ولادت 
 آیت‌الله حاج شیخ محمد جعفری اراکی، فرزند مرحوم حجت‌الاسلام والمسلمین حاج شیخ حسن جعفری اراکی  در اسفند 1310ش (1350ق)، در بیت علم و فضیلت در روستای عالم‌خیز کره‌رود به دنیا آمد. روستای کره‌رود در جنوب غربی اراک واقع شده و چندی است بدان متصل گردیده است.
  اجداد
اجداد آیت‌الله جعفری اراکی همگی در سلک شریف روحانیت و از علمای زمان خود و معروف به زهد و تقوی بوده‌اند. جد اعلای ایشان مرحوم آخوند ملاجعفر از شهرستان خوانسار به کره‌رود هجرت نموده است.
  تحصیلات 
 ایشان پس از تحصیلات ابتدایی، در سال 1321ش برای شروع تحصیلات حوزوی به حوزه علمیه حاج محمدابراهیم خوانساری اراک آمد و به‌مدت چهار سال نزد اساتید آن حوزه، از جمله حضرات آیات: سیدکاظم کوشای گلپایگانی و سیدعلی میریحیایی کره‌رودی، ادبیات و مقدمات را فرا گرفت.
  هجرت به قم
ایشان در سال 1325شمسی برای ادامه تحصیلات، رهسپار حوزه علمیه قم شد. در قم مدتی در مدرسه فیضیه، سپس در مدرسه حجتیّه ساکن و مشغول به تحصیل شده و دروس شرح لمعه و سطح را نزد اساتید حوزه به پایان رسانید. آیت‌الله جعفری اراکی در سال‌های حضور در حوزه علمیه قم به دست مرحوم آیت‌الله‌العظمی شیخ عبدالنبی اراکی ملبس به لباس روحانیت ‌شد.
  هجرت به نجف
ایشان پس از هفت سال تحصیل در حوزه علمیه قم، در سال 1331ش برای ادامه تحصیلات عالیه حوزوی به نجف اشرف هجرت نموده و در شب اول ماه صفر سال 1372 به شهر نجف وارد ‌شد.
اساتید آیت‌الله جعفری اراکی در حوزه علمیه نجف عبارتند از حضرات آیات عظام:
1. حاج سیدابوالقاسم خویی (یک دوره خارج اصول و 25 سال خارج فقه از اول اجتهاد و تقلید)؛
2. میرزا عبدالهادی شیرازی (خارج فقه، کتاب الرضاع)؛
3. میرزاباقر زنجانی (یک‌ دوره خارج اصول)؛
4. شیخ حسین حلی (خارج فقه)؛
5. میرزا حسن یزدی (خارج فقه)؛
6. امام خمینی (خارج فقه مکاسب).
پس از حوادث خرداد 1342 و تشرّف امام خمینی(قد) به نجف اشرف، مدت چهارده سال از درس خارج فقه مکاسب ایشان - که در مسجد شیخ انصاری برگزار می‌شد- استفاده نمود. آیت‌الله جعفری اراکی به‌همراه حضرات آیات سیدمهدی مرعشی و حسن صافی اصفهانی، پس از کسب اجازه از آیت‌الله سید محمدتقی بحرالعلوم(ره) نماز جماعت ظهر امام خمینی(قد) را در مسجد شیخ انصاری برقرار نمود.
7. سید جمال‌الدین گلپایگانی
آیت‌الله جعفری اراکی در ایام حضور در نجف اشرف با این فقیه عارف مراوده داشته و تا زمان رحلت ایشان از محضرشان کسب فیض معنوی و عرفانی برده‌اند.

  تدریس
ایشان از ابتدای ورود به حوزه علمیه نجف اشرف، در کنار تحصیل، به تدریس سطوح عالی اشتغال داشته و از سال 1362ش تدریس درس خارج فقه را آغاز نمود و طلاب بسیاری در این سال‌ها از محضر ایشان استفاده‌ها نمودند. 
  هجرت به تهران
در آذرماه سال 1365ش و پس از سپری کردن حدود سی و چهار سال عمر پربرکت خویش و کسب فیض از محضر اساتید و بزرگان حوزه علمیه نجف اشرف و برابر فشار حکومت بعثی عراق به ایران و وطن خود مراجعت نمود.
وی با در خواست‌های مکرر عده‌ای از علمای تهران و استخاره به‌هنگام تشرف به زیارت امام رضا(ع) در تهران مستقر گردیده و تدریس را در حوزه علمیه مروی آغاز نمود. 
آیت‌الله جعفری اراکی(ره) بیش از سه دهه چراغ بحث و تدریس خارج فقه و اصول را در حوزه علمیه مروی تهران روشن نمود و با تربیت شاگردان فراوان به محافل درسی حوزه‌های علمیه تهران گرمی بخشید و فضلای بی‌شماری را از سرچشمه زلال علوم اهل‌بیت(ع) بهره‌مند ساخت و در طول 25 سال موفق شد، یک دوره کامل فقه از کتاب طهارت تا کتاب دیات را تدریس کند و حاصل آن، «افادات در فقه و اصول» را در ده‌ها دفتر مکتوب کرده ‌است.
  تألیفات
ایشان دارای آثار فراوان در زمینه فقه و اصول و اخلاق است که متأسفانه هیچ‌یک از آنان به چاپ نرسیده است. برخی از این آثار عبارت است از:
1. مباحث فقه (از ابتدای طهارت تا دیات که حاصل افادات درس خارج فقه در مدرسه مروی می‌باشد).
2. مباحث اصول (یک دوره کامل اصول که حاصل افادات درس خارج اصول در مدرسه مروی می‌باشد).
3. تقریرات درس خارج فقه و اصول آیت‌الله العظمی خویی.
4. تقریرات درس خارج اصول آیت‌الله میرزاباقر زنجانی.
5. کنوز المطالب في کشف رموز المکاسب (شرحی نو بر مکاسب شیخ انصاری)، تألیف حجت‌الاسلام محمدمهدی اسلامی که بر اساس دروس آیت‌الله جعفری اراکی نگارش شده است.
  ازدواج و فرزندان
آیت‌الله جعفری اراکی در سال 1336 با صبیّه آقای حاج سیدعلی فردوسی رضوی - از سادات بافضیلت رضوی خوانسار- وصلت نمود. حاجیه خانم فردوسی بانویی مؤمنه و بافضل و کمالات بود که در اسفند 1396 پس از تحمل چند سال رنج بیماری دار فانی را وداع گفت. حاصل این وصلت مبارک، 6 پسر و یک دختر بوده است. عالم فاضل حجت‌الاسلام والمسلمین حاج شیخ مجتبی جعفری اراکی فرزند ارشد آیت‌الله جعفری اراکی می‌باشد که از فضلای حوزه علمیه قم به‌شمار می‌آید و اکنون به وظیفه تبلیغ در داخل و خارج از کشور و تدریس اشتغال دارد. 
  وفات
آیت‌الله جعفری اراکی پس از عمری خدمت و تلاش و تدریس و تربیت شاگرد در 25 ربیع‌الاول 1446 (8 مهر 1403) دار فانی را وداع گفت. أعلی‌الله مقامه وحشره الله مع محمد وآله(ص).
در پی ارتحال این عالم ربانی، آیات حسینی بوشهری رئیس جامعه مدرسین حوزه علمیه قم و اعرافی مدیر حوزه‌های علمیه کشور، پیام‌های تسلیتی صادر کردند.
آیت‌الله حسینی بوشهری رئیس جامعه مدرسین حوزه علمیه قم 
بسم‌الله الرحمن الرحیم/ انا لله و انا الیه راجعون
ارتحال فقیه جلیل‌القدر حضرت آیت‌الله حاج شیخ محمد جعفری اراکی (ره) موجب تألم و تأثر گردید.
آن عالم ربانی عمر مبارک خود را در تحصیل، تدریس و تألیف گذراند و اندوخته‌های علمی و معنوی بسیاری که از حضرات آیات عظام امام خمینی، خویی و در عرفان و اخلاق از حضرت آیت‌الله سید جمال‌الدین گلپایگانی (ره) کسب کرده بود را در مسیر ترویج معارف مکتب اهل بیت (ع) صرف کرد.
از آن استاد ارجمند حوزه علمیه تهران تألیفات ارزشمندی به یادگار مانده و از کرسی تدریس او فضلای بسیاری کسب فیض کرده‌اند.
اینجانب ارتحال آن عالم متعهد و انقلابی را به همه بازماندگان، حوزه‌های علمیه و ارادتمندانش تسلیت عرض می‌کنم و از خداوند متعال برای آن فقیه عالی‌قدر علو درجات و برای بازماندگان صبر و اجر مسئلت دارم.
  آیت‌الله اعرافی مدیر حوزه‌های علمیه کشور
​​​​​​​انا لله و انا الیه راجعون
درگذشت عالم متقی و استاد ارجمند حضرت آیت‌الله جعفری اراکی(ره) موجب تأسف گردید.
آن عالم جلیل‌القدر پس از کسب فیض در حوزه علمیه نجف اشرف، در تهران رحل اقامت افکنده و بیش از سه دهه طالبان علوم دینی را از محفل ارزشمند علمی خویش بهره‌مند نمود.
اینجانب فقدان ایشان را به خانواده محترم، شاگردان و ارادتمندان به‌ویژه حوزه علمیه دیرپای مروی تهران تسلیت عرض نموده و از خداوند غفور ودود، برای آن روحانی پارسا، رفعت مقام و بخشش بیکران و برای بازماندگان بهروزی، عزت و پاداش نیک الهی خواهانم.
تهیه و تنظیم: سید حسین کشفی