به گزارش پایگاه اطلاع‌رسانی شورای‌عالی حوزه‌های علمیه، نظر به جایگاه تاریخی ممتاز حوزه علمیه اصفهان و ظرفیت‌های متعدد آموزشی، پژوهشی، تبلیغی و تهذیبی آن، شورای‌عالی حوزه‌های علمیه در سنوات گذشته، طی مصوبات 660 و 862، مجوز صدور مدرک سطح 1، 2 و 3 حوزه‌های علمیه را به آن حوزه مبارکه اعطا کرده بود. با عنایت به درخواست مدیریت حوزه علمیه اصفهان و گزارش‌ها و ارزیابی‌های صورت‌گرفته از سطح علمی مدارس آن، شورای‌عالی حوزه‌های علمیه، طی مصوبه 1831 مورخه یکم دی‌ماه سال جاری، مجوز صدور مدارک تحصیلی سطح چهار را نیز اعطا نمود.
ارائه مدرک سطح 4 حوزه‌های علمیه - که بالاترین مدرک حوزوی در نظام سطوح و اعطای مدارک می‌باشد-مستلزم تعیین اعضای هیئت احراز صلاحیت علمی اساتید دروس خارج فقه و اصول، تشکیل گروه‌های علمی برای تصویب موضوعات رساله‌ها و تعیین اساتید راهنما، مشاور و داور می‌باشد. شورای‌عالی حوزه‌های علمیه، با تعیین اعضای هیئت احراز صلاحیت علمی اساتید دروس خارج، سایر امور را به مدیریت حوزه علمیه اصفهان واگذار کرد.
براساس ماده واحده «اعطای مجوز صدور مدارک حوزوی واگذاری آن به مدیریت‌های استانی و و مراکز حوزوی به شورای‌عالی» موضوع مصوبه جلسه 885 مورخه پنجم مردادماه سال 1402 شورای‌عالی انقلاب فرهنگی که مقرر می‌دارد: «شواری‌عالی حوزه‌های علمیه، به‌عنوان مرجع تعیین ضوابط و شرایط صدور مدارک حوزوی و واگذاری آن (صدور مدارک حوزوی) به مدیریت‌های استانی و مراکز و مؤسسات و نهادهای حوزوی پس از احراز شرایط و ضوابط مقرر، محسوب می‌گردد و تمامی مدارک علمی صادره توسط مدیریت حوزه‌های علمیه استانی و مراکز و مؤسسات حوزوی که با مجوز شورای‌عالی حوزه‌های علمیه و پس از احراز شرایط لازم صورت گرفته است، دارای اعتبار قانونی بوه و دارندگان مدارک مذکور، از مزایای قانونی آن برخوردار خواهند شد». مدارک صادره توسط مدیریت حوزه علمیه اصفهان دارای اعتبار قانونی بوده و از جمیع مزایای مدارک ‌صادره توسط مرکز مدیریت حوزه‌های علمیه برخوردار می‌باشد.