از ولادت تا هجرت
وی در سال ۱۳۲۱ شمسی در شهر تاریخی نیشابور و در خانواده‌ای متدین زاده شد. پس از طی تحصیلات مقدماتی در زادگاهش، به مشهد مقدس هجرت کرد و تحصیلات حوزوی خود را در حوزه علمیه مشهد ادامه داد.
 برجسته‌ترین استادان ایشان عبارت بودند از:
1. شیخ محمدتقی ادیب نیشابوری معروف به ادیب ثانی؛
2. حجت‌الاسلام والمسلمین شهید سیدعبدالکریم هاشمی‌نژاد؛
3. آیت‌الله حاج شیخ حسین وحید خراسانی؛
4. آیت‌الله حاج شیخ اسماعیل صالحی مازندرانی؛
5. آیت‌الله حاج شیخ مجتبی قزوینی؛
6. آیت‌الله میرزا جوادآقا تهرانی؛
7. آیت‌الله سید محمدهادی میلانی؛
8. آیت‌الله سیدعبدالله شیرازی.
شاگردی در محضر این بزرگان از او عالمی ساخت که معرفت را با مجاهدت درآمیخت. نتیجه این مجاهدت علمی، دریافت اجازات علمی شامل اجازه اجتهاد، اجازه نقل حدیث و اجازه امور حسبیه از مراجع و اساتید تراز اول آن دوران بود که نشان از احراز مدارج عالی علمی نزد استادان داشت.

   همراهی با نهضت امام خمینی(قد)
در دهه‌های ۱۳۳۰ و 1340، زمانی که بسیاری از طلاب به درس و بحث بسنده می‌کردند و از مسائل سیاسی روز فاصله داشتند، استاد الهی خراسانی در پی پیوند علم و حیات بود. او معتقد بود که حوزه باید پایگاه بیداری اجتماعی باشد.
در دوران نهضت اسلامی، او به‌همراه شماری از علما و روحانیون مبارز خراسان، از جمله استادش شهید هاشمی‌نژاد(ره)، نقش فعالی در جریان نهضت ایفا کرد. وی در تدوین برخی از بیانیه‌های علما علیه استبداد پهلوی نقش اساسی داشت و از اولین کسانی بود که خطوط فکری رهبری نهضت را به بدنه روحانیت و مردم منتقل می‌کرد.
در سال ۱۳۴۲، پس از آزادی امام خمینی(قد) از زندان رژیم ستمشاهی، همراه با استاد خود آیت‌الله حاج شیخ مجتبی قزوینی و جمعی دیگر از علما و روحانیون مشهد به قم سفر کرد و با امام خمینی(ره)، دیدار و تجدید عهد کرد. در سال ۱۳۵۵ نیز، در اوج خفقان رژیم، توفیق زیارت و گفت‌وگوی مفصلی با امام در نجف اشرف یافت.

  نقش‌آفرینی پس از پیروزی انقلاب اسلامی
پس از پیروزی انقلاب اسلامی، دغدغه استاد الهی خراسانی(ره) از مبارزه سیاسی به سمت سازندگی معرفتی و بازسازی فرهنگی کشور سوق پیدا کرد. او سیاست را به خدمت دانش و فرهنگ گرفت و به‌جای تصدی مناصب اجرایی صرف، تلاش کرد زیرساخت‌های فکری نظام اسلامی را تقویت کند.
در نخستین سال‌های دهه شصت، هنگامی که کشور درگیر جنگ و تثبیت ساختارهای جدید بود، ایشان به‌عنوان مسئول شورای نظارت بر انتخابات استان خراسان منصوب شد. در این دوران، با منش اخلاقی کم‌نظیر خود، عدالت، صداقت و پرهیز از ملاحظات سیاسی را در رفتار اداری معنا کرد و الگویی از مدیر اسلامی متعهد ارائه داد.
اندکی بعد، با نظر تولیت وقت آستان قدس رضوی، آیت‌الله واعظ طبسی(ره)، فرصتی تاریخی برای اجرای رؤیای دیرینه‌اش فراهم شد: تأسیس یک نهاد علمی سطح بالا که بتواند، پلی میان میراث سنتی و نیازهای نوین تمدنی ایجاد کند. این نقطه عطف، منجر به تأسیس بنیاد پژوهش‌های اسلامی آستان قدس رضوی در سال ۱۳۶۳ شد.

   تجلی وحدت عملی حوزه و دانشگاه
بنیاد پژوهش‌های اسلامی، نمونه موفقی از پیوند میان حوزه و دانشگاه در ایران بود. استاد الهی خراسانی معتقد بود که ضعف بنیادین در ساختار علمی کشور، در عدم تعامل روشمند و علمی میان این دو رکن اصلی تولید دانش است. او بیش از سی‌سال (تا سال ۱۳۹۴) ریاست این نهاد را برعهده داشت و آن را از یک مرکز کوچک فرهنگی، به یکی از بزرگ‌ترین و معتبرترین مراکز پژوهشی جهان تشیع تبدیل کرد.
حاصل این مدیریت علمی و مستمر، جذب ده‌ها استاد و پژوهشگر برجسته حوزه و دانشگاه و انتشار بیش از دو هزار عنوان کتاب بود. بسیاری از این آثار، حاصل پروژه‌های بلندمدت علمی و پژوهش‌های بنیادین بودند. ده‌ها اثر از تولیدات علمی این بنیاد، موفق به دریافت عنوان «کتاب سال جمهوری اسلامی ایران» یا آثار برگزیده حوزه و دانشگاه شدند.

   آثار و تألیفات علمی
فعالیت‌های علمی و پژوهشی ایشان عمدتاً بر محور تحقیق در منابع اصیل علوم اسلامی متمرکز بود. از جمله فعالیت‌های شاخص او در این عرصه، تحقیق و تصحیح برخی از منابع مهم تفسیری، حدیثی و فقهی است که از میان آنها می‌توان به موارد زیر اشاره کرد:
• تاج‌التراجم فی تفسیرالقرآن للاعاجم؛
• سفینةالبحار و مدینةالحکم والآثار؛
• الرسالةالعزیزة فی شرح‌الوجیزه؛
• منتهی‌المطلب فی تحقیق‌المذهب؛
• اجوبةالمسائل الحاجبیه (معروف به المسائل العکبریه).

  سلوک معنوی و اخلاقی
حجت‌الاسلام والمسلمین حاج شیخ علی‌اکبر الهی خراسانی(ره)، پیش از آن‌که مدیری موفق یا محققی صاحب‌نام باشد، سالکِ طریق اخلاص و بندگی بود و زندگی او بر مدار معنویت و اخلاق می‌چرخید. اهل عبادت با حضور قلب و دعا و توسل و زیارت روزانه بود. فروتنی، کم‌گویی، صبر، دقت وسواس‌گونه در کار و سعه صدر، از ویژگی‌های بارز او بود.
استاد رسول جعفریان، مورخ برجسته کشور، در وصف او نوشته است: «مرحوم الهی بیش از همه، آیتِ اخلاق بود و مدیری توانمند که بنیاد پژوهش‌ها را به یکی از بهترین مراکز علوم اسلامی در ایران بدل کرد. آن هم در شرایطی که امکانات محدود بود. حضور همیشگی‌اش در بنیاد، چهره‌ای از خدمت علمی به‌معنای واقعی را به نمایش می‌گذاشت».

   دغدغه خدمت‌رسانی
مرحوم الهی خراسانی در کنار فعالیت‌های علمی حوزوی، دغدغه خدمت‌رسانی به نیازمندان را داشت و برنامه‌های تبلیغی خود را با فعالیت‌های جهادی و خدمت در مناطق محروم آمیخته بود. تأسیس صندوق قرض‌الحسنه حوزه علمیه مشهد در سال 1342 که نخستین صندوق قرض‌الحسنه کشور به‌شمار می‌رود، محصول همین روحیه و دغدغه بود. این صندوق با گذشت شش دهه از عمر آن، همچنان پا برجاست و در طول این سالیان، گره از کار هزاران استاد و طلبه حوزه علمیه گشوده است.

   سفر به دیار ابدی
​​​​​​​این عالم عامل، پس از عمری تلاش خستگی‌ناپذیر در مسیر خدمت به دین و فرهنگ، در روز ۲۸ شهریور ۱۴۰۴ شمسی به جوار رحمت الهی شتافت. خبر درگذشت او، موجب اندوه فراوان در میان جامعه علمی و دینی به‌ویژه در مشهد مقدس شد.
مراسم تشییع پیکر پاک او با شکوه تمام در حرم مطهر رضوی برگزار شد و پس از اقامه نماز توسط آیت‌الله حاج شیخ مهدی مروارید، در رواق دارالعباده حرم مطهر رضوی به خاک سپرده شد. شخصیت‌های برجسته علمی و فرهنگی و سیاسی، از جمله آیات عظام: سیستانی، سبحانی و آیت‌الله کریمی جهرمی و نیز رئیس مجلس شورای اسلامی، وزیر فرهنگ و ارشاد اسلامی و دیگر شخصیت‌ها، در پیام‌های تسلیت جداگانه، شخصیت علمی و خدمات فرهنگی مرحوم استاد الهی خراسانی را ستودند و او را مایه فخر حوزه علمیه خراسان دانستند.