محسن‌علی نجفی در سال ۱۹۴۳م در ۶۰ کیلومتری اِسکَردُو بَلْتِسْتان پاکستان در ناحیه کَهرمَنگ در روستایی به‌نام مَنتُوکهه به‌دنیا آمد. پدرش حسین‌جان از علمای آن منطقه بود.
محسن نجفی تحصیلات ابتدایی را نزد پدرش حسین‌جان شروع کرد. در سن ۱۴ سالگی پدرش از دنیا رفت و بعد از وفات او، نزد یکی از عالمان روستای خود به‌نام سیداحمد موسوی ادامه تحصیل داد. در سال ۱۹۶۳م محسن نجفی در مدرسه مشارع‌العلوم سنده مشغول به تحصیل شد و در یک سال، علاوه بر دروس حوزه زبان اردو را هم فرا گرفت.
بعد از آن به طرف پنجاب سفر کرد و در دارالعلوم جعفریه خوشاب به شاگردی مولانا محمدحسین درآمد.نجفی برای ادامه تحصیل به جامعةالمنتظر لاهور مراجعه کرد و نزد اساتیدی چون حسین‌بخش جارا و صفدرحسین نجفی کسب فیض کرد. در سال ۱۹۶۷م برای تحصیلات عالی به حوزه علمیه نجف رفت و نزد آیت‌الله خوئی و شهیدسید محمدباقر صدر و دیگر اساتید آن حوزه علمیه به تحصیل علوم دینی پرداخت.
بعد از روی کار آمدن دولت بعث در عراق و فشار بر مراکز دینی، عراق را به مقصد پاکستان ترک کرد و در اسلام‌آباد مستقر شد و همان‌جا مدرسه‌ای به‌نام جامعه اهل‌البیت(ه) تأسیس کرد.
وی در سال ۱۹۷۴م از حوزه علمیه نجف به پاکستان بازگشت و مشغول تدریس فقه، اصول، تفسیر قرآن، فلسفه، کلام و اخلاق شد.
آیت‌الله نجفی در ۱۹ دی سال ۱۴۰۲ش در پاکستان درگذشت و در جامعةالکوثر اسلام‌آباد به خاک سپرده شد.