نشأته:
ولد الشهيد آية الله الحاج السيد مصطفى الخميني(قد) في مدينة قم المقدسة يوم 12 رجب 1349هــ، وترعرع في حضن والده الإمام الخميني رضوان الله تعالى عليه، فحظي منه بالرعاية والتربية الصالحة، فكان نعم الابن لنعم الأب.
 
دراسته:
درس العلوم العصرية في مدارس قم، ثم بدأ بدراسة العلوم الدينية في الحوزة العلمية بقم، ثم بعد تبعيده إلى النجف الأشرف واصل دراسته الحوزوية فيها.
 
أخلاقه: نذكر منها ما يلي:
كان شريفاً عفيفاً زاهداً عابداً قريباً من الناس محبوباً لديهم، كريماً محسناً، وهكذا كان عالماً عابداً مجدّاً نشطاً، مواظباً على النوافل والأدعية والأوراد، ملتزماً بصلاة الجماعة، محتاطاً في تصرّفاته، خصوصاً فيما يتعلّق ببيت المال إلى أبعد الحدود، وكان زاهداً في دنياه وراغباً في أخراه.
 
أساتذته: نذكر منهم ما يلي:
1ـ السيّد محمّد اليزدي، المعروف بالمحقّق الداماد.
2ـ السيّد حسين الطباطبائي البروجردي.
3ـ السيّد أبو الحسن الرفيعي القزويني.
4ـ السيّد محمود الحسيني الشاهرودي.
5ـ الشيخ مرتضى الحائري اليزدي.
6ـ السيّد محسن الطباطبائي الحكيم.
7ـ السيّد محمّد حجّت الكوهكمري.
8ـ السيّد محمّد حسين الطباطبائي.
9ـ السيّد أبو القاسم الخوئي.
10ـ أبوه، الإمام الخميني.
 
مؤلفاته: نذكر منها ما يلي:
تعليقات على الحكمة المتعالية، تعليقة على العروة الوثقى، تحريرات في الأُصول، دروس الأعلام ونقدها.
مستند تحرير الوسيلة، تحرير العروة الوثقى، الواجبات في الصلاة، تفسير القرآن الكريم، المكاسب المحرّمة، الخلل في الصلاة، العوائد والفوائد، ولاية الفقيه، الخيارات، الصوم، البيع.
 
شهادته:
لقد أدرك نظام الشاة المقبور خطر بقاء السيّد مصطفى إلى جنب والده القائد العظيم، فاقدم ـ وفي ظروف غامضة ـ على قتل السيّد مصطفى(قد) في التاسع من ذي القعدة 1397 هـ (1ابان 1356هـ ش) بالنجف الأشرف، ودفن في الصحن العلوي للإمام علي(ع).
 
الشهيد مصطفى في كلام الإمام الخميني(قده)
كان مصطفى أمل مستقبل الإسلام. كانت شهادته من الألطاف الإلهية الخفية.
... كنت أتأمل أن يكون هذا المرحوم [آية الله الشهيد سيد مصطفى] خادماً ونافعاً للإسلام والمسلمين، ولكن لا راد لقضائه، وان الله لغني عن العالمين.

نحمد الله أنّ الشعوب الإسلامية وخاصّة في إيران اتجهت صوب التحرك الواعي. وهي غير قائمة أبداً بشخص. ويؤمل أن تبلغ طموحها المرجوّة وهي تطبيق الأحكام الإلهية وقطع أيدي الجبابرة والمترفين في القريب العاجل.