آیت‌الله حاج شیخ محمدابراهیم اعرافی در سال 1288 هجری شمسی (ربیع‌الاول 1328ق) در روستای شهیدیه میبد، در خانواده‌ای اصیل و مذهبی دیده به جهان گشود. پدر وی مرحوم حاج ملاعباس از افراد متدیّن و با نفوذ منطقه و موصوف به تقوا و مشهور به فضل بود. جد پدری وی، مرحوم حاج آقا‌‌محمد نیز، از نیکان میبد بود و عمر خویش را صرف مبارزه با خوانین و رفع ظلم آنان کرد و عاقبت به‌جرم دفاع از حقوق اهالی، با اشاره خوانین به‌طرز فجیعی به دست اشرار محلی به شهادت رسید.

  تحصیلات پدر محمد‌ابراهیم دریافت که کودک وى از ذوق و حافظه خوبى برخوردار است؛ به‌همین دلیل او را نزد جدّ مادرى‌اش، حاج شیخ على فرستاد تا قرآن را فراگیرد. محمدابراهیم در آن زمان 6 سال بیشتر نداشت. پس از فراگیرى روخوانى قرآن در هفت سالگى وارد حوزه علمیه یزد شد و تا 15 سالگى در مدرسه خان و مصلى، مقدمات علوم حوزوى را فراگرفت.
از آنجا که همواره هجرت براى تکمیل تحصیلات، قرین دانشوران و بزرگان علم و ادب و هنر بوده است، شیخ محمدابراهیم نیز دست به هجرتى سرنوشت‌ساز زد و براى تکمیل دروس خود به مشهد مقدس بارگاه ملکوتى هشتمین امام همام(ع) کوچید و در مدرسه نواب مشهد به فراگیرى علوم حوزوى و درس و بحث پرداخت.
پس از چندسال با راهنمایى آیت‌الله العظمى حائرى(ره) به سوى قم روانه شد تا در حوزه جدیدالتأسیس قم اندوخته‌هاى علمى خویش را ارتقا بخشد و از محضر عالمان آن دیار نیز کسب فیض نماید.

  در محضر اساتید آیت‌الله محمدابراهیم اعرافى نزد بزرگان و دانشمندان گرانمایه‌اى زانوى ادب و شاگردى بر زمین زد و از خرمن معرفت و کمال آنها خوشه‌ها چید و بدین‌ترتیب، روح تشنه خود را از سرچشمه زلال معارف الهى سیراب ساخت.
اگر بخواهیم استادان آن عالم ربانى را به‌ترتیب تاریخى برشماریم، مى‌توان افراد زیر را نام برد:
1. حاج شیخ على فرزند آیت‌الله ملاّ ابوطالب شورکى که آیت‌الله اعرافى قرآن را نزد وى آموخت. از تاریخ دقیق ولادت و درگذشت حاج شیخ على اطلاعى در دست نیست؛ اما با توجه به اینکه شیخ محمدابراهیم در 6 سالگى در خدمت ایشان بود، مى‌توان حدس زد که وفات وى پس از سال‌هاى 1300  1295 ش(1344ق به بعد) بوده است.
2. آیت‌الله سیدمیرزاى جندقى (علم‌الهدى) که در مشهد استاد ادبیات و سطح شیخ محمدابراهیم بود.
3. آیت‌الله میرزا حبیب‌الله گلپایگانى که در حوزه مشهد به تدریس علوم دینى اشتغال داشت و شیخ محمدابراهیم از او بهره‌هاى فراوانى برد.
4. آیت‌الله‌العظمی سید شهاب‌الدین مرعشى نجفى.
5. آیت‌الله‌العظمی سید محمدتقى خوانسارى که استاد درس خارج آیت‌الله اعرافى بود.
6.  شیخ محمدعلى قمى.
7. فاضل قفقازى پدر آیت‌الله‌العظمى محمد فاضل لنکرانى.
8. سید صدرالدین صدر که آیت‌الله اعرافى در محضر وى دروس خارج را گذراند.
9. حاج شیخ عباس‌على شاهرودى.
10. آیت‌الله حائرى که استاد درس خارج آیت‌الله اعرافى بود.
شخصیت مورد بحث ما از آیات عظام یادشده، فقه و کلام، تفسیر و علم حدیث آموخت و در این رشته‌ها به‌مراتب بلندى دست یافت و قله‌هاى کمال را یکى پس از دیگرى فتح کرد.
اجازه‌نامه‌هایى که آیات عظام حائرى یزدى، بروجردى، امام خمینى، گلپایگانى، نجفى مرعشى، حکیم، سیدابوالحسن اصفهانى و...(قد) براى وى نگاشته‌اند، این مطلب را تأیید مى‌کند که وى عالمى وارسته و سخت‌کوش بود.
اجازه‌نامه امام خمینى(قد) به وى چنین است:
باسمه تعالى
«جناب مستطاب عمادالاعلام و ثقةالاسلام آقاى شیخ محمدابراهیم شورکى، مجازند در تصدى امور حسبیه و شرعیه که منوط است به اذن فقیه جامع‌الشرایط فله التصدى لذلک بعد تشخیص الحکم والموضوع مع مراعاة الاحتیاط و نیز مجازند، در اخذ سهم مبارک امام(ع) و صرف نصف آن در محل، به هر نحوى که صلاح بدانند...
روح‌الله الموسوى الخمینى

  مراتب علمی آیت‌الله اعرافی در ادبیات عرب تبحر عجیبی داشت و بر بسیاری از متون فقهی همچون جواهر‌الکلام مسلط بود و هرگاه مسئله فقهی به میان می‌آمد، با استناد به قرآن و حدیث و با تسلط کامل، راه حل مناسبی ارائه می‌کرد. با تفسیر کاملاً آشنایی داشت و گاهی در خطبه‌‌‌های نماز جمعه و منابرش به تفسیر سوره یا آیه‌ای می‌‌‌پرداخت و بسیار موشکافانه به شرح و بسط مطلب می‌پرداخت؛ به‌گونه‌ای که جای هیچ سؤالی باقی نمی‌‌‌ماند.
با طب قدیم نیز آشنایی داشت و اوایلی که به میبد آمده بود، از روی کتاب‌‌‌های طبی مثل تحفه حکیم تنکابنی، با تجویز گیاهان دارویی طبابت می‌‌‌کرد. کتاب‌‌‌های حوزوی را به‌خوبی تدریس می‌کرد. در اغلب کتاب‌های ایشان حاشیه‌‌‌هایی دیده می‌‌‌شود که به توضیح و تبیین موضوع پرداخته است. چند اثر علمی تألیف کرد که چهل حدیث، یادداشت‌‌‌های فقهی، تفسیری، تاریخی و اخلاقی و حواشی بر کتب درسی و غیره از آن جمله‌اند.

  جلسات تفسیر او با تفسیر آشنایی کامل داشت. ابتدا که به میبد آمده بود، شب‌‌‌ها پس از نماز جماعتی که در منزل پدرشان می‌‌‌خواندند، برای عموم تفسیر می‌‌‌گفت. چند وقتی هم صبح‌‌‌ها پس از نماز، برای گروهی از خواص تفسیر شبّر می‌گفت  که برخی روحانیان هم شرکت می‌‌‌کردند. در ماه مبارک رمضان پس از نماز صبح و پیش از شروع جلسه قرائت قرآن، آیاتی از همان جزئی که قرار بود در آن روز قرائت شود، برای مردم تفسیر می‌‌‌کرد و بسیار دقیق بحث‌‌‌های تفسیری را مطرح می‌کردند. در منابر و خطبه‌‌‌ها هم از تفسیر قرآن بهره می‌‌‌برد و در روایات هم تبحر خاصی داشت.

  بر کرسی تدریس در تدریس کتب حوزوی تبحر کامل داشت. از همان زمان که در قم بود، تدریس می‌کرد. در میبد هم شاگردانی داشت که برخی از شاگردان وی امروز از اساتید بزرگ و صاحب‌نام حوزه‌اند. بسیاری از روحانیان آن منطقه، طلبگی را از محضر ایشان آغاز کرده‌ و کتب مقدماتی را از ایشان فراگرفته‌اند.

  تهذیب مقدم بر تحصیل آیت‌الله اعرافی معتقد بود که تحصیل علم باید همراه با اخلاق باشد و طلبه از روزی که پا به حوزه می‌‌‌گذارد، حتماً برنامه اخلاقی داشته باشد. هنگامی که متخلّق به اخلاق نیکوی اسلامی گردید، علم را نیز فرا می‌‌‌گیرد و چراغ علم را به زیور اخلاق می‌آراید؛ لذا کتاب معراج‌السعاده را کتاب انسان‌ساز می‌‌‌دانست و معتقد بود که طلبه‌‌‌ها باید این کتاب را مطالعه کنند و گاهی خود بلند می‌‌‌خواند تا دیگران هم گوش کنند و متوجه مضامین و مفاهیم عمیق آن شوند. یکی از شاگردان ایشان می‌گوید: من با مشورت ایشان طلبه شدم و ایشان در همان اولین روزها گفت: کتاب معراج‌السعاده مرحوم نراقی را تهیه کنم. حدود یک سال کتاب معراج‌السعاده و نصاب‌الصبیان را به بنده درس می‌‌‌داد و معتقد بودند، طلبه باید متخلّق به اخلاق اسلامی شود و بعد علوم دینی را فرا بگیرد.

  ذوق و هنر ایشان ذوق سرشاری داشت و هنرمندی باذوق بود و به هنر و زیبایی علاقه خاصی داشت. خطش بسیار زیبا بود. انشاء و نگارش ادیبانه و زیبا و شیوایی داشت. آیت‌الله‌العظمی بروجردی(قد) به‌لحاظ اینکه به خط خوب و نگارش صحیح و ادیبانه عنایت ویژه‌ای داشت، به نامه‌‌‌هایی که او برایشان می‌‌‌فرستاد، عنایت داشتند و ایشان را تحسین می‌‌‌کردند.

  سبک منبر مشهدی سخنرانی ایشان جذاب بود و می‌گفت: سبک منبر ما مشهدی است. گاهی منبرش تا سه ساعت طول می‌کشید. ایشان از یک مطلبی به‌مناسبتی به مطلب دیگر می‌‌‌رفت و می‌‌‌گفت: باید به‌سبک قرآنی صحبت کرد. گاهی چندبار وسط صحبت دعا می‌‌‌کرد و مصیبت می‌‌‌خواند و باز مطلب تازه‌ای می‌‌‌گفت. انسان پای منبر ایشان خسته نمی‌شد.