان گیلان، در جوار مزار پدرش به خاک سپرده شد.
امام خامنه‌ای، آیات عظام سبحانی، نوری همدانی، سیستانی، آیات حسینی بوشهری رئیس شورای‌عالی جامعه مدرسین حوزه علمیه قم، اعرافی مدیر حوزه‌های علمیه، سران قوا و... در پیام‌های جداگانه‌ای درگذشت این عالم پرهیزگار را تسلیت گفتند.

 

  امام خامنه‌ای
بسم‌الله ‌الرحمن ‌الرحیم
درگذشت عالم پرهیزگار جناب حجةالاسلام والمسلمین آقای حاج سید مجتبی رودباری(ره) را که از علمای برجسته‌ گیلان بودند به همه‌ مردم مؤمن آن استان به‌ویژه ارادتمندان و شاگردان و بازماندگان و بالاخص به خاندان مکرم ایشان تسلیت عرض می‌کنم و رحمت و مغفرت الهی را برای آن مرحوم مسألت می‌نمایم.

 

  آیت‌الله‌العظمی سیستانی
جناب مستطاب حجت‌الاسلام آقای سیدصالح رودباری دامت تأییداته
السلام علیکم ورحمة‌الله و برکاته
خبر ارتحال والد مکرم عالم متقی آیت‌الله آقای سیدمجتبی رودباری(ره) موجب تأسف و تأثر فراوان گردید.
اینجانب ضایعه فقدان آن بزرگوار را به جنابعالی و دیگر بستگان و علاقه‌مندان ایشان به‌ویژه مردم شریف رشت تسلیت عرض نموده و از خداوند متعال برای آن مرحوم علو درجات و برای عموم بازماندگانشان صبر جمیل و أجر جزیل مسألت دارم.

 

  آیت‌الله‌العظمی نوری همدانی
ارتحال عالم ربانی مرحوم آیت‌الله آقای حاج سید مجتبی رودباری(ره) موجب تأثر و تأسف گردید. این روحانی خدوم با علم و عمل و تبلیغ و ترویج فرهنگ اهل‌بیت(ع) توانست اثرگذاری خاصی در استان گیلان داشته باشد.
اینجانب درگذشت آن مرحوم را به حوزه علمیه، وابستگان محترم و اهالی استان گیلان تسلیت عرض نموده و علو مقام و حشر با صالحان و ابرار را برای آن فقید سعید مسئلت می‌نمایم.

 

  آیت‌الله‌العظمی سبحانی
درگذشت عالم ربانی جناب حجت‌الاسلام و‌المسلمین آقای سید مجتبی رودباری را با کمال تأسف و تأثر دریافت نمودم. فقید سعید از دانش‌آموختگان حوزه علمیه قم و نجف بود و در تدریس و تبلیغ بسیار کوشا بود.
اینجانب این ضایعه را به حوزه‌های علمیه بالاخص حوزه علمیه گیلان که با فقدان چنین عالم ربانی روبرو شده است تسلیت می‌گویم و برای بازماندگان صبر جمیل خواهانم و برای فقیه از دست رفته طلب مغفرت و رحمت خواهانم.

 

  آیت‌الله حسینی بوشهری رئیس شورای‌عالی جامعه مدرسین حوزه علمیه قم
رحلت عالم مجاهد آیت‌الله آقای حاج سید مجتبی رودباری از علمای خدوم و برجسته استان گیلان موجب تألم و تأثر گردید. آن روحانی جلیل‌القدر در تربیت طلاب فاضل و مدیریت مدارس علمیه و همچنین خدمات اجتماعی و انقلابی منشأ اثرات ماندگاری بود.
اینجانب ضایعه فقدان آن شخصیت ارزشمند را به خاندان مصاب و بازماندگان و مردم شریف استان گیلان تسلیت می‌گویم و از خداوند متعال رحمت و مغفرت واسعه الهی برای آن مرحوم و صبر جمیل و اجر جزیل برای بازماندگان مسئلت می‌نمایم.

 

 آیت‌الله اعرافی مدیر حوزه‌های علمیه
آن عالم ربانی که از علمای برجسته استان گیلان بودند و سال‌های متمادی در حوزه‌های نجف و قم از محضر عالمان بنام این دو حوزه بزرگ به کمالات علمی و معرفتی دست یافتند، به موطن خویش مراجعت و به تدریس و تبلیغ مکتب و معارف نورانی اهل‌بیت‌(ع) پرداختند و منشأ خدمات و برکات بسیاری در حوزه علمیه گیلان بودند، ضمن عرض تسلیت به مردم شریف و نجیب گیلان، بیت شریفشان و حوزه‌های علمیه، علما و روحانیت مکرم استان و همچنین شاگردان و ارادتمندان ایشان، برای آن فقید سعید علو درجات و برای بازماندگان و بستگان‌شان صبر جمیل و اجر جزیل از درگاه خداوند متعال مسئلت می‌نمایم.

 

  حجت‌الاسلام والمسلمین رئیسی رئیس‌جمهور
این عالم وارسته و انقلابی که از مبارزان نهضت اسلامی و از یاران امام خمینی(قد) و مقام معظم رهبری بود، همه عمر شریف خود را صرف خدمت به اسلام و انقلاب و ترویج معارف اسلامی، مکتب تشیع و تربیت طلاب و شاگردان فراوان نمود.
این اسوه اخلاق و تقوا در عرصه فرهنگی و اجتماعی نیز با مردم‌داری در رسیدگی به مسائل مردم و انجام امور خیریه، همواره پیشگام بود و منشأ خدمات ماندگار شد.

 

  دکتر قالیباف رئیس مجلس شورای اسلامی
این عالم برجسته از پیشگامان نهضت اسلامی و از شاگردان و یاران صدیق حضرت امام خمینی(قد) در سال‌های تبعید در نجف و دوران انقلاب و یاور رهبری در استان گیلان بودند که در سراسر عمر پربرکت خویش علاوه بر گسترش و نشر معارف دینی و اسلامی، ترویج شعائر اهل‌بیت(ع) و توجه به مسایل فرهنگی نسل جوان و نوجوان، در رسیدگی به مسائل مردم و مشارکت در امورخیریه و عام‌المنفعه تلاش چشمگیر داشتند.