تنهاترین سردار
حجت‌الاسلام شهید شریف‌قنوتی به‌گونه‌ای استواربود که گویا زمین زیرپایش به لرزه درمی‌آمد. در میدان جنگ با خطابه‌هایی آتشین با یک شوروهیجان و با یک حالت عجیبی فریاد می‌زد و می‌گفت: رزمندگان اسلام! پیش به سوی بهشت که زیباترین دختران بهشت در انتظار شمایند. امروز دری از درهای بهشت به روی شهر شما باز شده. امروز خمینی تنهاست. اگر امام حسین(ع) علی‌اکبر داده، امام خمینی هم،آقامصطفی داده. شهید شریف‌قنوتی وقتی وعظ می‌کرد، یک تصویر روشنی از آخرت ترسیم می‌‌کرد و می‌گفت: خدا و امام زمان(عج) از شما راضی هستند. کربلا در انتظار شماست. شما فکر نکنید که می‌میرید. شما در جوار رحمت الهی، از نعمات الهی برخوردار خواهید بود. گاهی که نیرو کم می‌آورد، می‌آمد مقابل مسجد جامع خرمشهر و با صدای بلند فریاد می‌زد: کیست که ما را یاری کند؟! وقتی که رزمندگان ایشان را با آن شوروحال می‌دیدند که با لباس روحانی این‌گونه برای اسلام تلاش می‌کند، در وجودشان خیلی تأثیر می‌گذاشت؛ لذا همه سعی می‌کردند که در رکابش باشند و با او به جهاد با دشمنان خدا بروند. شیخ برای رزمندگان در حکم فرماندهی بود که معرکه‌های بسیاری را پشت سر گذاشته بود.

  صحنه جنگ خرمشهر
در روز 24مهرماه 1359 با گذشت ساعاتی از روز، درحالی‌که مدا فعان خرمشهر با وجود قلّت عده و عُدّه به مقابله مشغولند. یگانی از نیروهای دشمن با راهنمایی ستون پنجم، غافل‌گیرانه خود را به خیابان چهل‌متری رسانده است و با استقرار تیربار در چند نقطه و موضع‌گیری تک‌تیراندازان در ساختمان‌های مسلط بر این خیابان، محور مرکزی شهر و اصلی‌ترین راه پشتیبانی و تردد نیروهای درگیر در کوی طالقانی(شمال چهل‌متری)، کوی بندر و استادیوم را می‌بندد. نیروهای دشمن با کمین در نزدیکی خیابان چهل‌متری ماشین‌ها و افرادی را که از این مسیر تردد می‌کنند، زیر رگبار می‌گیرند. مهاجمان جلاد، پس از تیراندازی و انهدام ماشین‌ها، به سراغ سرنشینان می‌روند. اگر کسی زنده مانده باشد، او را وحشیانه به شهادت می‌رسانند. این‌گونه است که شهید شریف‌قنوتی در همین مسیر و با همین شیوه نابکارانه و با بدترین وضع ممکن و شاید بی‌نظیرترین نوع جنابت، به شهادت می‌رسد. در این ماجرای خونین، چند نفر از همراهان شهید که ناظر صحنه شهادت و رشادت شهید قنوتی بوده‌اند، نجات می‌یابند تا شاهد و راوی شهادت مردی از تبار عاشورائیان باشند.

  شهر خرمشهر، خونین‌شهر شد
این روحانی شهید به‌همراه یاران اندک خود، حماسه می‌آفریدند و کربلایی دیگر را رقم می‌زدند. صحنه دل‌خراشی بود، شهر نیمه‌ویران، بوی باروت، فضای شهر را پُر کرده بود. بازار صیف و بعضی از خانه‌ها در آتش می‌سوخت. هر از گاهی از گوشه و کنار، صدای ناله مجروحی شنیده می‌شد. تیرها و دکل‌های برق شکسته، خیابان‌ها پوشیده از ماشین‌های گلوله‌باران‌شده، آجر شکسته‌های خانه‌ها و بناها و سیم دکل‌های برق و... صدای گلوله‌ها و خمپاره‌ها و توپ‌ها لحظه‌ای قطع نمی‌شد. صحنه جنگ وصف‌ناپذیر و هیچ قلم و بیانی نمی‌تواند آن را توصیف کند.
در این حال شیخ فریاد می‌زد: ای رزمندگان به پیش که حوریان بهشت در انتظار شمایند.

  شهید شریف‌قنوتی و اسارت از زبان همرزمش، رضا آلبوغبش
شیخ شریف هرچه به شهادت نزدیکتر می‌شد، بر نورانیت چهره‌اش افزوده می‌شد، آری! او به آقایش امام حسین(ع) اقتدا کرده بود، نشاط و اطمینان در سیمایش مشهود بود.
به همراه او از پل گذشتیم و داخل خرمشهر شدیم، میدان فرمانداری را دور زدیم و داخل خیابان چهل‌متری شدیم. گفت: نباید بگذاریم خرمشهر سقوط کند. درخیابان چهل‌متری نزدیکی‌های مقر گروه الله‌اکبر چند نفر سرباز دیدیم، اول خیال کردیم، ایرانی هستند، بلافاصله به من ایست دادند و گفتند: قف! به شهید شریف گفتم: آقا اینها عراقی هستند؟ آنها در این حال بدون تأمل مارا به رگبار بستند.
چندگلوله به بدن و گردن شیخ و یک گلوله هم به زانوی من اصابت کرد. در همین لحظه گلول. آر.پی.جی به لاستیک چرخ عقب ماشین اصابت کرد و منفجر شد. کنترل ماشین ا ز دست رفت و واژگون شد. بعد از دوبار غلتیدن روی سقف به جدول کنار بلوار اصابت کرد و باز به‌حالت اوّل برگشت. ما تا خودمان را از ماشین بیرون کشیدیم، عراقی‌ها به‌سرعت4- 5 نفر به سراغ من و یک عده‌ای هم به سراغ شهید شریف‌قنوتی رفتند. عراقی‌ها بیشتر متوجه شیخ شریف بودند تا من. آنها خیلی خوشحال بوند که شیخ شریف را اسیر کرده‌اند. آنها خیال می‌کردند، امام خمینی را اسیر کرده‌اند. آنها اطراف شیخ را گرفته بودند و حوسه (رقص) می‌کردند و فریاد می‌زدند: «اسرنا الخمینی! اسرنا الخمینی؛ ما خمینی را اسیر کرده‌ایم.»
عراقی‌ها مرا به باد کتک گرفتند، 4-3 متر با شیخ فاصله داشتم، نگرانش بودم، تمام حواسم به او بود. شیخ فقط می‌گفت: الله‌اکبر، لااله الا الله... . استقامت، پایداری، شجاعت و مردانگی او درمقابل عراقی‌ها در آن لحظه، چنان انگیزه و جرأتی در من ایجاد کرد. گرچه مجروح بودم و بینی و کتفم را هم شکسته بودند؛ اما موفق نشدند، زبان مرا باز کنند و بفهمند که من عربم یا عجم.  

  شیخ شریف در میان عراقی‌ها
چندین گلوله به بدن شیخ شریف اصابت کرده بود و خون همچنان از بدنش جاری بود. به‌خاطر بی‌خوابی شبها و روزهای گذشته و تلاش‌های خستگی‌ناپذیر و مجاهدت‌ها و گرسنگی و تشنگی، دیگر رمقی برایش نمانده بود. عراقی‌ها به دست راست و به پاشنه پای راست او شلیک کردند؛ اما او چون کوهی سرافراز و استوار ایستاده بود و به زبان عربی به آنها می‌گفت: چرا باید بر علیه یک کشور مسلمان بجنگید و از بیگانگان و کافران فرمان ببرید؟ اما جلادان بعثی می‌گفتند: این فرمانده و الگوی مقاومت است. آنها شیخ را به رگبار بستند به‌گونه‌ای که ران‌های این روحانی بزرگوار سوراخ، سوراخ شد. حدود ده نفر از جلادان بعثی، او را می‌زدند، شیخ تکبیر(اَللهُ‌اَکبَر) می‌گفت و آنها می‌زدند. عراقی‌ها همان‌طور که اطراف شهید شریف‌قنوتی حوسه و هلهله و پایکوبی می‌کردند، باسرنیزه عمامه شیخ را برداشتند و در هوا می‌چرخاندند و فریاد می‌زدند: اَسَرنَا الخُمینی، اَسَرنَا الخُمینی، ما خمینی را اسیر کرده‌ایم... . با اینکه شیخ مجروج بود، آنها می‌زدند و روی زمین می‌کشیدند. شیخ به زمین می‌افتاد؛ ولی دوباره برمی‌خاست. شیخ درآخرین ایستادن، به زحمت برخاست و چون کوه سر پا ایستاد و با همان وضعیت، با صدای بلند به زبان عربی گفت: «اَلیَوم خُمَینی حُسَینٌ و صَدام یزیدٌ» امروز خمینی، حسین زمان و صدام یزید زمان است. از زیر بیرق یزید بیرون بروید و زیر پرچم حسین(ع) قرار بگیرید.
درآن لحظه فرمانده عراقی‌ها که شخص سیه‌چهره، بلندقامت و تنومندی بود، همچون شمر، با کارد سنگری (سرنیزه کلاشینکف) به طرف شیخ شریف حمله‌ور شد. من متحیر ماندم که این دشمن خدا با شیخ شریف چه می‌خواهد بکند؟ او به‌محض اینکه به شیخ رسید، از سمت چپ سرنیزه را در شقیقیه شیخ فرو برد و چرخاند. فریاد شیخ به تکبیر(اَللهُ‌اَکبَر) بلند شد.
آن د‍ژخیم ضربه دوم را که زد، از شیخ فقط آیه استرجاع (انّالله وانّاالیه راجعون) شنیده شد.
آن سفاک با ضربه سوم که پیشانی شیخ را از هم درید، شیخ زبان را لای دو دندان گذاشت و فشرد تا حسرت شنیدن ناله را به دل دشمن بگذارد. آن فرمانده عراقی کاسه سرشیخ را برداشت وجمجمه اش را از محل عمامه جدا نمود و محاسنش را به خون سرش رنگین کرد؛ ولی صدای ناله شهید شریف‌قنوتی را نشنیدند. در این حال مغز سر شیخ نمایان شد و پس از افتادن کاسه سر شیخ به روی آسفالت گرم خیابان چهل‌متری خرمشهر، مغز سر شیخ نیز به روی زمین... . در این حال، بدن مقدس شیخ به آرامی به‌حالت نشسته و دوزانو، کنار ماشین روی زمین قرار گرفت. آنها چشمان شیخ را نیز از حدقه بیرون آوردند و آن بزرگوار را مُثله نمودند تا نمادی باشد از شهدای کربلا در روزعاشورا ... .
و این‌گونه بود که شیخ به مقام شهیدان شاهد نائل شد.
که البته این آخر کار نبود. بعثی‌های جنایت‌کار در اطراف بدن مقدس شیخ شریف، به رقص و پای‌کوبی پرداختند و فریاد می‌زدند:
قَتَلنَا الخُمَینی، قَتَلنَا الخُمَینی، ما خمینی را کشتیم ...؛ چراکه چهره شیخ شریف برای عراقی‌ها در حکم چهره امام خمینی بود. آنها وحشت عجیبی از شیخ شریف داشتند.

  خبر از چگونگی شهادت
​​​​​​​آن‌گونه شد که شهید شریف‌قنوتی در سال 1352 حدود هفت سال قبل از شهادتش گفته بود: فرق من باید مانند مولایم امیرالمؤمنین علی(ع) شکافته شود. روح عاشق او 24 مهرماه 1359 هـ.ش، به حَظیره قُدس پَرکشید. معشوق من! آمدم هجران به سرآمد. آغوش بازکن! این بار حَسن، حُسین‌گونه می‌آید...
 سفاکان بعثی بعد از آن همه جنایت، عمامه را به گردن شهید بستند و او را از ساختمان دوطبقه‌ای که درخیابان چهل‌متری خرمشهر بود، آویزان کردند تا شاهدی باشد برای همیشه تاریخ مظلومیت شیعه و سند جنایت سفاکان و مدال مقاومت برای همه حق‌طلبان تا روز قیامت... .