مسئول دبیرخانه شورای عالی حوزه‌های علمیه با اشاره به پیام ارزشمند رهبر معظم انقلاب به کنگره بزرگداشت علامه میرزای نائینی گفت: برگزاری این کنگره عظیم، گامی برای احیای میراث فقهی، اصولی و اندیشه سیاسی علامه نائینی و نیز تأکید بر تحکیم پیوند علمی حوزه‌های علمیه قم و نجف است.
حجت‌الاسلام والمسلمین احمد فرخ‌فال در مراسم افتتاحیه کنگره بین‌المللی میرزای نائینی در قم، ضمن قدردانی از تلاش برگزارکنندگان این رویداد علمی و دینی، بر نقش مراجع عظام تقلید، حوزه‌های علمیه ایران و عراق و حمایت‌های مقام معظم رهبری در شکل‌گیری این کنگره تأکید کرد.
دبیرکل کنگره بین‌المللی میرزای نائینی با اشاره به پیام ارزشمند مقام معظم رهبری به این همایش ابراز کرد: بسیار مفتخریم که محفل نورانی ما با پیام نورانی و پربرکت حضرت آیت‌الله‌العظمی امام خامنه‌ای متبرک شده است و لذا خوشحالیم که عوامل سیاست‌گذاری، مدیریتی و اجرایی کنگره توانستند، با عزم جدی این برنامه عظیم را سامان بخشیده و محضر مراجع عظام تقلید در ایران و عراق را درک کنند. همان‌گونه که مشاهده فرمودید، هم از افاضات مراجع معظم تقلید ایران بهره‌مند شدیم و هم در نجف اشرف شرف حضور یافتیم.
وی با ابراز احترام عمیق به ساحت مرجعیت شیعه افزود: در همین‌جا عرض می‌کنم که دست همه مراجع عظام تقلید در ایران و عراق را می‌بوسم. تمامی عوامل این کنگره، از ارشاد و تأییدات ایشان بهره‌مند بوده‌اند.
حجت‌الاسلام والمسلمین فرخ‌فال، با اشاره به بیانات رهبر معظم انقلاب گفت: رهبر معظم انقلاب فرمودند: جای چنین کنگره‌ای برای بزرگداشت میرزای نائینی(ره) خالی بود و کار بسیار خوبی انجام شده است. معظم‌له همچنین تأکید کردند که تصمیم برگزاری اختتامیه در جوار بارگاه ملکوتی امام رضا(ع) تصمیمی نیکو و شایسته است.
وی افزود: به‌لطف الهی، با هماهنگی و ارتباط صمیمانه میان حوزه‌های علمیه ایران و عراق، این کنگره در عراق نیز برگزار می‌شود و آیین افتتاحیه آن ششم آذرماه در نجف اشرف و آیین اختتامیه نیز هشتم آذرماه در جوار بارگاه مطهر حضرت سیدالشهدا(ع) برگزار خواهد شد.
دبیرکل کنگره بین‌المللی میرزای نائینی(ره) همچنین ضمن قدردانی از همراهی حوزه علمیه نجف اشرف گفت: از همکاری صمیمانه و جدی بزرگان حوزه نجف تشکر می‌کنم. با یاری آنان توانستیم، موسوعه‌ای در ۴۱ جلد از آثار فقهی، اصولی، تقریرات، دست‌نوشته‌ها و تعلیقات علامه بزرگوار، حضرت آیت‌الله نائینی را به چاپ برسانیم. همچنین از بیت مکرم آن مرحوم، به‌ویژه آیت‌الله شیخ جعفر نائینی و خاندان ایشان که در تأیید نهایی و گردآوری این مجموعه اهتمام فراوانی داشتند، سپاسگزارم.
وی با اشاره به نقش آیت‌الله استادی در مدیریت علمی کنگره اظهار کرد:  کنگره با ریاست شورای علمی و دبیری شورای عالی توسط حضرت آیت‌الله استادی آغاز به کار کرد و ما قدردان هدایت‌های علمی و معنوی ایشان در این مسیر بوده و هستیم.
مسئول دبیرخانه شورای‌عالی حوزه‌های علمیه ادامه داد: در کمیته‌های تخصصی فقه، اصول، اندیشه‌های سیاسی، سیره و مبانی کلامی علامه نائینی، پژوهش‌های عمیق و مقالات علمی بسیار ارزشمندی تدوین شد که نتایج آن، در شش جلد منتشر شده است. این مجموعه علمی شامل ۲۴۷ جلد است که نسخه نرم‌افزاری آن نیز در اختیار پژوهشگران قرار خواهد گرفت.
حجت‌الاسلام والمسلمین فرخ‌فال در پایان سخنان خود در مراسم افتتاحیه همایش، ضمن قدردانی از آیت‌الله اعرافی مدیر حوزه‌های علمیه، اعضای محترم شورای‌عالی و جامعه مدرسین حوزه علمیه قم، اساتید، نخبگان و میهمانان داخلی و خارجی همایش، ابراز امیدواری کرد: به‌برکت عنایات حضرت ولی‌عصر(عج) و با دعای خیر مراجع و علمای بزرگ، افتتاحیه و اختتامیه این کنگره بین‌المللی در نجف و کربلا مورد توجه خاص حضرت ولی‌عصر(عج) قرار گیرد.
انتقال پیام عزت، استقلال و مقاومت به امت اسلامی
وی همچنین در نشست خبری این کنگره که 28 مهر در خبرگزاری حوزه برگزار شد، عنوان کرد: از اهداف مهم این کنگره، بزرگداشت مرحوم میرزای نائینی در صدمین سال مهاجرت یا به تعبیری تبعید ایشان از عراق به ایران است. این مناسبت، انگیزه‌ای ارزشمند برای حوزویان به شمار می‌رود تا جریان عظیم تاریخی یک قرن پیش را مرور کرده و آن را به عنوان نقشه راهی برای مقابله با بحران‌ها و زیاده‌خواهی استکبار جهانی در دوران معاصر معرفی کنند.
حجت‌الاسلام والمسلمین فرخ فال تصریح کرد: گرامیداشت چنین فقهایی در حقیقت پاسداشت سنت نبوی و یادآوری مجاهدت بزرگانی است که پناهگاه مردم در بحران‌های گوناگون تاریخ بودند. همان‌گونه که یادآوری حادثه عاشورا و ایثار اصحاب امام حسین(ع) در طول سال برای تبیین عظمت مقاومت و ایستادگی در برابر ظلم انجام می‌شود، نکوداشت عالمانی همچون مرحوم میرزای نائینی نیز تلاشی در جهت انتقال پیام عزت، استقلال و مقاومت به امت اسلامی است.
میرزای نائینی؛ فقیهی که در برابر استعمار ایستاد
دبیرکل کنگره بین‌المللی مرحوم میرزای نائینی با اشاره به شرایط تاریخی دوران میرزای نائینی، گفت: در سال‌های پس از جنگ جهانی، استعمار انگلستان با استفاده از ایادی خود از جمله ملک فیصل در عراق به دنبال گسترش نفوذ خود بود، اما مرحوم نائینی با نهضتی بزرگ در برابر این جریان ایستاد. هنگامی که انگلیس دریافت حضور چنین فقیه مجاهدی در عراق با اهداف استعماری‌اش در تضاد است، ایشان را به همراه جمعی از علما به ایران تبعید کرد. ورود مرحوم میرزای نائینی به ایران، جریانی نو در حوزه‌های علمیه و عرصه اجتماعی کشور پدید آورد.
مرحوم نائینی از پیشگامان نهضت‌های ضداستعماری
مسئول دبیرخانه شورای عالی حوزه‌های علمیه افزود: مرحوم نائینی از پیشگامان نهضت‌های ضد استعماری از جمله نهضت تنباکو در کنار میرزای شیرازی و همچنین نهضت ثورة‌العشرین در عراق بود. او حتی زمانی که به ایران بازگشت و مشاهده کرد حاکمیت از شروط شرعی فاصله گرفته است، با انزوا و بی‌اعتنایی مواجه شد، اما هرگز در برابر ظلم و استبداد سکوت نکرد و از موضع فقیهانه خود در برابر استعمار عقب‌نشینی ننمود.
روند علمی و پژوهشی کنگره بین‌المللی مرحوم نائینی
حجت‌الاسلام والمسلمین فرخ فال با اشاره به روند علمی و پژوهشی کنگره بین‌المللی علامه میرزای نائینی، گفت: برای برگزاری کنگره‌ای جامع و علمی، شورای علمی به ریاست حضرت آیت‌الله استادی تشکیل شد و دبیرخانه کنگره فعالیت خود را آغاز کرد. بر اساس مصوبه شورای علمی، پنج کمیته تخصصی شامل کمیته علمی فقه و اصول، سیره و زندگینامه، قرآن و حدیث، اندیشه‌های سیاسی و کلام تشکیل شد.
انتشار موسوعه علمی ۴۱ جلدی
وی در ادامه افزود: در فراخوان علمی کنگره، بیش از ۲۰۰ مقاله از ایران و نجف ارسال شد که پس از بررسی دقیق، ۷۰ مقاله برگزیده انتخاب و در 5 جلد منتشر شد. مجموعه آثار علمی مرحوم میرزای نائینی از تقریرات دروس، تألیفات فقهی و اصولی و نوشته‌های تاریخی حدود ۴۰ جلد است که به همراه مدخل (زندگینامه) او در قالب موسوعه‌ای علمی منتشر شده است.
به گفته حجت‌الاسلام والمسلمین فرخ فال، این موسوعه‌ علمی با نظارت دبیر علمی کنگره و شورای علمی به ریاست آیت‌الله استادی تهیه و با اتقان بالا چاپ شده است. نوادگان مرحوم نائینی و مراجع عالی نجف نیز بر صحت و دقت این آثار تأکید داشته‌اند. رونمایی رسمی از این موسوعه در مراسم افتتاحیه کنگره، در روز پنجشنبه اول آبان انجام خواهد شد.
کنگره علامه نائینی(ره)؛ محور وحدت
دبیرکل کنگره بین‌المللی علامه میرزای نائینی(ره) در ادامه با اشاره به شرایط کنونی جهان اسلام،  گفت: امروز در زمانی زندگی می‌کنیم که استکبار جهانی نقاب نرم خود را کنار زده و چهره خشن و آشکارش را به امت اسلامی نشان داده و صهیونیسم بین‌الملل با حمایت مستقیم قدرت‌های استکباری، به‌ویژه در سرزمین‌های مقدس در حال جنایت و جنگ‌افروزی است.
وی اظهار کرد: در چنین شرایطی، وظیفه حوزه‌های علمیه، امت‌های اسلامی و نظام‌های اسلامی، ایجاد وحدت و انسجام است و کنگره بین‌المللی میرزای نائینی می‌تواند محور وحدت میان حوزه‌های علمیه ایران و عراق و سایر کشورهای اسلامی باشد و با نشست‌های علمی، فرهنگی و سیاسی، امت اسلامی را در برابر فشارهای استکبار مجهز سازد.
ابراز خرسندی مراجع عالی عراق از این حرکت بین‌المللی
حجت‌الاسلام والمسلمین فرخ‌فال در ادامه با اشاره به گستره برگزاری کنگره در ایران و عراق اظهار داشت: این کنگره،  ششم و هشتم آذرماه در نجف و کربلا نیز برگزار خواهد شد و شخصیت‌های برجسته حوزوی ایران نیز در این برنامه حضور پیدا خواهند کرد. مراجع عالی عراق از این حرکت بین‌المللی ابراز خرسندی کرده‌اند و در انتشار و تهیه موسوعه آثار مرحوم نائینی نیز حوزه علمیه نجف و عتبات عالیات اهتمام فراوانی داشته‌اند که جای تشکر و قدردانی دارد.