تحصیلات عالی در نجف اشرف
و شاگردی محضرآیت‌الله‌العظمی خوئی(قد)
بخشی مهم و ثمربخش از دوران تحصیل حوزوی آیت‌الله سیدهادی سیستانی در مرکز علمی و معنوی نجف اشرف سپری گردیده است. ایشان سالیان طولانی در محضر استاد بزرگ و مرجع عالی‌قدر جهان تشیع، حضرت آیت‌الله سیدابوالقاسم خوئی(قد)، به تحصیل و بهره‌گیری علمی اشتغال داشتند. در این مسیر، آیت‌الله سیدهادی سیستانی با دو برادر ارجمند خود ـ آیات عظام سیستانی و مجتهدی سیستانی ـ هم‌درس و هم‌شاگرد بوده‌اند و هر سه از شاگردان برجسته‌ و شناخته‌شده آن مرجع بزرگ به‌شمار می‌آیند.
جایگاه در میان شاگردان آیت‌الله‌العظمی خوئی(قد)
نام آیت‌الله سیدهادی سیستانی در زمره شاگردان ممتاز و برجسته حضرت آیت‌الله سیدابوالقاسم خوئی(قد) ثبت شده است. در فهرست این شاگردان ارجمند، همراه با برادران والامقام ایشان و جمعی از بزرگ‌ترین مراجع و علمای معاصر، جایگاه ویژه‌ای برای ایشان شناخته می‌شود. در میان این نام‌های درخشان می‌توان از آیات عظام حاج سیدعلی سیستانی، حاج سید محمدتقی طباطبایی قمی، حاج شیخ اسحاق فیاض، حاج شیخ جواد تبریزی، حاج میرزاعلی غروی تبریزی، حاج سیدمهدی خلخالی، حاج شیخ محمدتقی بهجت، حاج سیدسرور واعظ بهسودی، حاج شیخ حسین وحید خراسانی، حاج میرزاعلی فلسفی، حاج سیدمحمود مجتهدی سیستانی، حاج سید محمد روحانی، حاج سیدصادق روحانی و دیگر بزرگان یاد کرد.
ذکر نام آیت‌الله سیدهادی سیستانی در کنار این چهره‌های شاخص، نشان از جایگاه علمی والا و مرتبه ممتاز ایشان در میان شاگردان آن مرجع بزرگ دارد.
مقام علمی و فعالیت‌های آموزشی
با وجود زیست گمنام و عزلت‌گزینی آگاهانه، شواهد فراوانی از جایگاه والای علمی آیت‌الله سیدهادی سیستانی حکایت دارد. بنابر نقل استاد طالبیان شریف، ایشان مجموعه‌ای از تقریرات اساتید خود، به‌ویژه درس‌های آیت‌الله‌العظمی خوئی(قد)، را در اختیار دارند؛ یادداشت‌هایی که حاصل سال‌ها حضور مستمر و دقیق در جلسات درس و ثمره‌ تلاش علمی ژرف ایشان است و به‌حق می‌توان آن را گنجینه‌ای گران‌بها دانست.
آیت‌الله سیدهادی سیستانی(ره) در دوره‌هایی در نجف، قم و مشهد به تدریس بخش‌هایی از متون حوزوی و علوم دینی اشتغال داشته‌اند. با این حال، به‌دلیل پرهیز از شهرت و تمایل به زندگی دور از جلوه‌گری، این فعالیت‌های علمی کمتر در معرض توجه عمومی قرار گرفته است.
تألیفات
آیت‌الله سیدهادی سیستانی از همان دوران تحصیل طلبگی، مسیر علمی خود را با آمیزه‌ای از تدریس، تحقیق و تألیف پی‌ریزی کردند. ایشان در کنار بهره‌مندی کامل از مکتب فقهی و اصولی استادان بزرگ خود، با تلاشی مستمر و ژرف‌نگری عمیق در مباحث دینی و معرفتی، مجموعه‌ای از آثار فکری ارزشمند را پدید آوردند.
برخی از این تألیفات عبارتند از:
مصباح‌الهداية إلى قلوب‌النور؛  أسرار القلوب‌الطاهر؛ فقه‌النفس؛ الدرر المستفادة من قصص‌الأنبياء؛ أعلام‌الصلاح والزهد؛ تقریرات درس آیت‌الله‌العظمی خویی.
رحلت
آن فقید سعید پس از طی دوره‌ای بیماری، جمعه 26 دی 1404 در مشهد دارفانی را وداع گفت و پیکر این استاد حوزه علمیه روز یکشنبه ۲۸ دی‌ماه با حضور علما و دوستداران علم و فقاهت، پس از تشییع باشکوه در شهرهای مشهد و قم و اقامه نماز توسط آیت‌الله سیدریاض حکیم، جهت خاکسپاری به عراق منتقل و پس از تشییع در آستان مقدس حسینی(ع) به نجف اشرف منتقل و در جوار بارگاه ملکوتی  امیرالمؤمنین حضرت علی(ع) به خاک سپرده شد.
در پی ارتحال آیت‌الله سیدهادی سیستانی اخوی مکرم آیت‌الله‌العظمی سیدعلی سیستانی، امام خامنه‌ای رهبر معظم انقلاب اسلامی، آیات عظام؛ نوری همدانی، مکارم شیرازی، مظاهری، سبحانی، آیات حسینی بوشهری رئیس جامعه مدرسین حوزه علمیه قم، اعرافی مدیر حوزه های علمیه کشور، دکتر قالیباف رئیس مجلس شورای اسلامی، دکتر پزشکیان رئیس‌جمهور و حجت‌الاسلام والمسلمین علیزاده مدیر حوزه‌های علمیه خواهران با صدور پیام‌های تسلیتی، ارتحال وی را تسلیت گفتند.

  امام خامنه‌ا یبسم‌الله الرّحمن الرّحیم
حضرت آیت‌الله آقای سیستانی(دامت برکاته)
درگذشت اخوی مکرّم را به آن‌جناب تسلیت عرض می‌کنم و از خداوند متعال مغفرت و حشر با اجداد طاهرینش(ع) را مسألت می‌نمایم.

  آیت‌الله‌العظمی نوری همدانی
بسم‌الله الرحمن الرحیم
حضرت مستطاب آیت‌الله آقای سیستانی(دامت برکاته)
ارتحال اخوی مکرم جنابعالی را به حضور مبارک تسلیت عرض نموده و از درگاه خداوند متعال علو مقام برای آن فقید سعید و طول عمر همراه با صحت تحت توجهات حضرت بقیة‌الله الأعظم (عج) برای حضرتعالی مسئلت می‌نمایم.

   آیت‌الله‌العظمی  مکارم شیرازی
انا لله وانا الیه راجعون
حضور محترم آیت‌الله حاج سیدعلی سیستانی‌دامت توفیقاته
خبر رحلت اخوی مکرم مرحوم حجت‌الاسلام والمسلمین حاج سیدهادی مجتهد سیستانی طاب‌ثراه موجب تأسف و تأثر گردید.
علوّ درجات ایشان و سلامتی، صبر و اجر بازماندگان خصوصا جنابعالی را از درگاه خداوند متعال مسألت دارم.

   آیت‌الله‌العظمی مظاهری
بِسْمِ‌اللهِ الرَّحْمنِ الرَّحیمِ
نجف اشرف، حضرت آیت‌الله آقای سیستانیدامت‌برکاته‌الشّریف
بعد السّلام والتحیّات و استعلام از سلامت وجود مبارک جنابعالی؛
ارتحال برادر مکرم آنجناب را تسلیت عرض نموده و از خداوند تعالی برای آن عالم فقید، رحمت واسعه و علوّ درجات و برای همه بازماندگان محترم و خاندان مصاب، صبر جمیل و اجر جزیل و برای جنابعالی کمال سلامت و عافیت و طول عمر قرین به تأییدات عالیه الهیّه مسألت می‌کنم.
ملتمس دعای جنابعالی در جوار آستان حضرت مولی الموالی امیرالمؤمنین«علیه افضل صلوات المصلین» هستم و دعاگو می‌باشم.
والسّلام علیکم و رحمة‌الله و برکاته.

  آیت‌الله‌العظمی سبحانی
بسم‌الله الرحمن الرحیم
حضور انور آیت‌الله آقای حاج سیدعلی سیستانی(دامت برکاته)
با اهداء سلام و درخواست دوام عزت و سلامت برای آن عزیز و گرامی.
خبر درگذشت اخوی محترم، حجة‌الاسلام والمسلمین آقای سیدهادی حسینی سیستانی مایه تأسف و تأثر گردید.
برای آن مرحوم، مغفرت و رضوان خدا را خواهانم و برای بازماندگان مخصوصاً حضرتعالی از درگاه الهی صبر جمیل و اجر جزیل خواستارم.

  آیت‌الله‌العظمی جوادی‌آملی
بسم‌الله الرحمن الرحیم/ انا لله و انا الیه راجعون
ارتحال آیت الله حاج سید هادی مجتهد سیستانی را به حوزه‌های علمیه و حضرت آیت الله العظمی سیستانی و علاقمندان آن رحیل تسلیت و صبر و اجر بیت شریف ایشان از خدای سبحان مسئلت می شود.

  آیت‌الله حسینی بوشهری رئیس جامعه مدرسین
بسم‌الله الرحمن الرحیم/ انا لله و انا إلیه راجعون
ارتحال استاد برجسته حوزه علمیه، مرحوم آیت‌الله آقای حاج سیدهادی سیستانی (ره) موجب تألم و تأثر گردید.
آن عالم ربانی عمر پربرکت خود را در راه ترویج معارف اسلامی و خدمت به مکتب اهل‌بیت (ع) گذراند و به تربیت طلاب علوم اسلامی پرداخت.
ضایعه فقدان آن فقیه عالی‌قدر را به خاندان معظم آن‌مرحوم به‌ویژه اخوی مکرم ایشان حضرت آیت‌الله‌العظمی حاج سیدعلی سیستانی(دامت برکاته) مرجع عالی‌قدر جهان تشیع تسلیت عرض نموده و از خداوند متعال برای آن عالم جلیل‌القدر علوّ درجات و برای همه بازماندگان صبر و اجر مسئلت دارم.

  آیت‌الله اعرافی مدیر حوزه های علمیه کشور
​​​​​​​بسم‌الله الرحمن الرحیم/ انا لله و انا الیه راجعون
فقدان عالم ارجمند و استاد بزرگوار جناب آیت‌الله آقای حاج سیدهادی سیستانی(رض) پس از عمری کوشش و مجاهدت علمی و عملی موجب تألم خاطر گردید.
درگذشت آن روحانی بافضیلت و خدوم را به مرجع عالی‌قدر حضرت آیت‌الله‌العظمی حاج سیدعلی سیستانی(دامت برکاته)، بازماندگان محترم، بیوت وابسته، شاگردان و ارادتمندان ایشان تسلیت عرض نموده، از درگاه خداوند غفور ودود برای ایشان رفعت مقام و باریابی به منزلگاه صدق و حقیقت و برای بازماندگان، آرامش قلبی توأم با اجر فراوان و پایدار مسئلت می‌نمایم.

  حجت‌الاسلام والمسلمین علیزاده مدیر حوزه‌های علمیه خواهران
بسم‌الله الرحمن الرحیم/ انا لله و انا إلیه راجعون
ارتحال استاد برجسته حوزه علمیه، مرحوم حضرت حجت‌الاسلام والمسلمین آقای حاج سیدهادی سیستانی (ره) موجب تألم و تأثر گردید. آن عالم ربانی عمر پر برکت خود را در راه ترویج معارف اسلامی و خدمت به مکتب اهل‌بیت(ع) گذراند و به تربیت طلاب علوم اسلامی پرداخت.
ضایعه فقدان آن فقیه عالی‌قدر را به خاندان معظم آن مرحوم به‌ویژه اخوی مکرم ایشان حضرت آیت‌الله‌العظمی حاج سیدعلی سیستانی (دامت برکاته) مرجع عالی‌قدر جهان تشیع تسلیت عرض نموده و از خداوند متعال برای آن عالم جلیل‌القدر علوّ درجات و برای همه بازماندگان صبر و اجر مسئلت دارم.