یکی از اهداف و وظایف دبیرخانه، سازماندهی گروه‌های جهادی حوزوی در سراسر کشور و ایجاد ارتباط و هماهنگی میان آن‌ها است تا گروه‌های جهادی حوزوی بتوانند، به‌صورت شبکه‌ای منسجم، دارای اثرگذاری هرچه بیش‌تر در میهن عزیزمان باشند و بیش‌از گذشته به مردم خدمت‌رسانی کنند.
مهمترین اقدامات دبیرخانه بدین‌شرح می‌باشد:
1. ساختار استانی و تشکیل آن؛
2. صدور حکم مسئولیت برای مسئولین استانی امور گروه‌های جهادی.    
نمای کلی گروه‌های جهادی حوزوی:
- تفکیک استانی؛
- تفکیک سن و سال؛
- میانگین معدل مسئولین گروه‌ها؛
- تفکیک مستقل و مدرسه‌ای؛
- وضعیت مدارس علمیه دارای گروه جهادی به تفکیک استان؛
- گروه‌های جهادی ثبت‌شده (فعال و تازه‌تأسیس)؛
- جغرافیای فعالیت گروه‌های جهادی (شهرستان، استان، کشور)؛
- عرصه‌های فعالیت گروه‌های جهادی؛
- اصلی‌ترین فعالیت گروه‌ها در طول سال؛
- عملکرد گروه‌های جهادی (نیازمند سامانه)؛
- روند تشکیل گروه‌های جهادی (بر اساس سال‌های تأسیس)(پیوست)

   سرکشی و بازدیدمدارس علمیه قم
در همین راستا، اولین گام در قم برداشته شد و دبیرخانه از مدارس علمیه قم بازدید کرد و آن‌ها را مورد ارزیابی قرار داد تا مدارس فعال در عرصه جهاد خدمت‌رسانی شناسایی شوند و برای مدارسی که فعالیت جهادی ندارند، برنامه‌ریزی شود.
در این بازدیدها حدود 30 مدرسه علمیه مورد ارزیابی قرار گرفتند که در این میان 20 مدرسه دارای گروه فعال جهادی بوده و در فعالیت‌های جهادی حضور گسترده داشتند.

واحدهای استانی
به‌منظور نظارت و هم‌افزایی هرچه بیشتر با مسئولان امور گروه‌های جهادی، رئیس دبیرخانه در طول سال با سفرهای استانی در راستای رسیدن به این مهم، قدم برمی‌دارند.
در سال 1401 ایشان 2 مرتبه با تمامی واحد‌های استانی دیدار کرده و از نزدیک در جریان امور آنان قرار گرفتند.

  طراحی و ساخت اپلیکیشن جهادگران حوزوی
امروزه بخش بسیار زیادی از فضای مجازی را اپلیکیشن‌ها فرا گرفته‌اند و سهم به‌سزایی در ارتباط‌گیری مخاطبان با نهاد‌ها و ارگان‌ها و... دارند. به‌همین دلیل دبیرخانه، وظیفه خود دانست تا در جهت ارتباط‌گیری بهتر و آسان‌تر جهادگران با یکدیگر و با دبیرخانه و سازماندهی هر‌چه بهتر آن‌ها، برنامه‌ای جامع و کاربردی طراحی و تولید نماید تا این اهداف مهم دبیرخانه به منصه ظهور برسد.
در این برنامه سعی شده که به ارتباط جهادگران با هم پرداخته شود و این قابلیت را دارد که به یک شبکه اجتماعی مخصوص برای جهادگران، تبدیل شود. اطلاع‌رسانی، اخبار و اطلاعات جهادگرانِ حوزوی نیز در این اپلیکیشن منتشر می‌شود. به‌طور خلاصه سعی شده، تمام آن چیزی که یک جهادگر بدان نیاز دارد، در این اپلیکیشن لحاظ شود.
امتیاز مهمی که این اپلیکیشن برای جهادگران حوزوی دارد، ورود به اپلیکیشن از طریق نام کاربری و رمز عبور سامانه نجاح و دریافت خودکار اطلاعات آن‌ها از سامانه مذکور می‌باشد که سبب ایمن شدن محیط برنامه می‌شود.
نسخه آزمایشی این اپلیکیشن بین اعضای دبیرخانه جهادگران حوزوی منتشر شده تا ایرادات احتمالی آن رفع گردد و به‌صورت انبوه در بین جهادگران منتشر شود.

   طراحی سامانه جهادگران حوزوی
​​​​​​​در سایت نجاح کمبود سامانه‌ای ویژه جهادگران حوزوی احساس می‌شد که جهادگران بتوانند به‌صورت ایمن در آن اطلاعات گروه و گزارش فعالیت‌هایشان را بارگذاری نمایند. به‌همین دلیل طرح سامانه جهادگران حوزوی توسط دبیرخانه طراحی و به واحد فناوری حوزه‌های علمیه تحویل داده شد. امکانات این سامانه بدین‌شرح می‌باشد:
• ثبت مجموعه؛
• ثبت فعالیت؛
• ثبت گزارش فعالیت؛
• مشاهده سوابق؛
• دیوار جهادی؛
• فراخوان‌ها.