إن هذه المدرسة المباركة هي آخر ما ينتسب في مدينة سامراء المقدسة الى مرجع الامة في عصره المجدد السيد الميرزا محمد حسن الحسيني الشيرازي(رض)، حيث ذكر المؤرخون انه لما هاجر الى جوار الامامين علي الهادي والحسن العسكري(ع) عام 1291 من الهجرة وأقام حوزته العلمية بالقرب من مشهدهما المقدس قام بخدمات جليلة لهذه المدينة المقدسة التي لم تكن تلك الايام الا بلدة صغيرة ومعظم بيوتها مبنية بالطين، فصرف اموالاً طائلة في اقامة جسر خشبي وصل به ضفتي دجلة وكان ممدوداً على ثمانية واربعين قارباً فقدم بذلك خدمة كبيرة لأهالي سامراء والزوار الوافدين اليها كما بنى سوقاً كبيراً ودوراً كثيرة وحماماً للرجال وآخر للنساء وأماكن لإيواء الزوار، الا ان هذه المباني والشواهد اندثرت جميعاً ولم يبق منها عين ولا أثر.

وبنى أعلى الله مقامه أيضاً في هذا المكان الذي نحن فيه في عام 1308 للهجرة مدرسة علمية ضخمة على مساحة ثلاثة آلاف متر مربع لسكنى طلاب العلوم الدينية وكانت لها باحتان صغرى وكبرى وكل منهما ذات طابقين والجميع مؤلف من خمس وتسعين غرفة وقد استمرت تلك المدرسة عامرة بالعلم واهله عشرات السنين، وفي عام 1969 للميلاد فتحت الحكومة شارعاً في جنب المدرسة واقتطعت من مساحتها حوالي الف متر فأصبحت اصغر من ذي قبل ولكن استمر نشاطها العلمي، وكان مراجع النجف الأشرف يولون اهتماماً كبيراً بها ويصرفون في تعميرها وعلى طلابها ما يتيسر لهم من الحقوق الشرعية، واستمر الحال على هذا المنوال الى أن وقعت احداث عام 1991م في عدد من محافظات الوسط والجنوب فاستغل ذلك جماعة من الجهال والمغرضين فهجموا على المدرسة ونهبوا ما فيها واهمها مكتبتها الثمينة الزاخرة بالمخطوطات النادرة والمطبوعات القديمة ثم هدموها ولم يبقوا لها أثراً الا بقايا شجرة كبيرة كانت قائمة فيها وهي ما تلاحظونها اليوم في جانب من ساحة المدرسة، وقد صدر في عام 1994 م قرار حكومي بمصادرة ارضها لحساب وزارة الاوقاف السابقة ولكن تم في عام 2015م تسجيلها باسم ديوان الوقف الشيعي، وبالنظر الى اهمية اعادة بناء هذه المدرسة الشريفة لما تمثله من معلم ديني وتاريخي في هذه المدينة المقدسة فقد اوعز سيدنا المرجع الاعلى بتشييدها مرة اخرى على ما تبقى من ارضها وقد تم ذلك بحمد الله تعالى وحسن توفيقه على احسن طراز وابهى صورة، ويشتمل البناء الجديد على طابقين وباحة كبيرة وفيها ثلاث وثلاثون غرفة لسكنى الطلاب وقاعات للدرس والمباحثة ومصلى ومكتبة بالإضافة الى المطبخ والمطعم والمجموعة الصحية وغيرها من المرافق اللازمة.