مبارزه علنی با بهائیت 

شیخ محمدتقی فلسفی(ره) واعظ درباره نقش آیت‌الله بروجردی(ره) در مبارزه با فرقه ضاله بهائیت می‌‌گوید:
 «در مسئله بهایی‌‌‌ها، آیت‌الله بروجردی(ره) در یک فشار شدید افکار عمومی واقع شده بود. مرتباً از ولایات نامه می‌‌آمد که مثلاً فرماندار اینجا بهایی است و... این‌گونه شکایات آیت‌الله بروجردی(ره) را بر آن داشت که جداً وارد عمل شود. من از همان اوقات می‌‌دانستم که دکتر ایادی بهایی، طبیب مخصوص شاه است؛ لذا در یکی از سخنرانی‌های ماه رمضان سال ۱۳۳۴ شمسی در مسجد شاه که از رادیو هم پخش می‌‌شد، صریحاً گفتم: اعلی‌حضرت! مملکت ما این همه طبیب مسلمان دارد، مردم ما ناراحت هستند از اینکه دکتر ایادی بهایی طبیب مخصوص شماست! او را عوض کنید؛ ولی شاه او را تغییر نداد؛ حتی یک نفر به من گفت: شاه ناراحت شده و گفته است: اینها به طبیب من چه کار دارند؟! با خواندن کتاب ظهور و سقوط سلطنت پهلوی بسیار از مشکلات برای من حل شد.
 بهایی‌‌‌ها به دستور رهبر خود فعالیت‌‌‌های خود را در شهرها و قصبات گسترش داده بودند. شکایات مردم ولایات را به من پیغام می‌دادند که موضوع را به مقامات دولتی بگویم. آنها هم می‌گفتند: اقدام می‌شود؛ ولی پیدا بود که قدرت ندارند و نمی‌توانند. به هر‌‌‌ حال فعالیت گسترده بهایی‌‌‌ها در سراسر کشور و بی‌توجهی دولت‌‌‌های وقت و شاه نسبت به مسئله بهایی‌‌‌ها، آیت‌الله بروجردی را بسیار ناراحت ساخته بود؛ به‌طوری‌که ایشان بعد از ماه رمضان سال ۱۳۳۳ شمسی، نامه‌ای مرقوم فرمودند که شاه را ملاقات کنم و اعتراض و گله‌مندی معظم‌له از وضعیت بهایی‌‌‌ها را به اطلاع برسانم.

  مبارزه با بهایی‌‌‌ها در رادیو
 در سال ۱۳۳۴ شمسی قبل از شروع ماه مبارک رمضان، به آیت‌الله بروجردی(ره) عرض کردم که آیا شما موافق هستید، مسئله بهایی‌‌‌ها را در سخنرانی‌‌‌های مسجد شاه که به‌طور مستقیم از رادیو پخش می‌‌شود، تعقیب کنم؟ ایشان قدری فکر کردند و بعد فرمودند: اگر بگویید خوب است. حالا که مقامات گوش نمی‌‌کنند. اقلاً بهایی‌‌‌ها در برابر افکار عمومی کوبیده شوند. ایشان گفتند:
لازم است قبلاً این را به شاه بگویید که بعداً مستمسک به دست او نیاید که کارشکنی بکند و پخش سخنرانی از رادیو قطع گردد؛ زیرا این مطلب برای مسلمانان خیلی گران خواهد بود و باعث تجری هرچه بیشتر بهایی‌‌‌ها می‌‌شود. بر این اساس سه روز قبل از ماه رمضان به دفتر شاه تلفن کردم و وقت ملاقات خواستم. در ملاقات با او گفتم: آیت‌الله بروجردی نظر موافق دارند، مسئله نفوذ بهایی‌‌‌ها که موجب نگرانی مسلمانان شده است، در سخنرانی‌‌‌های ماه رمضان که از رادیو پخش می‌‌شود، مورد بحث قرار گیرد. آیا اعلی‌حضرت هم موافق هستند؟ او لحظه‌ای سکوت کرد و بعد گفت: بروید بگویید. من به منزل آمدم و به جمعی از وعاظ که در آنجا جمع بودند، گفتم: شما هم در منابر بگویید و آنها هم گفتند. سخنرانی علیه بهایی‌‌‌ها در مسجد شاه و پخش آن از رادیو، موج عجیبی در مملکت ایجاد می‌کرد و مردمی که از دست آن فرقه ضاله ستم دیده بودند، به هیجان می‌‌آمدند. همه جا صحبت از ضرورت سر کوبی‌‌‌ها بهایی‌‌‌های وابسته به صهیونیسم و آمریکا بود. هیجان عمومی و نگرانی از حرکت مردم، شاه را بر آن داشت که دستور بسته‌شدن حظیرة‌‌القدس را صادر کند و به دنبال آن، نیروهای فرمانداری نظامی آنجا را اشغال کردند. او در ابتدا این کار را اقدامی مذهبی جلوه داد و خود را مصمم به برخورد با بهایی‌‌‌ها وانمود کرد. به‌همین دلیل جامعه روحانیت از وی تشکر نمود و آن اقدام را مورد حمایت قرار داد. در همان روزها آیت‌الله بروجردی(قد) نامه بالنسبه مفصلی برای اینجانب مرقوم فرمودند که در روزنامه‌‌‌ها چاپ شد. ایشان ضمن ابراز مسرت از سخنرانی‌ها، اهمیت ادامه مبارزه و مقابله جدی با بهایی‌‌‌ها را مجدداً مورد تأکید قرار دادند. سخنرانی من به‌همان روال ادامه یافت. نتیجه مقاومت من در ادامه سخنرانی تا پایان ماه رمضان سال ۱۳۳۴ شمسی راجع به بهایی‌‌‌ها این شد که شاه از من خشمگین شود؛ لذا نه‌تنها از آن زمان به بعد، ملاقاتم با شاه جهت ابلاغ پیام‌‌‌های آیت‌الله بروجردی برای همیشه قطع گردید؛ بلکه امام جمعه تهران نیز جرأت نکرد، طبق روال سابق در ماه رمضان و دهه اول محرم از من برای سخنرانی در مسجد شاه دعوت کند....»

  تبدیل حظیرة‌‌القدس به کتابخانه
آیت‌الله سلطانی طباطبایی در این‌باره می‌گوید:
 هرگاه با شاه ملاقات کردم تأکید داشتم که جلوی این فرقه ضاله مضله (بهائی‌ها) را بگیرند و او هم وعده می‌‌داد؛ ولی عمل نمی‌‌کرد تا در یکی از ملاقات‌‌‌ها به او فشار آوردم گفت: این کار از من ساخته نیست. باید شما کمک کنید! گفتم: چه قدرتی دارم، قدرت در دست شماست. گفت: شما مردم را وادارید که شکایت کنند و به من منعکس شود تا من مستندی برای جلوگیری داشته باشم. من دیدم نظر بدی نیست؛ از این رو از آن به بعد، مردم شهرستان‌‌‌ها را وادار به نوشتن نامه‌ای علیه این جریان کردیم. ماه رمضان که فرا رسید، به آقای فلسفی(ره) گفتیم: علیه بهائیان سخنرانی کنند. نتیجه این کوشش‌ها این شد که شاه باتمانقلیچ را وادار کرد که ساختمان حظیرة‌‌القدس مرکز بهائیان را خراب کنند. پس از دو سه روزی خبر دادند، این مرکز را خراب نمی‌‌کنیم؛ بلکه تبدیل به کتابخانه می‌‌کنیم. آخر یکی از شب‌‌‌ها آمدند و گفتند: از دربار کسی ملاقات می‌‌خواهد. اجازه دادم آمد و گفت: از سفارت آمریکا از شاه خواسته‌اند که با اقلیت‌‌‌های مذهبی کاری نداشته باشید؛ زیرا ما خود را موظف می‌‌دانیم که امنیت اقلیت‌‌‌ها را حفظ کنیم و ادامه این موضوع با حیثیت ما منافات دارد.
من هم با کمال تأسف گفتم: قضیه را خاتمه دهید که باعث ذلت مسلمانان نگردد؛ لذا قرار شد، مرکز بهائیان را تبدیل به کتابخانه بکنند و به‌حسب ظاهر قضیه خاتمه یافت.