مبارزه با خرافات
آیت‌الله محمدابراهیم اعرافی، مردم را از بدعت‌‌‌های ناروا و ناپسند برحذر می‌‌‌داشت و از کارهایی همچون آتش کردن اسپند در اول ماه اسفند و چهارشنبه سوری و... منع می‌کرد.
 در کنار شهیدیه، زیارتگاهی معروف به خواجه‌خضر بود. مردم اعتقاد داشتند که خضر(ع) در آنجا ظاهر شده و کراماتی بروز داده است. از آنجا که وی عالمی دقیق بود، با تحقیق در این زمینه دریافت که این داستان ساختگی است و سندی ندارد و حتی جای پایی که روی سنگی قرار داشت و مردم آن را قدمگاه امام رضا(ع) می‌‌‌دانستند، کار سنگ‌تراشی است که چنین کاری کرده و بالای آن نوشته: قدمگاه امام رضا(ع)!
یکی از روحانیان می‌گوید: ایشان مرا همراه با خود به آن محل برد و پیرزنی را که خدمت‌کار آنجا بود، به‌بهانه‌ای دنبال کار فرستاد و آن سنگ را از جا کندیم و بیرون آوردیم.

   آمر به معروف و ناهی از منکر 
آن عالم پارسا نسبت به امر به معروف و نهی از منکر بی‌‌پروا بود و تلاش می‌کرد تا منکری نهادینه نشود و جا نیفتد؛ از این‌رو اگر کسی خدای ناکرده می‌خواست منکری انجام بدهد و یا کوچک‌‌ترین منکری داشت، با بی‌‌پروایی نهی می‌‌‌کرد و مواظب بود که مبادا یک‌وقت مسائل خلاف شرعی در محل پیدا شود.
 یکی از فضلای آن‌سامان می‌‌‌گوید: یکی از ویژگی‌های ایشان در امر به معروف و نهی از منکر، این بود که نسبت به منکرات و بدعت‌‌‌هایی که اتفاق می‌‌‌افتاد، عصبانی می‌‌‌شد. این عصبانیت صوری نبود و اگر می‌‌‌فهمید، دارد گناهی صورت می‌گیرد، با تمام وجود ناراحت می‌شد و تلاش می‌کرد، هر طوری که شده، با این گناه مبارزه کند و از میان بردارد.
روش مبارزه‌شان، استفاده از خود مردم متدین بود و مسجد را پایگاه قرار می‌داد تا منکرات را بردارد. به‌خاطر اقتدار و محبوبیتی که میان مردم داشت، توانست این دو فریضه بزرگ الهی را در جامعه پیاده کند. به‌محض اینکه منکری را می‌دید، بدون ملاحظه با ظرافت‌‌‌های خاص و حتی گاهی به‌شوخی و گاهی به‌جدی و تند برخورد می‌کرد و این رفتارشان تأثیرگذار هم بود.
 مصادیق امر به معروف و نهی از منکر
 آیت‌الله عراقی(ره) عنایت شدیدی به اجرای احکام شرع داشت و کوچک‌‌ترین بی‌‌توجهی به دستور‌‌‌ات الهی و اهانت به دین و مقدسات دینی را برنمی‌تافت و در مقابل آن ایستادگی می‌‌‌کرد. در هر موردی به‌مقتضای خود با شیوه مناسب برخورد کرده و امر به معروف و نهی از منکر می‌‌‌کرد؛ حتی قبل از انقلاب تا حدی که امکان داشت، حدود و تعزیرات الهی را اجرا می‌کرد که به برخی از مصادیق آنها اشاره می‌‌‌شود:
الف: تعزیر اسلامی همین است
شخصی می‌‌‌گوید: کسی در محل کار نامشروعی انجام می‌‌‌داد. بعد از چندبار تذکر و بی‌اعتنایی آن شخص، روزی یک سیلی به او زدم و او شکایت مرا به آیت‌الله اعرافی برد. ایشان گفته بود: کار خوبی کرده است؛ تعزیر اسلامی همین است؛ البته خود آن شخص هم بعدها گفته بود: فلانی خوب کرد به من سیلی زد؛ چون آن سیلی باعث شد که من دست از آن کار بردارم.
ب: با این پول برای خانم‌‌‌ها روسری بخرید
اوایل انقلاب که هنوز آثار طاغوت در مراکز دولتی وجود داشت، ایشان روزی برای عیادت شخصی به بیمارستان افشار یزد رفت. رئیس بیمارستان و پرسنل آنجا همین که ایشان را شناختند، آمدند و مؤدبانه کنار ایشان ایستادند. برخی از پرستاران آنجا روسری نداشته و بی‌‌حجاب بودند. ایشان همان‌طور که روی صندلی نشسته بود، دست به جیب برد و اسکناسی بیرون آورد و به رئیس بیمارستان داد و گفت: این را به‌عنون بیعانه بگیرید و برای این خانم‌‌‌ها روسری بخرید. این اقدام حکیمانه و زیبا به‌قدری مؤثر واقع شد که یکی دو روز بعد تمام پرسنل بیمارستان روسری به‌سر کردند.
ج : در روستای مزرعه کلانتر
رفتار آیت‌الله اعرافی(ره) با زرتشتیان منطقه، رفتاری مسالمت‌آمیز بود؛ اما اگر احساس می‌‌‌کرد که قصد سوئی دارند و پای ایمان مسلمانان در کار است، با آنان برخورد می‌‌‌کرد. مزرعه کلانتر، روستایی است که در آن زرتشتی و مسلمان با هم زندگی می‌‌‌کردند. کدخدای آنجا زرتشتی بود. کسی خبر آورد که کدخدا شناسنامه چند مسلمان را زرتشتی کرده و نام آنان را به‌نام‌‌‌هایی که در میان زرتشتیان رواج دارد، تغییر داده و زمینه‌ای را فراهم کرده که نزدیک است، برخی مسلمانان که عوام و ساده‌لوح‌اند، به آیین زرتشتی گرایش پیدا کنند. ایشان وقتی از جریان مطلع شد، اعلام کرد که مردم جمع شوند و به طرف مزرعه کلانتر حرکت کردند. او در آنجا از کسی پرسید: اسمت چیست؟ گفت: اسم من احمد بوده؛ ولی الآن رستم است. ایشان خیلی ناراحت شد و دستور داد، چند نفر زرتشتی مسئول این جریانات اخیر را مؤاخذه کردند و آن مشکل برطرف شد. بعد هم مسجدی را در آنجا بنا کردند.