واحد مراکز پژوهشی1. تأسیس سامانه پژوهشگران حوزوی:
برای اولین‌بار در صفحه پرونده علمی هر طلبه در کنار ثبت سوابق آموزشی، سوابق پژوهشی نیز ثبت می‌گردد. برای این منظور مرحله نخست «سامانه پژوهشگران» در بستر سامانه نجاح، در پیشخوان حوزه، راه‌اندازی شده است. این سامانه امکان ثبت سوابق علمی و پژوهشی در قالب‌ کتاب، مقاله، طرح پژوهشی، گردهمایی علمی و پایان‌نامه را دارد. در بخش‌های دیگر این سامانه که مربوط به آثار و فعالیت‌های علمی پژوهشگران و پژوهش‌آموزان است، تکمیل خواهد شد. همچنین، این سامانه قابلیت رتبه‌بندی پژوهشگران را دارد.
2. حمایت و پشتیبانی از پژوهشگران:
▪ بهره‌مندی پژوهشگران از طرح هدفمندی خدمات؛
▪ بهره‌مندی پژوهشگران از طرح هدفمندی شهریه؛
▪ بهره‌مندی پژوهشگران از طرح تکریم اساتید؛
▪ تجلیل از پژوهشگران برتر در جشنواره برترین‌های استان قم؛
▪ احراز پژوهشگری برای متقاضیان استفاده از تبصره 4 و 5 ماده 9 قانون مدارک علمی؛
▪ تعیین و اعلام امتیاز پژوهشی برای متقاضیان اسکان در شهرک مهدیه؛
▪ معرفی پژوهشگران به مراکز و نهادها برای استفاده از مزایا و حمایت‌های آنها؛
▪ بهره‌مندی پژوهشگران از تسهیلات خدمت سربازی.
3. اصلاح آیین‌نامه‌های «صندوق حمایت از فناوران و پژوهشگران کشور» بر اساس بوم حوزه و به‌منظور بهره‌مندی پژوهشگران حوزی از حمایت‌های این صندوق. در حال حاضر حوزویان می‌توانند با ورود به سامانه این صندوق، آثار علمی خود، مانند مقاله، کتاب، طرح پژوهشی و پایان‌نامه را در بخش گروه معارف اسلامی بارگذاری کنند. در صورت تصویب و تأیید این آثار، حمایت‌های بلاعوض صندوق شامل این دسته از حوزویان خواهد شد.
4. انعقاد تفاهم‌نامه با پایگاه استنادی جهان اسلام (ISC) برای نمایه‌زنی نشریات حوزه دین و ثبت همایش‌های حوزوی در این پایگاه.
5. تدوین شیوه‌نامه ثبت همایش‌های حوزوی و اعتباربخشی آنها در پایگاه استنادی جهان اسلام(ISC) تدوین شده است و به تصویب شورای راهبری آن مجموعه رسید. در شیوه‌نامه شرایط و ضوابط برگزاری بر اساس ظرفیت‌ها و فرهنگ حوزه، بومی‌سازی شده است.
6. تأسیس، حمایت و توسعه 20 پژوهش‌سرای استانی، که هدف آن راه‌اندازی اولین مرکز پژوهشی استانی و تقویت پژوهش در استان‌ها است.
7‌ااجرای طرح بهره‌مندی واحدهای پژوهشی از معافیت‌های مالیاتی و خدمات تأمین اجتماعی.
8. انتشار 54 شماره از «نمایه نشریات تخصصی دینی»، شامل 411 نشریه علمی حوزوی و دانشگاهی که 207 نشریه آن حوزوی است. نشریات حوزوی شامل: 91 نشریه علمی- ‌پژوهشی، 36 نشریه علمی‌- ترویجی و 80 نشریه علمی- ‌تخصصی است؛ این نمایه، در سایت معاونت پژوهش قابل دسترسی است و همچنین برای سایر مراکز مدیریت حوزوی ارسال می‌شود.
9. کتابخانه‌ها:
الف) شناسایی، جمع‌آوری و به‌روزرسانی اطلاعات 527 کتابخانه واحدهای آموزشی کشور (طرح وضعیت‌سنجی کتابخانه‌ها)؛
ب‌) رایزنی با سازمان‌های دولتی و عمومی و خیران به منظور جذب کمک نقدی برای تأمین کتاب و سایر تجهیزات کتابخانه‌ای و ارسال آنها به کتابخانه‌های مراکزی حوزوی در استان‌های مختلف؛
ج‌) دو کتابخانه مرکزی آیت‌الله حائری(ره) و آیت‌الله بروجردی(ره) با ده‌ها هزار کتاب فیزیکی و الکترونیک و نسخه‌های خطی ارزشمند به صورت مستقیم از طرف معاونت پژوهش حمایت و پشتیبانی می‌شوند.
10. انتشار متون ویژه پژوهشگران شامل کتاب «روش‌های دین‌پژوهی»؛ کتاب «تدوین پایان‌نامه، شیوه‌ها و مهارت‌ها (چاپ سوم)»؛ کتاب اصول و فنون پژوهش در گستره دین‌پژوهی (چاپ چهارم).
11. موارد دیگر:
▪ برگزاری 9 دوره هم‌اندیشی مدیران و معاونان پژوهش مراکز حوزوی؛
▪ برپایی 6 دوره نمایشگاه سالانه دستاوردهای علمی مراکز پژوهشی؛
▪ تشکیل 27 جلسه شورای هماهنگی واحدهای پژوهشی؛
▪ تدوین کتاب آسیب‌شناسی پایان‌نامه‌های حوزوی با ارائه راهکارهای ارتقا کیفی؛
▪ برگزاری 20 نشست علمی با عنوان«هم‌اندیشی اولویت‌های پژوهشی» باهمکاری دبیرخانه حمایت از طرح‌های پژوهشی؛
▪ طبقه‌بندی 8187 پایان‌نامه سطح سه و چهار حوزوی در گروه‌های دانشی مصوب و ارجاع آنها به کمیته‌های ارزیابی برای تبدیل پایان‌نامه تایید شده به کتاب؛
▪ تدوین ماده واحده تبدیل پایان‌نامه‌های حوزویان به کتاب که هم‌اکنون از سوی دبیرخانه حمایت در حال انجام می‌باشد؛
▪ برگزاری 8 دوره «هم‌اندیشی مدیران و سردبیران نشریات علمی حوزه».