آسیب‌های حوزه علمیه در عصر نهضت امام خمینی(قد)
یکی از مهم‌ترین محورها در بازخوانی دیدگاه‌های آیت‌الله شهید سیدمصطفی خمینی، نگاه ویژه ایشان به آسیب‌های حوزه علمیه در عصر نهضت امام خمینی است.
آیت‌‌الله شهید سیدمصطفی خمینی(ره) با ضمیری بیدار و نگاهی عمیق آفاتی را که گریبان‌گیر حوزه علمیه در آن زمان بود، شناسایی کرده و نسبت به آن واکنشی صریح و متین می‌داد. ایشان از تلاش‌های برخی افراد برای مرجع‌سازی و مطرح‌ساختن خود به‌عنوان مرجع تقلید انتقاد می‌کرد. ایشان در این زمینه می‌نویسد:
«در همین سال که 1388قمری (1347ش) است، قریب به پنجاه رساله عملیه دست مردم است.گاه شده است که به‌خاطر تغییراتی در چاپ (حسب‌المعمول می‌شود) رساله را به آب ریختند و بعداً باز از نو چاپ زدند.» (نهضت امام خمینی، دفتر پنجم، ص206)

   خطر نفوذ و روحانی‌نماها
ایشان در خصوص خطر نفوذ در حوزه‌های علمیه می‌نویسد:
«در سنوات اخیر که اختلافات شدیدی بین روحانیت و حکومت ایران رخ داد تا آن‌جا که حادثه 15خرداد اتفاق افتاد و مردم کشور به‌خاطر دفاع از روحانیت و گرفتاری پدرم قیام کردند و چندین هزار نفر به‌گفته معروف کشته شده و زیر تانک و توپ از بین رفتند، تنها راهی که شاه و اعوانش توانستند پیش بگیرند و جمیع قوای ذخیره‌شده روحانیت را خنثی کنند، وارد کردن افراد سازمانی در لباس روحانی بود و هماهنگ ساختن کسانی که قبلاً روحانی‌نما بودند.» (نهضت امام خمینی، دفتر پنجم، صص208-207)
شهید آیت‌الله سیدمصطفی خمینی، روحانیان راستین را «روحانیِ کامل» می‌دانست و در این زمینه چنین می‌نوشت: «اصولاً مردان روحانی باید با تمام قوا روحانی باشند، روحانی تربیت شوند و از ابتدا در فکر دیگران به سر برند و از اساس، از محبت دنیا که رأس همه خطیئه‌هاست، به‌طور همه‌جانبه و کلی تجنب کنند.» (نهضت امام خمینی، دفتر پنجم، ص264)

   نقد جریان «اسلام منهای روحانیت»
باید گفت که آیت‌الله سیدمصطفی خمینی(ره) علی‌رغم آسیب‌شناسی عمیق نسبت به حوزه و روحانیت، با جریاناتی  همچون جریان دکتر علی شریعتی که شعار «اسلام منهای روحانیت» سرمی‌دادند، زاویه و فاصله‌ای آشکار داشت. ایشان «پیش از هر عالم دینی و پیشوای روحانی به انحراف دکتر علی شریعتی پی برد و اندیشه‌های او را برای اسلام راستین و جامعه اسلامی زیان‌بار می‌دید و برنامه‌های او را جریانی هدایت‌شده از سوی رژیم شاه و دستگاه مخوف جاسوسی- امنیتی آن رژیم در راه اختلاف‌افکنی میان ملت ایران- به‌ویژه حوزه و دانشگاه- می‌دانست. او بر این باور بود که شریعتی دانسته یا نادانسته بر آن است که آن پیوندی را که به دنبال آغاز نهضت امام میان دانشگاهی‌ها و حوزوی‌ها پدید آمده است، از هم بگسلد و بار دیگر روحانیان و دانشگاهیان را رویاروی یکدیگر قرار دهد؛ از این‌رو هرگز او را باور نداشت.» (نهضت امام خمینی، دفتر پنجم، صص234-233)

   نقش محوری ولی‌فقیه در مبارزات سیاسی
شهید آیت‌الله سیدمصطفی خمینی «مانند امام بر این باور بود که در میان پیروان مکتب تشیع، تنها کسانی می‌توانند مردم را با خود همراه سازند و از پشتیبانی عموم مردم برخوردار باشند که در مقام مرجعیت قرار داشته باشند یا زیر نظر مستقیم مرجع و ولی‌فقیه حرکت و نهضت کنند. او در آزمون تاریخ دریافته بود، در هرگونه حرکت سیاسی و مبارزه با طاغوتیان و زورمداران، بدون برخورداری از رهبری یا حمایت مرجع تقلید و ولی‌فقیه زمان، آن مبارزه راه به جایی نمی‌برد.» (نهضت امام خمینی، دفتر پنجم، ص51)
نکات پیش‌گفته تنها گوشه‌ای از صدها سند و نکات ناب گفته‌نشده بود که در دفتر پنجم از کتاب نهضت امام خمینی ثبت شده است. بی‌شک مطالعه این اثر فاخر اطلاعاتی جامع‌تر و بیشتر در شناخت مجتهد شهید، آیت‌الله سیدمصطفی خمینی به مخاطب ارائه خواهد داد.